에반게리온 2호기를 일본으로 수송하던 UN 함대를 사도 가기엘이 습격하게 되고 이에 신지와 아스카가 함께 2호기에 탑승해서 사도와 싸운다. 처음에는 수중 장비를 장착하지 않은 2호기에게 불리하게 진행되지만, 전함 2척을 자침시킨 후 가기엘의 입 안에 집어넣고 영거리 사격과 자폭으로 가기엘을 제압한다.

전반부는 총정리 개념의 에피소드로 인터뷰 혹은 제레의 회의 형식으로 지금까지의 내용을 요약한다. 후반부에는 신지와 레이가 에바의 기체를 바꿔 탑승하는 크로스 테스트를 시도한다.

에바 싱크로 테스트의 결과에서 신지의 싱크로율이 드디어 아스카보다 높게 나온다. 한 순간에 신지에 의해 1등을 빼앗긴 아스카는 명령을 무시하고 제12사도 레리엘을 공격하는데, 순간 레리엘이 사라지면서 초호기 위로 오더니 갑자기 초호기가 레리엘의 그림자 속으로 빨려들어 간다.

폭주한 초호기는 네르프의 사도 격퇴용 방어시스템에 의해 붙잡힌다. 한편 신지는 초호기의 폭주로 싱크로율 400%를 찍었는데, 이 때 신지의 AT필드가 풀리고 엔트리 플러그 속의 LCL 용액과 융합된다. 신지는 플러그 속에 영혼만 떠다니며 마음 속의 아야나미 레이와 이야기를 나눈다.

아스카가 싱크로율에서 2위를 한 것에 자괴감을 느끼고 있는 상황에 15번째 사도 아라엘이 출현한다. 초호기는 폭주로 동결되고, 아스카가 출격하여 상공의 아라엘을 사격하기에 이른다. 이번이 마지막 기회라고 생각하며 신중히 조준하는 순간, 갑자기 빛이 구름 사이로 내려오며 아스카가 고통스러워하기 시작한다.

아스카는 폐인이 되어 싱크로율 0% 상태에 이르고, 식물인간 상태로 입원하게 된다. 16번째 사도 아르미사엘이 침공하자 초호기와 0호기가 출격하게 된다. 아르미사엘이 0호기에 접근하여 그대로 에바 0호기에 침식 공격을 시도하고, 사도의 공격을 받은 0호기는 순식간에 괴상한 형태로 뒤틀리기 시작한다.

신지는 자신이 어디에 있어야 하는지 여전히 모르겠다고 한다. TV 밖의 세상이 나오며 신지는 이 세상을 꿈이라 생각한다. 알람이 울리며 아스카가 깨우는데 아빠도 엄마도 소꿉친구도 있는 평범하고 화목한 가정으로서의 신지가 나온다. 아이들이 웃는 장면에서 갑자기 대본이 나오더니 대본에 써있는 대로 아이들이 웃는다.