Yun dan Haberu yang serba boleh menyiasat bunyi dari sebuah rumah agam kosong. Mereka menjejaki sumbernya di tempat berdekatan, sementara Mei mendengar lagu yang sama.

Yun, Goro dan robot mereka, Jet Jaguar, berlawan dengan kaiju seperti pterosaur yang ganas, Rodan. Mei ke Tokyo untuk bertemu dengan seorang penyelidik terkemuka.

Segerombolan Rodan berhurung ke arah Nigashio. Kru Kilang Otaki bergegas untuk mengumpan Rodan ke luar bandar, tetapi tidak lama kemudian, mereka dikepung.

Seekor kaiju gergasi mendarat di Tokyo setelah mengekori sekumpulan Manda. Penerbangan Mei dan Profesor Li ke London terpaksa dilencongkan ke Milan dek Debu Merah.

Angkatan darat di bawah perintah Matsubara bertindak balas terhadap serangan Godzilla di Tokyo. Kini di London, Mei cuba mentafsirkan kajian Ashihara.

Godzilla meneruskan perjalanan sambil menyelimuti Tokyo dengan Debu Merah. Kru Otaki bergegas untuk menyelamatkan seseorang yang terjerat oleh kaiju seperti labah-labah.

Di rumah agam Ashihara, Yun dan Haberu cuba mentafsirkan kajian profesor menggunakan Jet Jaguar. Di India, Lina membawa Mei bertemu BB.

Sebelum menuju ke Kalkulator Dimensi Super, BB menawarkan pemandangan Titik Mufrad kepada Mei. Kru Otaki mara ke Tokyo untuk memusnahkan Godzilla.

Mei mendapat tahu tentang letupan besar yang dicetuskan oleh kalkulator Ashihara lama dahulu. Kanoko memberi Matsubara Orthogonal Diagonalizer untuk melawan Godzilla.

Mei, BB dan Pelops II cuba mengelak Malapetaka tetapi diserang hendap oleh Salunga. Sementara itu, kru Otaki melakukan ikhtiar terakhir dalam menentang Godzilla.