Un des prototypes de tank nouvelle génération devient brusquement fou et quitte de lui-même la technopole où il subissait des tests de fonctionnement. La Section 9 se met à sa poursuite, tout en essayant de découvrir la raison de cette mystérieuse fugue robotique. Se pourrait-il qu'un humain se cache derrière cet engin, au cœur d’intérêts commerciaux et militaires ?

Un beau jour, presque tous les androïdes de type « Jeri » décident de mettre fin à leur existence. Ce « suicide » simultané interpelle la Section 9. Celle-ci enquêtait déjà sur une crise de folie qui avait gagné des androïdes du même fabricant. Pourtant, ce nouveau geste de rébellion ne semble pas cacher un complot, mais plutôt un signe des temps.

Le suspect Nanao est assassiné. De nombreuses personnes présentes au rassemblement tentent à tour de rôle d'assassiner le général. Toutes ces personnes ne semblent avoir aucun lien entre elles. La Section 9 soupçonnait le virus de Nanao de les avoir infectées, mais une investigation plus poussée n'en montre aucune preuve.

Le Ministère de la santé ayant été piraté, Togusa envoyé dans un centre hospitalier qui s'occupe d'enfants atteints de problèmes au cybercerveau. C'est dans ce centre que la Section 9 a retracé l'origine de l'attaque.

Une jeune fille a reçu un cyber-cerveau d'une nouvelle technologie. Elle est kidnappée. Cependant une caméra repère une fille qui lui ressemble des dizaines d'années plus tard. La Section 9 est chargée de la retrouvée, car l'ADN semble correspondre, même si son apparence n'a pas du tout changé malgré le temps passé.

Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.

Alors que des attentats-suicides se succèdent, le major infiltre un super ordinateur gouvernemental pour enquêter sur Gōda.

Lors de tests de recrutements pour la section 9, le major Kusanagi se retrouve dans un univers rempli des souvenirs de différentes personnes.