Im Jahr 2552 haben Menschen auf dem Planeten Madrigal für die Unabhängigkeit von der Erde gekämpft, aber eine tödliche Begegnung mit dem Alien Covenant erschwert die Dinge. Master Chief John 117 und sein Supersoldat „Spartans“ schließen sich dem Kampf an. Nach der Schlacht begibt sich Master Chief mit einem Madrigal-Überlebenden und einem mysteriösen Objekt, das er auf dem Planeten entdeckt hat, zu seinem Heimatplaneten Reach. Aber ein umstrittener Befehl lässt John seine Mission und sich selbst in Frage stellen.

John bringt Kwan zu einem alten Freund und erfährt mehr über das geheimnisvolle Objekt. Dr. Halsey entwickelt einen Plan, um mit Johns unberechenbarem Verhalten umzugehen.

John lernt seinen neuen Partner kennen, und er entdeckt Geheimnisse in seinem eigenen Gedächtnis. Kwan will nach Madrigal zurückkehren, um den Kampf ihres Volkes für die Unabhängigkeit fortzusetzen, aber Soren hat andere Pläne für sie. Makee beginnt mit ihrem Plan, das Madrigal-Objekt zurückzuholen, was tödliche Folgen hat.

Geleitet von seinen Visionen führt John Halsey und Cortana zurück an den Ort, an dem alles begann, und sucht nach Antworten aus seiner Vergangenheit. Mit Soren als Beschützer begibt sich Kwan auf die Suche nach einer Armee. Währenddessen inspiriert Johns Verhalten einen anderen Spartaner zu einer Reise der Selbstfindung. Und Miranda entdeckt eine mögliche Verbindung zwischen dem Artefakt und etwas viel Größerem.

Kwan und Soren gehen auf der Flucht allmählich die Optionen aus. Alle sind auf der Suche nach dem geheimnisvollen Halo. John macht eine schreckliche Entdeckung.