Fine 3^ stagione

Il TARDIS si scontra con un'astronave da crociera chiamata "Titanic" che riporta proprio l'aspetto del transatlantico. Aiutato da Copper e da una cameriera di nome Astrid Peth (Kylie Minogue) e da altri passeggeri (tra cui qualche alieno buffo), tra robohostes impazziti e congiure, il Dottore tenta di evitare che il Titanic si schianti su Buckingam Palace. Il Dottore e Astrid iniziano a fare amicizia, la donna non è soddisfatta della sua vita e il Dottore le propone di diventare la sua nuova compagna di viaggio, e lei accetta, e come segno di gratitudine lo bacia. Il Signore del Tempo scopre che dietro al dirottamento c'è di mezzo l'amministratore delegato della compagnia da crociera, Max, infatti la compagnia stava andando in fallimento e il suo consiglio di amministrazione aveva deciso di estrometterlo, quindi sarebbero stati loro a pagare per il disastro e lui ne sarebbe uscito pulito.

Luogo: Londra, Terra. Data: 2009 Nemico: Miss Foster, Adipose. Una ragazza di nome Donna Noble è in cerca di un vecchio amico, il Dottore. Riusciranno i due a fermare la misteriosa Signora Foster e il suo diabolico piano?

Luogo: Terra Data: 2009. Nemico: Sontarans. Il Dottore viene richiamato sulla Terra da una vecchia conoscenza a causa di un vecchio nemico che sta causando nuovi problemi. Aiutati dall'Accademia Rattigan, i Sontarans hanno stabilito una base segreta per la loro misteriosa Fabbrica ATMOS. Il Dottore deve fermare i Sontarans prima che il loro piano vada in porto, portando il mondo intero in ginocchio alla loro mercé.

Luogo: Terra. Data: 2009. Nemico: i Sontarans. I Sontarans continuano con il loro malefico piano e cominciano a 'soffocare' la Terra. Il Dottore, Donna e Martha cercano di organizzare una difesa per fermarli prima che sia troppo tardi.

Luogo: Terra. Data: 2007 - 2008 - 2009 Nemico: Membri della Brigada Trickester Durante il carnevale sul pianeta Shan Shen Donna si fa predire il destino da un chiromante che esamina attentamente il suo passato. Il Dottore è scomparso e Donna si unisce a Rose, una viaggiatrice che viene da un universo parallelo, per fermare l'oscurità che sta ingoiando l'intero universo.

Luogo: Terra, le Cascate Medusa, La Proclamazione Ombra. Data: 2009. Nemico: i Daleks e Davros. Rose Tyler, Martha Jones, Sarah Jane Smith, Harriet Jones e Capitan Jack Harkness si uniscono per combattere l'imminente pericolo che sovrasta la Terra, intrappolata nelle Cascate Medusa, minacciata dal nuovo Impero dei Daleks. Nel frattempo Donna e il Dottore devono affrontare la Proclamazione Ombra per trovare la verità, mentre un vecchio nemico li attende al varco...

Luogo: Astronave madre dei Daleks e la Terra. Data: 2009. Nemico: Daleks e Davros. Il Dottore si è rigenerato senza però cambiare aspetto grazie al materiale genetico fornito dalla sua mano. Rose, Jackie, Mickey, Jack, Martha, Sarah Jane e il Dottore vengono catturati dai Daleks e Davros ne approfitta per dimostrare la sua gioia maligna nell'aver sconfitto il Dottore. Tutti credono che Donna sia morta insieme al TARDIS, ma in realtà Donna è ancora viva, insieme al Dottore.....

Fine 4^ stagione

Gli Ood chiamano il Dottore mostrandogli degli incubi ricorrenti e la resurrezione del Maestro e con essa gli annunciano la sua morte e "la fine del tempo". Il Maestro appena risorto si dirige verso una discarica e lì colpisce un contenitore di metallo con un bastone per quattro volte, il Dottore lo sente e quindi capisce che è lui che segnerà la sua morte. Sempre nella discarica il Dottore incontra il nonno di Donna Noble, Wilfred, che lo ha rintracciato grazie a un passaporola dei suoi amici. I due discutono su alcune stranezze, come il fatto che Donna (prima di scoprire che è la nipote di Wilfred) sia diventata la sua compagna di viaggio, e di come lui continui a incontrare l'anziano uomo così facilmente, come se l'universo li collegasse.

Fine 4^ stagione

Il Maestro si è impossessato dei corpi e delle menti di tutti i terrestri, mentre il Dottore riesce a fuggire con Wilfred sull'astronave dei due Vinvocci. I Signori del Tempo stanno per tornare e con loro il pianeta Gallifrey che spazzerà via la Terra, infatti il presidente di Gallifrey, Rassilon, vuole usare il suono dei tamburi nella mente del Maestro, che ora si è amplificato in quanto ha riconvertito tutti gli umani in copie di lui, per liberare Gallifrey dalla bolla temporale in cui venne combattuta l'Ultima Grande Guerra del Tempo, infatti i Signori del Tempo intendono riscrivere la storia per impediare al Dottore di distruggere Gallifrey, gesto che in passato pose fine alla grande guerra.