2년 전, 정체불명의 재앙 ‘버스트’로 가족을 잃은 아이코. 휠체어에서 일어선 그녀는 상실을 마주할 준비를 한다. 하지만 한 소년이 전학 오면서 그녀의 삶이 흔들린다.

간자키와 함께 낯선 곳에 도착한 아이코. 그곳에는 아버지의 동료였던 구로세가 기다리고 있다. 그가 들려준 진실. 지금 아이코의 육체는 진짜를 복제한 인공 유기체였다.

특수 부대에 억류된 아이코와 간자키. 하지만 다이버들이 침투해 두 사람을 구한다. 이제 1차 지점으로 출발할 순간. 악성 매터가 활성화됐지만, 지금 물러설 수는 없다.

악성 매터 대응책을 두고 의견이 엇갈리는 정부. 하지만 아이코와 다이버들은 이미 K1으로 향하고 있다. 매터 절단 게이트를 확보하라. 그러면 일단은 살아남을 수 있다.

캠프에서 물자를 보충하는 다이버 일행. 그곳에서 아이코는 아버지가 남긴 선물의 비밀을 알게 된다. 한편, 구로세를 막으려는 난바라와 이사즈는 은밀하게 뭔가를 꾸민다.

천방지축 날뛰던 가에데 때문에 일정이 지체된다. 다음 목표는 제3구역. 거기 들어가려면 해 뜨기 전에 K2에 도착해야 한다. 그 길에서 아이코가 이상한 능력을 발휘한다.

다이버 일행의 앞을 가로막는 특수 부대. 진퇴양난의 처지에 빠진 다이버들의 사투가 시작된다. 구로세는 이사즈의 외동딸 유즈하가 매터와 관계있다는 사실을 깨닫는다.

분노한 다이버들은 임무를 거부하려 한다. 하지만 이 여정에는 의미가 있다. 재앙을 끝내고자, 다시 길을 떠나는 다이버 일행. 한편, 이사즈는 결정적인 비밀을 알게 된다.

간자키를 믿어도 좋은 걸까. 자신의 임무에 의혹을 품는 아이코. 이사즈는 1차 지점에 도착한 다이버들과 통신을 연결하고, 그들을 갈라놓을지도 모를 비밀을 폭로한다.

악성 매터 안으로 들어간 아이코. 그 안에서 또 다른 자신과 교감하며 기억과 눈물을 나눈다. 그사이 인간 형상의 매터에 사로잡힌 간자키는 유즈하의 의식을 발견한다.

모든 것이 거짓이더라도, 내 마음만은 진실. 운명을 걸고, 아이코는 사랑하는 가족을 구하기로 마음먹는다. 하지만 매터와 연결한 이사즈가 아이코를 내버려 두지 않는다.

아이코가 수술 장치로 들어간다. 반드시 그녀를 살리겠다고, 진정으로 속죄하겠다고 맹세하는 간자키. 다이버 동료들도 사방을 둘러싼 매터와 싸우며 그 곁을 지킨다.