뉴욕의 한 아파트에서 폭탄 2개가 차례로 폭발하는 사고가 발생한다. 아파트에 살던 갱단 조직원이 표적이었다는 것이 밝혀지고 사건을 맡은 FBI의 특수 요원 매기 벨과 OA 지단은 조직 내부의 세력 다툼으로 추정하고 수사한다. 하지만 유력한 용의자도 폭탄 테러로 살해되고, 연이어 또 다른 폭탄이 발견되며 범인의 정체는 미궁에 빠지는데...

현금 수송차에 괴한들이 급습해 현금을 들고 달아난다. FBI는 범인들이 수송차 이동 경로를 알고 있던 점으로 미뤄 내부자의 소행으로 추정한다. 현금 수송 업체 내부 공모자의 정체를 밝혀내지만, OA는 참전 군인이었던 공모자에게 동질감을 느끼며 돌발 행동을 하는데...

폭로 기사로 유력자들의 심기를 건드리던 스타 기자 롭 맥캔이 공원에서 살해된다. 매기는 같은 기자였던 제이슨이 생각나 사건에 감정을 이입하고 OA와 데이나는 매기를 불안하게 지켜본다. 범인의 주도면밀함 때문에 수사는 난항을 겪지만 크리스틴의 활약으로 용의자의 신원을 찾아내는 데 성공한다. 매기는 용의자의 얼굴을 보더니 제이슨이 죽던 날 찍은 동영상을 찾아 보는데...

월가의 유명 투자 은행에서 폭탄 테러 사건이 일어난다. 범인이 노린 표적이 은행의 여성 CEO로 밝혀지자 FBI는 여성에 적대감을 가진 주변 인물을 조사한다. 그러나 전혀 예상치 못한 곳에서 2차 테러가 벌어진다. 한편, 부장이 보낸 프로파일러 스펜서 브릭스는 사사건건 데이나와 부딪친다. 3차 테러가 닥친 절체절명의 순간, 두 사람은 또다시 팽팽한 신경전을 벌이는데...

심장 이식을 앞둔 이집트 장군의 경호를 맡은 FBI. OA는 장군이 이집트에서 저지른 만행 때문에 악감정이 있지만, 경호팀에 합류해 임무를 수행한다. 병원으로 이동하던 중, 엘 마사리가 탄 차량이 총격을 받고, 요원이 총상을 당하는데...

유력한 차기 대통령감인 상원 의원 밸러리 콜드웰의 경호원이 차량 폭탄 테러로 사망한다. FBI는 테러범을 찾기 위해 수사를 하던 중 뜻밖의 비밀을 알게 된다.

한 건물 앞에서 총기 난사 사건이 벌어진다. 피해자들이 진보 언론사의 기자들로 밝혀지자 혐오 단체의 소행을 의심하던 중 OA의 정보원인 제인이 범인들을 안다며 연락해 오지만 정작, 사건 현장 CCTV에서 제인이 목격되고 연락마저 두절되자 OA는 혼란스러워한다. 한편, 잠입 근무를 성공적으로 마치고 복귀한 매기는 뭔가 숨기는 기색인데...

한 경찰관이 교통 검문 중 살해당하는 사건이 발생한다. 용의 차량에 탄 남자가 악명 높은 카르텔의 수장 안토니오 바르가스란 사실이 밝혀지고, FBI가 발 빠르게 바르가스를 체포해 마약까지 회수하는 데 성공하지만 검거의 기쁨도 잠시, FBI 요원 엘리스가 목에 폭탄을 매단 채 건물 로비로 걸어 들어오는데...

세관의 컨테이너 조작장 창고에 강도가 침입해 직원들을 살해하고 '무수 암모니아'가 들어 있는 탱크를 탈취해 달아난다. 범인들이 갱단 소속임이 밝혀지고 FBI는 이들이 마약 제조를 목적으로 화학 물질을 탈취했다고 의심한다. 네스터와 공조 수사를 하게 되면서 매기는 네스터의 새로운 면을 보게 되는데...

영업이 종료된 식당에서 포커 게임을 벌이던 유력 인사 다섯 명이 살해당한다. 단순 강도의 소행인 줄 알았던 사건은 범인과 피해자의 숨은 정체가 드러나며 새로운 국면을 맞게 된다. 한편, 부장 대행으로 온 리나는 이소벨과 묘한 대립각을 세우는데...

The team finds a connection between bombings and a private veterans' club in New York City; Isobel tells a reluctant OA to recruit a former Army buddy for intel.

OA is forced to confront one of his biggest fears when the team discovers that deadly sarin gas may have been sold to terrorists.

The team investigates the murder of a professional informant after he's found dead outside an abandoned factory in Red Hook. Also, Maggie reconnects with an old colleague and mentor.