L'équipe tente de coincer un criminel de guerre serbe ayant assassiné la famille d'une vieille connaissance de Cabe. Les ennuis de Walter prennent un nouveau tournant.

Alors qu'il se retrouve derrière les barreaux pour tenter d'en savoir plus sur les manigances d'un groupe de criminels, Sylvester fait rapidement l'objet de menaces.

Walter, Cabe et Happy embarquent pour une nouvelle mission à bord d'un sous-marin sans moyen de communication avec l'extérieur, quand l'engin s'écrase au fond de l'océan.

L'unité Scorpion infiltre le tournage d'un film de superhéros dans l'espoir de retrouver un vieux missile soviétique vendu sur le marché noir.

L'équipe Scorpion voit le lancement de son nouveau projet compromis en découvrant qu'un terrible virus informatique s'est répandu dans son système.

Paige et Ralph se retrouvent piégés à bord d'un train lancé à pleine vitesse après que des cambrioleurs de haut vol ont saboté les lignes pour mener à bien leur casse.

L'unité Scorpion et les services secrets infiltrent les Nations Unies pour empêcher un ambassadeur de vendre des armes à des miliciens en lutte contre des rebelles.

L'équipe Scorpion se lance à la recherche d'un jeune hacker menaçant l'économie mondiale après avoir réussi à infiltrer le système informatique de la Réserve fédérale.

Coincés dans une réserve mondiale de plantes construite au beau milieu du Groenland, Happy, Sylvester et Cabe sont victimes de terribles hallucinations.

L'explosion d'une mine met l'équipe Scorpion à rude épreuve, tandis que les jeunes mariés Toby et Happy ont du pain sur la planche.

Walter et Paige se rendent à une convention sur les nouvelles technologies où se pressent des invités inattendus. Sly tente de décrocher son examen.

Après s'être cogné la tête en tombant pendant la nuit de Noël, Walter imagine une vie dans laquelle l'équipe Scorpion n'aurait jamais existé.