Reese是中情局最顶尖的卧底特工，可是自从他一生中最爱的人遭遇不幸之后，他对生活彻底失去了信心，不仅装死退出了中情局，还成了不折不扣的流浪汉，街头酒鬼。在与一群地铁暴徒发生冲突之后，命案侦探Carter认出了他的身份，Carter将Reese带回警察局进行讯问，然而只过了几分钟，Finch先生现身并带走了Reese。Finch先生对Reese晓以利害，成功说服他加入自己的秘密行动组。

Finch的机器对一个社会保险号发出预警，Reese和Finch调查后发现该号码属于一个两年前被谋杀的孩子，不禁对机器的可靠性产生了怀疑。与此同时，Finch回忆起当初发明这部机器时的情形。

Finch的机器指示Reese和Finch找到一个退伍的海军陆战队士兵，他们发现此人与一个犯罪集团有某种联系。Reese决定渗透进这个集团，参与他们的抢劫行动，以便更好地了解真相。与此同时，Carter继续调查Reese的真实身份，她离真相似乎只有一步之遥。

Reese和Finch锁定了最新的目标：MeganTillman医生，通过跟踪这位年轻女医生上班和下班的生活轨迹，一个新的威胁浮出了水面。

Finch的机器对一个素以强硬作风著称的法官的社会保险号发出预警，Reese和Finch感觉他们遇到了真正的挑战。这名法官本身就是法律的代表，当然不希望与他们这种不入流的替天行道者打交道，更何况，调查一名法官本身就是很危险的事情。

Reese的下一个追踪对象是一个年轻、美貌、精明且足智多谋的女人，Reese不禁被她迷住了。

Finch的机器将一名目睹谋杀案的学校教师选为下一个跟踪目标，Reese和Finch不得不与时间赛跑来拯救他的性命。

Reese和Finch发现他们最新的调查对象与冷战时期的苏联间谍圈有联系，他们很好奇：在现代高科技诞生之前，间谍们的秘密行动是如何组织的。

当Finch的机器将Carter侦探选定为下一个“可疑目标”时，Reese、Finch与Carter警探的猫鼠游戏变得越发复杂了。

最近与Reese和Finch的遭遇让Carter侦探心有余悸，Finch的机器一下子吐出四个社会保险号（而不是通常的一个），让Reese和Finch目瞪口呆，不知如何是好。

Finch的机器找到了下一个嫌疑目标——某大厦的管理员，对住户们的监视超出了正常范围。Reese留在家里“玩”计算机，而Finch跑到外面去干搜集情报的工作。与此同时，Carter警探发现自己长期在调查的一起案件露出了冰山一角。

当Carter终于亲眼见到Reese的时候，Reese请求她帮忙调查机器锁定的下一个嫌疑目标——一个性格好斗，有过不良记录的年轻女人。她已经成功改变自己的人生道路并成为一名律师，可机器为什么选择她呢。

Reese和Finch最新的“可疑之人”是一个倒霉蛋，但最近却出人意料地时来运转。随着调查工作的深入，Reese和Finch不得不寻找一位曾经在他们的“可疑之人”名单上出现过的人前来帮忙——神通广大、关系众多的Zoe。

Finch的机器指认少年Darren为“可疑之人”。Darren的哥哥刚刚被人谋杀，或许这就是机器找到他的原因？与此同时，Finch越来越担心自己前任生意搭档的儿子会查出机器的真相。

为了接近机器挑选的下一位“可疑之人”，Reese决定潜入一个走私集团，但他很快发现整起事件背后另有玄机。

机器引Reese和Finch来到华尔街——一名在某大型投资银行工作的年轻交易员卷入了一场金额高达数百万美元的金融诈骗案。

机器提供的新社保号属于一个只有六个月大的婴儿，为什么她会成为谋杀的目标？Reese和Finch决定将注意力放在寻找她的父母身上，同时婴儿的到来也考验着这对奶爸的抚养经验，与此同时,Elias再次出现，令Carter警探开始质疑自己与Reese和Fiche合作是否明智。

机器找到的下一个“可疑之人”令Reese和Finch感觉头疼，因为这个人可能过着双重生活，而且不接触任何数字技术（如电视、手机、计算机、互联网等一切能够“反查地址”的电子设备），追踪起来难度极大。

