Travis, Madison et Alicia, capturés par des soldats, se retrouvent prisonniers dans un étrange complexe militaire. Dans le sous-sol se trouve Luciana, blessée.

Les Clark trouvent un nouveau refuge, au terme d'un voyage chaotique. Strand, qui tente de garder la main sur son domaine, fait face à une forte résistance.

Nick, Madison et Alicia cherchent toujours leur place dans le ranch, hostile. Madison fait une découverte concernant le passé d'Otto.

Daniel, vivant mais couvert de brûlures, la jambe infectée, erre dans les rues de Tijuana, où il est secouru par un homme qui le conduit à une fontaine.

Un incendie se déclare au Ranch, dans la maison d'un couple âgé. Nick et Alicia veulent dissuader Madison de rejoindre l'équipe qui enquête sur l'hélicoptère.

La tension monte autour du Ranch, encerclé par une menace extérieure. Madison profite de l'instabilité ambiante pour prendre le contrôle de la situation.

Le camp de Walker et le Ranch des Otto s'affrontent. Jake, suivi de près par Alicia, se retrouve en territoire ennemi, en quête d'un accord de paix.

Madison se rend à son tour au Black Hat, avec Ofelia comme guide et otage. Sur place, elle interroge Walker au sujet du poison. Il réitère ses menaces.

Les actions de la famille Clark ne sont pas sans conséquence. Un nouveau leadership prend le contrôle du Ranch. Daniel assiste Lola dans la distribution d'eau.

Le Ranch ne va pas tarder à se trouver à cours de provisions. Madison et Walker partent en quête d'une solution. La paix est précaire en leur absence.

Grâce à la résurrection d'une vieille amitié, les habitants du Ranch lancent une nouvelle mission d'approvisionnement. Ils font appel à une aide extérieure.

Nick et Jake se préparent à gérer une situation délicate. Le Ranch s'apprête à faire face à la plus grave menace de toute sa courte et précaire existence.

Tout semble perdu pour les réfugiés du Ranch. Alicia se retrouve dans une position de leader, qui l'oblige à prendre des décisions importantes.

Alicia se découvre un allié potentiel. Pendant ce temps, Ofelia frôle la mort. De son côté, Nick se sert de ses compétences pour profiter de la situation.

Les raisons qui poussent Strand à agir deviennent plus claires lorsque Nick découvre une nouvelle menace qui plane sur le barrage. Des vies sont en jeu.

La loyauté de Strand est mise à l'épreuve, lorsque le barrage est soumis à une attaque. La famille Clark est poussée à des mesures extrêmes.

Sept ans se sont écoulés depuis que Morgan Jones et Madison Clark ont perdu tout espoir de sauver Mo du Padre. Aujourd'hui c'est le découragement qui prévaut sur l'île. Morgan, Madison et tous ceux qui vivent en leur compagnie se retrouvent désormais sous la coupe du cynique Padre. Et c'est sur Mo, âgée de 8 ans à peine, que repose maintenant tous les espoirs...

Après avoir fui le Padre, June se pense en sécurité jusqu'à l'arrivée d'un père désespéré, à la recherche de sa fille, et des retrouvailles inattendues.

Mo tente de rassembler des preuves de ce qu'est réellement la communauté de Padre. Cette quête délicate l'amène à mettre au jour des secrets déstabilisants.

Le retour de Morgan à King County se complique lorsque Padre vient le chercher.

Morgan, Mo, Dwight, Sherry et Finch se précipitent pour ramener Grace, brûlante de fièvre, auprès de June. Par radio interposée, celle-ci les informe qu'ils doivent retrouver le wagon à bord duquel elle a soigné Finch et June. Seule Shrike peut indiquer où il se trouve, et elle émet ses conditions.

Morgan ne veut plus systématiquement voir rouge et s'en prendre à tous ceux qui l'entourent dès qu'il perd un être cher. Accompagné par Madison, il tente de retrouver la trace de Mo. Celle-ci est partie dans les marécages, suivi par de nombreux morts-vivants. Shrike préfère évacuer l'île, craignant de ne plus y être en sécurité.

Pour tenter d'échapper à un groupe hostile, Madison se réfugie dans l'hôtel tenu par Victor Strand, qui se fait désormais appeler Anton. Il a un fils adoptif, Klaus, avec son mari Franck et cache son passé. De peur que celui-ci ne revienne le hanter, il est prêt à livrer Madison à ceux qui la recherchent, mais celle-ci bénéficie d'une aide inattendue.

La recherche de gaz pour reconstituer les réserves de Padre conduit à des retrouvailles inattendues. Madison compte bien profiter de cette opportunité.

Dwight et Sherry n'ont d'autre choix que d'affronter les démons de leur passé s'ils veulent s'assurer le meilleur pour l'avenir.

Madison fait une découverte qui pourrait l'amener vers les réponses qu'elle désire tant trouver.

La horde dirigée par Troy encercle les murs de PADRE. Madison et son groupe doivent se battre pour leur survie et sauver ce qui reste.

Alors que la série touche à sa fin, le sort des survivants de PADRE semble reposer entre les mains d'un héros inattendu.