Diesmal haben Reese und Finch statt einer Sozialversicherungsnummer die Immatrikulationsnummer der Anthropologiestudentin Harper Rose bekommen. Allerdings stellt sich schnell heraus, dass die junge Frau, die sich als Harper ausgibt, eine mit allen Wassern gewaschene Betrügerin ist. Über ihren Freund Trey ist sie an Noah herangekommen, der eine Ausgabestelle für medizinisches Marihuana betreibt, wo aufgrund gesetzlicher Probleme nur mit Bargeld gehandelt werden darf. Der falschen Harper gelingt es, eine große Geldlieferung abzufangen, indem sie das Paralkartell gegen Dominics Leute hetzt. Auch Reese ist in die Schießerei verwickelt, weshalb anschließend viele Beteiligte ins Krankenhaus müssen.

John muss sich in eine halb legale Pokerrunde einkaufen, um die neue Nummer, Frankie Wells, zu beobachten. Er meint, sie vor ihrem cholerischen Boss Ray beschützen zu müssen, allerdings kann sich Frankie ganz gut selbst wehren, was John auf schmerzhafte Weise mitbekommt. Bevor ihm Frankie entwischt, hat sie ihm allerdings noch die Polizeimarke gestohlen. Da das ein Kündigungsgrund bei der New Yorker Polizei ist, machen sich Fusco und John auf die Suche, was dadurch erleichtert wird, dass Frankie ihr Telefon bei dem Kampf mit John verloren hat. Als es John gelingt, sowohl Frankie als auch seine Marke aufzutreiben, erfährt er, dass Frankie eine Kopfgeldjägerin ist, die Ray Pratt unbedingt nach Florida überstellen muss, weil sie sonst die Kaution von einer Million Dollar verliert.

Control zieht Shelley aus dem Verkehr, weil Tyler und anderer Kollegen von ihr geführt wurden. Shelley beteuert, nur eine kleine Lehrerin zu sein, die mit dem Wort „Samaritan“ nichts anfangen kann. Doch irgendwann gelingt es Diane, Shelleys Widerstand zu brechen, und sie erfährt sogar, dass etwas namens „Korrektur“ stattfindet und die Welt für immer verändern wird. Allerdings verhindert Control mit ihrer Dienstwaffe, dass Shelley diese neue Welt noch erlebt … Nach einem mysteriösen Vierfachmord im streng bewachten Gerichtsgebäude dämmert es Finch, dass das neue Kommunikationssystem von Elias die uralte Rohrpost unter Manhattan ist. Fusco und John machen sich auf den Weg in die Bank, einer der ehemaligen Knotenpunkte, um Elias zu stellen. Nachdem Sameen mit Root telefoniert hat, ist diese nicht mehr zu halten.

Die Maschine warnt Finch mit ihrem SOS-Code vor einer bevorstehenden Systemabschaltung. Allerdings wissen Finch, Root und Reese noch immer nicht, wo sich die Maschine befindet. Dazu schwappt gerade eine Welle von Stromschwankungen durch das ganze Land, die einen Computer lahmlegen könnten. Da Finch die Maschine in einer Serverfarm im Westen des Landes vermutet, befürchtet er ihr baldiges Ende. Reese, Elias und Fusco befinden sich immer noch in der Gefangenschaft von Dominic und seiner Brotherhood. Nachdem Harper ihm bei der Flucht hilft, kann Fusco entwischen und mit einem SWAT-Team zurückkommen, John und Harper befreien sowie Dominic und Elias festnehmen. Control überprüft zusammen mit Grice ein Versteck, um dort Hinweise auf selbst gebaute Bomben zu finden. Der Versuch, Senator Garrison ins Vertrauen zu ziehen, geht jedoch schief und am Ende stellt sich heraus, dass der Anschlag nur eine Finte von Samaritan war.

Nach dem Tod von Root ist das Team „Maschine“ auseinandergerissen. Finch fährt alleine in den Süden. Shaw glaubt, in einer Simulation gefangen zu sein und will von den anderen nichts mehr wissen. Nur Fusco und Reese sind dabei, als Root in einem anonymen Grab beerdigt wird. Reese findet Shaw auf einem Kinderspielplatz und kann sie letztlich überreden, doch wieder mitzumachen. Vor allem, als sie hört, dass die neue Nummer der Präsident der Vereinigten Staaten ist …