Die Ärzte kämpfen im Krankenhaus um Kristins Leben. Das Team steht noch unter Schock, muss aber dennoch die Ermittlungen im Mord an einem Geschäftsmann aufnehmen. Nachdem er von zahlreichen Mitarbeiterinnen der sexuellen Belästigung beschuldigt worden war, hatte er seinen Job verloren. Wurde er also von einem seiner früheren Opfer getötet?

Eine Bank wird überfallen, es wird aber nichts gestohlen. Der Schlüssel zur Lösung dieses Rätsel könnte in einem Schließfach liegen, dessen Inhalt für die nationale Sicherheit von Bedeutung und einem bekannten Cyber-Kriminellen in die Hände gefallen ist. Kristen nimmt ihren Dienst zunächst am Schreibtisch wieder auf. Ihre Kollegen fragen sich, ob sie tatsächlich bereit für den nächsten Einsatz ist, wie sie selbst glaubt.

Als Jake Osborne eines Morgens auf dem Schulweg verschwindet, ist die Aufregung beim FBI groß, denn Jake ist der Sohn von Dan Osborne, einem pensionierten, hochdekorierten FBI-Agenten; und auch Freund und ehemaligen Mitarbeiter von Isobel aus ihrer Zeit beim Drogendezernat. Die Vermutung liegt nahe, dass Jakes Verschwinden etwas mit der beruflichen Vergangenheit seines Vaters zu tun hat.

Die Medien überschlagen sich, nachdem die Leiche eines Generalstaatsanwalts in unmittelbarer Nähe von einer toten Prostituierten gefunden wird. Das FBI muss herausfinden, was tatsächlich zwischen den beiden Opfern geschehen ist. Dabei stoßen die Beamten auf einen Rapper, der zu Publicity-Zwecken einer Gang beigetreten ist.

Kristin nimmt ihre Arbeit als Ermittlerin im Felde wieder auf. O.A. wird von seiner Vergangenheit heimgesucht, als Sulaiman Mansor wieder auftaucht, der Anführer einer Terrorzelle, von dem er glaubte, er sei vor zwei Jahren getötet worden. Der damalige Luftschlag wurde von einem alten Freund von O.A. ausgeführt – doch tatsächlich hatte der keine Bestätigung für den Aufenthalt Mansors in dem Gebäude eingeholt.

Nach drei dramatischen Stunden gelingt es dem FBI, die entführte Tochter eines Milliardärs zu finden. Gemeinsam mit ihrem Entführer sitzt sie in einem Panikraum. Tatsächlich sagt der Kidnapper den Beamten, dass seine eigene Tochter bereits vor Wochen entführt wurde, die Polizei aber nicht genug unternommen habe. Darum habe er sich nun durch die neue Entführung Aufmerksamkeit verschafft. Er gibt den Beamten drei Stunden, um ihren vermeintlichen Fehler zu korrigieren.

Stecken politische Motive hinter der Schießerei bei einer Demonstration? Tatsächlich stellt sich heraus, dass es sich um einen Racheakt handeln könnte, nachdem ein 16-Jähriger dank mutmaßlich falscher Beweise zu einer Gefängnisstrafe verurteilt wurde. Die Beziehung zwischen O.A. und Mona erhält weitere Risse. Maggie erhält ein interessantes Job-Angebot, für das sie aber New York verlassen müsste.

Ein Schulbus mit 26 Kindern wird entführt. Er ist spurlos verschwunden. Am Ort der Entführung finden sich die Leiche des Busfahrers und die zerstörten Handys der Kinder. Ein Kind hat den Überfall gefilmt, das Video ließ sich rekonstruieren. Es führt die Ermittler letztendlich auf die Spur eines gewissen Sam Givens. Da dieser vor 10 Jahren schon einmal von Jess LaCroix von der „Fugitive Task Force“ hinter Gitter gebracht wurde, unterstützen dieser und sein Team das New Yorker FBI-Büro bei diesem Fall.

Das Crossover wird gesetzt bei „FBI: Most Wanted“ 1x09 („Kaltblütig“).

Omar lernt eine vorübergehende neue Partnerin kennen, Hailey Upton vom Chicago P.D.; und beide erwischen einander erst einmal auf dem falschen Fuß. Trotzdem müssen sie zusammenarbeiten, denn es erwartet sie gleich ein neuer Fall: der indischer Student Aman wurde offenbar gefoltert, danach erschossen und im Park abgelegt.