机器一口气吐出五个社会保险号，他们分别属于纽约市五大黑帮家族。Reese和Finch怀疑这预示着Elias打算铲除所有的竞争对手。

机器吐出一个新号码，根据案件调查的需要，Reese隐姓埋名，将自己伪装成一名运钞装甲车的押运员。这起案件勾起了Reese的回忆——在他离开中情局之前的最后一起案件中，他被迫做出一个痛苦的决定。

Reese的生日到了，Finch决定给他放一天假。其实Finch这么做还有另一个原因——机器提供的最新号码与Reese的过去有关，他不想让Reese记起那段痛苦的回忆。

机器确定的下一名“可疑对象”卷入了一起黑暗而复杂的政府阴谋，但他对整件事过于好奇，可能会给自己带来不必要的危险。Finch对于这个“阴谋”十分熟悉。与此同时，Reese发现了Finch过去的秘密。

机器提供了一个心理学家的号码，Reese必须保护她（AmyAcker）躲过一名病人的追杀，同时避免被快速赶来的联邦探员逮捕——以前从来都是Reese监视别人，现在Reese自己被困在一个受到密切监控的地方，他该怎么办呢？与此同时，一个不速之客突然找上门来，令Finch大感意外。

遭绑架的Finch被成功解救，Reese也可以安心地外出执行任务了。这一次他将面对一个困难重重的任务：保护一名巴西外交官的女儿。这个小公主娇生惯养，刁蛮任性，实在让Reese头疼。

Carter和FBI玩起了一场心理游戏，希望能帮Reese摆脱Donnelly探员的「过分关注」；Reese同时遇到了新敌人和老对手；与此同时，Fusco侦探被迫独自救助机器指定的下一个可疑对象：美丽性感的超级模特KarolinaKurkova。

Reese被一个老熟人绑架，此人正策划发动一场大规模的网络恐怖袭击。如果其他人不尽快解救Reese，Reese有可能丧命。

一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese每天穿着西装去上班，Shaw当起了百货公司售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。只有Finch无所事事，不是下棋就是遛狗。

大二女学生ClaireMahoney沉迷于网络论坛的神秘游戏中，解出鹦鹉螺图案中隐藏的信息后，铤而走险黑入私人雇佣军的网络盗取了机密文件，引来了雇佣军的追杀。同时，Finch和Reese发现幕后黑手竟是Samaritan。

AndreCooper，一名职业社交导师，因过去曾出庭作证昔日朋友的犯罪证据，遭到上门报复。

两小孩为了身在监狱的母亲，偷走了黑帮用来交易的50万美金。兄弟会不能容忍别人在他们头上动土。Dominic真身第一次出现，为了掩人耳目，他竟然扮成无名小喽喽。Elias觉察到Finch背后有大秘密，并开始向他发问。Finch最后会向Elias坦白吗？

Samaritan将触手延伸至州长选举，竞选数据分析师SIMONLEE察觉出其中存在舞弊现象，并一心想要调查并揭发事情真相，这也引来了Samaritan的注意，杀手们伺机而动，SIMONLEE能否逃过此劫呢？另一边，闪回到2001年，finch初次调试TM时遇到问题，TM越来越智能，逐渐失去控制，finch尝试束缚它却被TM反制险些丧生于机房。面对Samaritan的日渐壮大，FINCH对TM的极度不信任，一触即发的人机大战，逃脱四人组是否能最终力挽狂澜呢？

一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为他喜欢在夜里假扮“侦探”。当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份“坚持到底”。

一伙国际大盗的头目Thomas的号码跳了出来，小队决定让有着盗贼副业的Shaw卧底进入其中一探究竟。他们很快发现，Thomas的团伙偷出的货物远比他们想象的危险，甚至引来了Samaritan和政府ISA特工的关注。与此同时，Root和Finch挫败了Samaritan利用教育版平板电脑监视就学儿童的计划。

Reese从凶案组临时借调到警校担任战术教官，同时监视一名与众不同的女学员。Shaw和Fusco发现她的身份并不单纯，她卷入了警察和黑帮的无间道以及Elias和Brotherhood的帮派斗争中。同时，Samaritan发现了上一集中国际大盗留下的蛛丝马迹，并追查到了Shaw的头上。

Shaw的行踪暴露，与Samaritan特工Martina展开激战。Root及时现身救走了Shaw，Fusco也帮助两人引开了Martina的注意力。而最新的号码则来自小队的“老朋友”Elias，这标志着Brotherhood向Elias的黑帮全面开战。Reese和Finch竭尽全力保护Elias和他的伙伴们，但最终还是付出了惨痛的代价。一直隐忍的Elias决定向Brotherhood复仇。

