某一天，某个都市突然消失——唯一幸存下来的少女小雪，被神秘组织所囚禁，她也渐渐封闭了自己的内心。而救出这样的小雪的是，孤身一人的运输员拓也。两人以小雪父亲传来的信息为根据，打算前往消灭都市。然而在他们前行的路途上，无法想象的困难在等着他们。

在前往消灭都市的途中，由于神秘少年的袭击而受了重伤的拓也。他判断再这样继续追寻消灭事件会很危险，打算暂时从封锁地区撤退。敌方组织的干部·铃奈的追兵，正在逼近着两人。虽然得到了曾经的伙伴由美子和幸太的帮忙，但在组织所操纵的念灵面前，他们还是陷入了穷途末路。

拓也和小雪，打算与前来救援的极客一起逃出封锁地区，就在这时，被卷入消灭事件的偶像·SPR5的由雅却突然出现在他们的面前。极客推测他们由于消灭事件所导致的时空扭曲而穿越到了过去，而小雪的样子却变得有点奇怪——如何才能回到原来的世界呢……

与自己的弟弟·苍真的悲剧再会让小雪的精神暴走，引发了第二次的消灭现象。虽然好不容易被救了出来，但是拓也受了重伤还未醒来，小雪也暂住在英司的家中躲避风波。出现在非常消沉的小雪面前的是，继承了死去父亲的意志的警察·凉子。凉子打算找出敌方组织的秘密，以及即将查明的关于消灭现象的秘密到底是什么。

魔术师·庆明持续地搜寻着自己分别的哥哥银翼，他认为只要自己拿到哥哥一直在寻找着的圣物就能再次与他见面。与此同时小雪为了阻止弟弟苍真的暴走而打算拿到圣物。拓也和小雪觉得自己和庆明利益一致，决定和他并肩作战。而在消灭事件后消失了踪迹的银翼却突然出现在了他们面前……

怪盗团X的团长银翼在被苍真的操控下发起了激烈地攻击，而面对这样的他，弟弟庆明却感到非常困惑。拓也和小雪、以及怪盗团的成员们都团结一致来对抗银翼。然而失去理智的银翼的进攻非常猛烈，所有人的攻击都对他无效。在束手无策的状况下，庆明所采取的行动是？围绕着圣物的三方势力的攻防又会演变成如何……

小雪将处于昏迷状态的苍真留在了英司的宅邸进行养伤。与此同时，拓也得知了曾经进行过潜入调查的儿童养护设施与敌方组织有着联系，打算与想要报同间设施出来的庆明、凉子的仇的同事勇次、侦探圭吾一起赶往荒废的学园遗迹。拓也在那里看见了理应被卷入了消灭事件的日菜子老师和孩子们的身姿，认真直视了自身的后悔。

养护设施和LACUNA化学研究所有着联系，孩子们被作为人体实验的材料。得到了物证的拓也决定和伙伴们团结起来对抗敌方组织。他们认为从正面撞过去也没有胜算，于是通过媒体来揭露敌人组织秘密的作战开始了。另一方面，敌方组织的首领·太阳有一个可怕的计划。拓哉他们的作战能否成功，能将太阳逼上绝路吗……

这是小雪出生之前，年轻时的父亲·大地的故事。大地为了某个目的，和太阳、皎月一起从另一个平行世界来到了这里。而太阳和皎月控制组织，反复进行人体实验。为了完成连接平行世界的传送门，大地埋头于研究。这样的他，某天遇到了一位名叫美冬的女性，加深了自己对使命的执着。不久后，大地和太阳发生了冲突……

小雪亲手葬送了苍真，以及在一旁注视着小雪的拓也。英司和桔梗担心两人的安危，向他们摆明了一个真相。失落之地充满了影响人体的波动性物质，进入的人无一生还。为对方着想的，进退为难的拓也和小雪。两个人做出的决断会是什么？

互相确认了彼此决心的拓也和小雪，终于走向了失落之地。为了即使受到波动性物质的影响，两人也能继续保持意识和记忆，极客等人摸索着从外部支援的方法。另一方面，太阳也确认了大地一直存在于失落之地的内部，为了做个了断而自行前往失落之地。在失落之地的最深处，两人看到了什么……

通过互相给对方提醒，总算是保持着意识的拓也和小雪。在失落之地最深处阻止失落扩张的父亲大地与来到此处的太阳正在对峙。大地给小雪发的短信内容的真意是什么？为了解救被卷入失落之地的无数人，同时也为了活在当下的所有人，小雪做出的决断会是什么？以及拓也和小雪之间的这段旅程的结局又会是……