Wanneer een rechter en haar dochter worden vermoord nadat ze een man heeft veroordeeld tot levenslang, zoeken Maggie en OA naar de moordenaar die een mogelijke vergeldingsactie lijkt. Dana heeft een belang in deze zaak omdat ze een geschiedenis heeft met het slachtoffer.

Een bommenlegger heeft het op de elite van Wall Street gemunt. Maggie en OA zoeken de verdachte die op een wraakactie uit lijkt te zijn.

Een vrouw met informatie over de dood van Maggie's man is ontvoerd, waardoor OA en het team een criminele operatie hebben ontdekt die groter was dan iemand zich had voorgesteld. Ook brengt Dana haar carrière in gevaar wanneer ze stand-by staat en Maggie aan deze zaak laat werken die zo'n persoonlijke band met haar heeft.

Nadat een bom ontploft in een restaurant in Queens, wordt de zaak voor OA, die daar opgroeide, persoonlijk. Maar wat in eerste instantie lijkt op een terroristische aanslag, blijkt complexer te zijn en OA gaat undercover om nog een incident te voorkomen.

Een liefhebbende echtgenoot en vader van twee, Jim Russo, wordt ontvoerd nadat hij per ongeluk betrokken was geraakt bij illegale transacties, veel verder dan hij dacht. Ook moet Jubal een moeilijke beslissing nemen over zijn familie en hun toekomst.

Nadat een Wall Street-investeerder is vermoord, wordt het team naar een ring met voorkennis geleid die onconventionele methoden gebruikt om informatie te verkrijgen. OA worstelt om vertrouwen te houden in zijn ontluikende relatie met Mona.

Na een ruzie met een student wordt leraar Patrick Miller vermist, waardoor het team iedereen onderzoekt die misschien wrok tegen hem heeft gehad. Ook komt er een belangrijke getuige in de zaak om te helpen, en Maggie doet er alles aan om hun veiligheid te waarborgen.

Wanneer een Amerikaanse advocaat wordt gevonden op een steenworp afstand van het lichaam van een privé-escort, moet het team samenvoegen wat de twee schijnbaar willekeurige slachtoffers met elkaar verbond. Ook maakt Jubals band met een van de slachtoffers het vinden van de moordenaar veel persoonlijker.

Nadat de politie het verzoek van een wanhopige vader om hulp heeft genegeerd, ontvoert hij de dochter van een miljardair en houdt hij haar in een bijna ondoordringbare veilige kamer gegijzeld totdat zijn eigen vermiste kind aan hem wordt teruggegeven. Jubal stelt zijn onderhandelingsvaardigheden op de proef.

Het FBI-team onderzoekt een slechte drugsdeal nadat het lichaam van een student is gevonden. Ook komt rechercheur Hailey Upton tijdelijk bij het team en merkt dat haar gebruikelijke onderzoeksmethoden botsen met de meer dichtgeknoopte omgeving van het bureau.

Het team verwelkomt een nieuw lid, special agent Tiffany Wallace, terwijl ze zoeken naar moordenaars die een massale schietpartij op een mediabedrijf hebben georkestreerd, en de persoonlijke band van OA met de zaak dreigt zijn oordeel te vertroebelen.

Een schietpartij op een quinceañera laat twee doden vallen, maar het team gelooft dat dit misschien niet de beoogde doelen waren. Maggie zit ook vast tussen een rots en een harde plek terwijl het team de beste strategie bepaalt om een getuige te gebruiken om de verdachte neer te halen.

Nadat een bom drie mensen om het leven heeft gebracht, zet het team een onwillige informant onder druk om informatie te verzamelen van zijn goede vrienden die verdacht worden. Ook vindt OA spanning in zijn relatie met zijn vriendin, Mona, wanneer ze botsen over waar de rechten van de informant liggen.

Het team haast zich om twee artsen op te sporen die zijn ontvoerd door een wanhopige vader die alles wil doen om zijn zoon te redden. Ook heeft de onzekerheid van Jubal in zijn gezinsleven invloed op zijn oordeel tijdens de gijzeling.

Wanneer de CEO van een grote beursvennootschap wordt doodgeschoten terwijl hij wordt omringd door demonstranten, onderzoekt het team wie het meeste te verliezen had door de vermeende manipulaties van zijn bedrijf. Ook komen Scola's vorige Wall Street-carrière en de redenen die hij verliet aan het licht naarmate de financiële details van de zaak zich ontvouwen.

Nadat een jonge vrouw is vermoord op weg naar huis van een uitbundig jachtfeest, onderzoekt het team wie ze was en hoe ze op het evenement kwam, dat werd bijgewoond door enkele van de meest invloedrijke mensen ter wereld. Ook betrekt Maggie Crosby bij het onderzoek nadat een moordverdachte is geïdentificeerd als een veteraan die bij verschillende legeroperaties met Crosby was geweest.

De crossover gaat verder op FBI: Most Wanted S03E01 Exposed (II) en FBI: International S01E01 Pilot (III).

Het team probeert belangrijke informatie te ontfutselen van een kwetsbare weduwe van 9/11, Hannah Thompson, die geschokt is dat haar nieuwe 'vriend' de manipulatieve leider is van een terroristische groepering die een aanslag plant. Ook wordt Scola herinnerd aan de dood van zijn broer op 9/11, en Tiffany maakt zich zorgen over zijn emotionele keuzes tijdens het onderzoek.

Wanneer een jong stel vermoord wordt aangetroffen in een park in New York City na terugkomst van vakantie, gaat het team op zoek naar een verdachte die verband houdt met de drugshandel. Ook slaat Scola een nieuw blad om als het gaat om zijn relaties.

OA wordt gedwongen een van zijn grootste angsten het hoofd te bieden wanneer het team ontdekt dat dodelijk saringas mogelijk is verkocht aan terroristen.

De moord op een TSA-agent brengt het team ertoe een moordenaar op te sporen die drugskoeriers gebruikt om de veiligheidscontroles op luchthavens te exploiteren. OA worstelt ook met de nasleep van de blootstelling aan sarin-gas en de tiende verjaardag van de dood van zijn legervriend in Afghanistan.

Het team draait om wanneer hun geheime operatie om een ​​enorme bom van een illegale makelaar te beveiligen, hen ertoe brengt te ontdekken dat het apparaat al in verkeerde handen is. Ook wordt de belofte van Jubal om aanwezig te zijn op het verjaardagsfeestje van zijn zoon op de proef gesteld terwijl de zaak steeds meer oplaait.

Terwijl het team een ​​dodelijke overval onderzoekt die automatische wapens voor de moordenaars opleverde, ontdekken ze dat een van de daders een klasgenoot is van Jubals zoon, die niet graag meewerkt aan de zaak.

Het team onderzoekt een reeks brute aanvallen; OA verbergt informatie over zijn eigen overval.

Een tiener verschijnt op het hoofdkantoor van de FBI met een grote zak fentanyl, op zoek naar bescherming van het team tegen de mannen die zijn vader neerschoten; Nina gaat naar Scola met een voorstel dat hij aarzelt om te accepteren.

Het team komt in actie wanneer analist Kelly Moran wordt gegijzeld.

Wanneer een prominente arts dood wordt aangetroffen bij een rituele moord, moet het team een ​​race tegen de klok voeren om een ​​religieus gemotiveerde seriemoordenaar op te sporen. Ook staat Scola voor een beslissing op leven of dood.