Alex se encuentra en medio de una sesión del Congreso para declarar sobre los atentados terroristas. Convencida de que Elias no actuó solo, ella está decidida a encontrar respuestas y la verdad. Tiempo atrás en Quantico, un nuevo grupo de NATs se une a Alex y sus compañeros de clase, lo que causará tensión y competencia entre los grupos de alumnos.

Esta semana los NATS aprenden como adquirir información de fuentes confidenciales, pero cuando se ponen a prueba sus habilidades en el mundo real, pronto se dan cuenta de que ser un agente no es tan fácil como parece. Mientras tanto, en el futuro, Alex se encuentra en una situación de vida o muerte cuando se ve obligada a dar información clasificada que podría resultar en consecuencias mortales.

En Quantico, los NATs forman equipos para las clases mientras que la tensión entre Liam y Drew continúa. En el futuro, Simon se enfrenta con su nueva realidad. 

Una célula terrorista intenta infiltrarse en Quantico, obligando a Miranda y Liam a pagar un precio mortal. Mientras que en el futuro, Alex sigue recibiendo instrucciones del terrorista, sólo que esta vez, la vida de Claire Haas es la que esta en peligro.

En Quantico, los NATS tienen un ejercicio de entrenamiento. Mientras que en el futuro, Alex encuentra un aliado poco probable en Hannah, mientras continúa tratando de detener al terrorista.

En Quantico, la asignación actual de los NATS es aprender acerca de la trata de personas, Liam y Miranda los ponen a prueba a cruzar la frontera EE.UU. / Canadá sin pasaporte. Mientras tanto, en el futuro, Simon sigue ayudando a Alex a tratar de encontrar al terrorista, pero al hacerlo pone su propia vida en gran riesgo.

En Quantico, los NATs ven a fondo los antecedentes de cada uno para determinar quién obtiene la acreditación de alto nivel de control de seguridad, y en el proceso Alex, Shelby e Iris aprenden algunas verdades sorprendentes sobre Drew, Will y Caleb. Mientras tanto, en el futuro, Alex contacta a Claire Haas con el fin de encontrar a sus amigos y se sorprende al descubrir lo que le pasó a Caleb.

Es el día de la carrera en Quantico, los NATS conocen representantes de diversas dependencias del FBI para ayudarles a decidir. En el futuro, Alex continúa la búsqueda de los terroristas, y en el proceso, descubre algunas caras familiares - incluyendo a alguien que sabe cual es la fase final del terrorista.

Con sólo unas pocas semanas hasta la graduación, los NATS son enviados a varias oficinas de campo y Alex y Ryan se encuentran trabajando en un caso juntos. Mientras tanto, en el futuro, la relación de Shelby y Caleb toma un giro, y Alex no sabe en quién confiar cuando descubre nueva información sobre el hombre que ama.

Los reclutas están emocionados por la cercanía de la graduación mientras se preparan para abandonar Quantico y salir al mundo real con sus nuevas misiones. En el futuro, Alex descubre que alguien de quien se preocupaba en Quantico no es quien parecía ser, en tanto que se encuentra en el centro de otro posible ataque.

Es el día de graduación para los reclutas en Quantico, mientras, en el futuro, Alex y su equipo se encuentran a sí mismos cara a cara con el terrorista.

En el episodio final de la temporada, Alex y el equipo lanzan un nuevo ataque contra los Colaboradores y la Convención Constitucional.Intentarán parar una nueva enmienda que amenaza con acabar con la libertad de todos los americanos.