시리즈 첫 회. 독립적인 첩보 기관 시타델의 일급 요원인 메이슨 케인과 나디아 신은 비도덕적인 신생 연합체 맨티코어와 충돌하고, 엄청난 재앙을 겪게 된다. 8년 후, 과거의 모든 기억이 지워진 메이슨 케인은 '카일 콘로이'로 조용한 삶을 살고 있다. 그러던 어느 날, 이제 강력해져 새로운 질서를 만들려는 맨티코어를 막고자 하는 옛 동료 한 명이 그에게 도움을 요청한다.

카일과 버나드는 뉴욕시로 향해 너무 늦기 전에 시타델 X 케이스를 맨티코어 본부에서 훔쳐내려 한다. 이후, 카일은 과거의 한 인물이 여전히 살아있으며 모든 것을 걸고 그들을 찾고 있다는 것을 알게 된다.

카일과 나디아는 옛 안전 가옥을 찾아가고, 둘의 과거에 관한 작은 단서가 수면 위로 올라온다. 곧, 이들은 맨티코어를 막는 열쇠가 될지 모르는 전 협력자가 모로코의 한 시설에 투옥됐다는 사실을 알게 된다. 그를 구하기 위해서는 우선 현지 범죄 두목의 도움을 구해야 한다. 하지만 과거의 비밀이 드러나면서 이들의 임무가 발각된다.

애비의 전 신원이 밝혀지며 모두가 충격에 빠지고, 메이슨, 나디아, 설레스트의 복잡한 관계, 그리고 지금까지도 반향을 일으키는 끔찍한 결정이 드러난다. 한편, 나디아와 카일은 모로코의 맨티코어 부지 내로 들어가 목숨을 걸고 동료 스파이를 구하려 한다. 하지만 열광적인 환영도 잠시, 위험한 의심을 사면서 이들은 상황을 해결하기 위해 애쓴다.

나디아, 카일, 그리고 카터는 맨티코어에서 탈출하고 X 케이스를 지키기 위해 힘을 모으지만, 이 중 한 명의 의심이 극에 치달으면서 폭발적인 결과를 낳는다.

시즌의 화려한 마지막 편. 동료 한 명이 맨티코어에 인질로 잡힌 상황에서 카일, 나디아, 카터는 그를 구하고 핵무기를 손에 넣으려는 맨티코어의 계획을 무산시키기 위해 모든 것을 건다. 주인공들이 핵 위협에 맞서 싸우는 동안, 시타델 내부의 스파이가 드러나고, 그들이 알고 있는 모든 것이 거짓이라는 끔찍한 진실이 따른다.