2552년, 지구로부터 독립하려고 저항하던 마드리갈 행성의 인류가 외계인 코버넌트에게 치명적인 공격을 당하면서 모든 것이 바뀐다.

존은 오랜 친구에게 관을 데려가고 수수께끼 물체에 관해 더 알게 되며, 핼시 박사는 계획을 세운다.

존은 새 파트너를 만나고 자기 기억 속의 비밀을 발견한다. 관은 마드리갈로 돌아가서 독립을 위해 계속 투쟁하려고 하는데, 소렌에게는 다른 꿍꿍이가 있다.

환영에 이끌린 존은 모든 것이 시작된 곳으로 핼시와 코타나를 데려가서 과거에 관한 해답을 찾는다. 관은 소렌을 경호원으로 대동하고 군대를 모으려 한다.

쫓기는 신세에 궁지에 몰린 관과 소렌은 의견이 충돌하고, 존은 끔찍한 사실을 알게 된다.

전투 생존자들은 리치 행성으로 돌아오고, 존은 왜 자기 과거에 대해 거짓말했냐고 핼시 박사에게 따진다. 새로 잡힌 포로는 존보다 존에 대해 아는 것이 많은 것 같다.

존과 마키는 같은 환영을 본다는 사실을 확인한다. 핼시에게는 임무와 자신을 구할 마지막 기회가 남아 있다.

만신창이가 되도록 얻어맞고 배신까지 당한 존 117은 헤일로를 찾아 인류를 구하려고 스파르탄을 이끌고 자살 임무를 수행하러 떠난다.