Samaritan开始在纽约展示它的力量，先是抢走了“无关号码”的生意，又在两天内展现了太平无事和天下大乱两种城市的形态。为了平息事端，TM通过代理人Root和Samaritan的代理人进行了谈判，但以无果而终收场。

Samaritan的野心已不仅局限在纽约，它攻击了证券市场，试图通过制造新的金融危机来影响美国乃至世界。小队决定全员出动。Shaw去地铁站寻找一名拥有证交所关键密码的员工，其它三人和Fusco则潜入证交所地下中心机房植入稳定市场的程序。但他们很快被Samaritan的特工包围。为了救出小队成员，TM进行了多次实时模拟来选择逃生方案，并将每一个成员的性格描绘得栩栩如生。在TM的指导下，小队成员完成了稳定市场的任务，但在逃生电梯口前被Samaritan的特工压制，生存几率跌落谷底。此时Shaw的出现成为TM和Samaritan都未能料到的意外因素。为了帮受伤的众人争取逃生时机，Shaw做出了惊人的举动，并使自己陷入生死未卜的境地。

本集政府特工的领导Control大妈回归，借助Samaritan指挥ISA特工进行了一场追杀恐怖分子的行动。但在这过程中，她发现政府方面对于Decima公司和Samaritan似乎正在失去控制。TM小队方面，Reese和Root正在不顾一切地寻找失踪的Shaw，他们甚至为此绑架了一位重要人物。本集的结尾，根据一条渺茫的线索，伤痕累累的两人继续踏上寻Shaw之路。

Reese和Root跟着线索来到纽约郊区的一座小镇，他们很快发现小镇看似平静的表面下隐藏着重要的阴谋。与此同时，Fusco和第8集中的女警Slivia共同调查新的“无关号码”，一名和人口失踪有关的中年大叔。本集的结尾，救人心切的Root在行事方针上第一次和The Machine产生了分歧。

机器安排Finch以陪审团员的身份参与一宗谋杀案的庭审，Finch怀疑另一名陪审团员试图操纵整个诉讼过程。与此同时，Reese渐渐向部门内部的心理专家打开了话匣子。

一名软件程序员因某种神秘原因重获新生，Reese必须暗中保护她，但他并不清楚她所面临的威胁来自她生活中的哪个部分。与此同时，Finch试图保护年轻黑客Claire免遭Samaritan毒手，谁料到Claire竟主动向Finch求援。

Reese和Finch必须保护聪明绝顶的街头骗子Harper——这个女孩计划从一家医用大麻药店盗取现金，但她遇到了大麻烦。

一名心理学家试图用非正统的方式来帮助病人获得解脱，但这会让他付出高昂的代价，Reese与Finch决定对他进行保护。与此同时，回忆情节揭示了Finch最好的朋友当年被炸死之后Finch脆弱的精神状态。

Flint和Bridges合作的非常愉快，同时Harold约好Bridges在咖啡店见面叙旧。Irish和Riley相互寒暄彼此的近况并表示两个人一定要聊聊治疗会的事情，并且Riley意识到Irish一定有事情瞒着他。

Saul被指泄露公司机密而在电视上被曝光，Saul一夜之间声名狼藉。Saul为了给自己讨回声誉发起了绝地反击，而这一切计划都被监控着。

Reese一行在执行监视任务期间，John坦言自己在凶杀组经常和自己打交道的都是死人，John总结他们这些被监视人的特点就是谁都不知道有事儿找上门了。

机器同时收到了Elias和Dominic的号码，Reese和Fusco在警告 Elias的过程中也被brotherhood抓住。与此同时Finch和Root收到了Shaw的电话，他们继续开始寻找Shaw。

全国四分之一的电力供应被入侵，机器很快就会完全失去权限。Greer对此很是满意。“修正计划”即将实施。与此同时，Finch等人紧张地执行任务，努力寻找机器。而Harold在袭击来临之时也不忘保护他的机器。Greer却表示他要发动的并非袭击，而是忠诚测试，以一种胜利者的姿态展现在对手面前。

当里斯和肖竞相追赶芬奇时，他潜入了一个最高安全级别的政府设施，执行一项绝望的任务，这不仅意味着撒玛利亚人的末日，也意味着他自己和机器的末日。