６ヵ月間の長い暗闇が、南極に到来した。「南極科学研究基地ポラリス６」では、世界屈指の生物学者アーサーを含む10名の越冬隊を残し、夏期隊員たちが南極を去ることに…。夏期隊長のヨハンは「越冬隊」に選ばれた遺伝学者の妻アニカに別れを告げ、基地の管理を冬期基地隊長エリックに委任。初めて越冬隊に参加する医師マギーと、アーサーの右腕アキも、入念に準備を進める。その６ヵ月後――。突如、基地からの連絡が途絶え、心配したヨハンと同僚たちは基地へ急行。すると、そこには悪夢が広がっていた…！越冬隊のうち７名が無残な遺体となって発見され、生存が確認された者もいる一方、行方不明になっている者もいた…。

妻のアニカは生きていると信じ、懸命に捜索を続けるヨハン。だが無念にも、激しい嵐のため捜索は一旦中止に…。捜索チームに加わった夏季隊員の医師ミケは、死亡隊員たちの指を使って携帯電話のロックを解除し、真相の手がかりを得ようとするが、なぜか解除できない携帯電話もあり…。その頃、マギーは越冬隊の技術者ニルスたちが見つけた無残な死体について、記憶を取り戻す。ニルスの後を追い、氷に埋もれた血まみれの氷鋸を発見したいきさつを語るマギー。しかもその後、ニルスをめぐって越冬隊の中で“予期せぬ事態”が起こった挙げ句、アキが“あるもの”を発見したという。一方、捜索チームの一員であるグスは、基地の近くから微弱な無線信号が発せられているのに気づく。それはSOSのメッセージで…!?

ヨハンは新たに見つかった生存者アーサーに聞き取り調査を行う。「マギーの話を信じるな」と話すアーサー。一方、ニルスの遺体が見つかったときに解剖した時の様子をマギーは、ヨハンに打ち明ける。ニルスの胸には「Ⅴ」の字が刻まれており、これが越冬隊員同士の争いの引き金になったというのだ。命の危機にさらされた越冬隊は救援を求めるため、誰か1人を雪上車で一番近くの基地まで行かせることにした。しかし、この選出は“ある人物の策略”によって操られたものだった…!? 徐々に明らかになる惨劇の真相。そんな中、捜索チームは基地近くの雪の中から“あるもの”を発見する！

古参隊員たちは使用可能な無線を探すため、マギーとアキを残して、旧基地である「ポラリスⅤ」へ行くことを決定。だが、自分たちが意図的に置いていかれたと察したマギーは、アキを説き伏せ、みんなを追って「ポラリスV」へ。そこには、明らかに動揺した古参隊員たちの姿があり…!? 一方、アーサーの証言により、ヨハンは新たな情報を入手する。「ポラリスⅥ」の近くで発見された焼死体は、数年前に「ポラリスV」で起こった“悲劇の事故”で命を落とし、英雄と称えられた科学者サラだったのだ！しかも、やがてサラの死をめぐり、衝撃の事実が発覚し…!?

サラは「ポラリスⅤ」の事故で亡くなったのではなく、何者かに殺されていた…！しかも、サラの遺体を見つけた直後、マギーは謎の人物が何かを探しているのを目撃。後を追った彼女は、殺人者が探していたあるものを見つけた…！マギーとアキは、謎の人物は「ポラリスV」の元隊員で、サラの殺害を隠蔽しようとしているのだと推察。そんな中、謎の人物に追われる身となったマギーとアキは、取り返しのつかない行動に出てしまい…！謎の人物の意外な正体が次々と浮き彫りになる中、事件はこれだけで終わりではなかった。マギーとアキの耳に、一発の銃声が飛び込んできたのだ！それは新たな殺人の合図だった――。

マギーはためらいながらもヨハンに向かって、彼の最愛の妻でもある越冬隊員アニカから引き出した“告白”について、語り出す。それはアーサーが「ポラリスⅤ」での任務中、サラに対して到底信じられない行動を取っていたのだ。まもなく、ヨハンは自分たちがずっと見当違いの場所で、アニカを捜していたことに気づき、急いで捜索活動を仕切り直す。そして、とうとうアニカが乗っていたスノーモービルを発見するのだが…!? ついに明かされる、完全なる暗夜が続く６カ月の間に起こった、謎多き凄惨な事件の全貌。しかし、その奥底には最後の最後まで誰も知り得なかった“最も冷たい真実”が潜んでいて…！