Ein neues Schuljahr beginnt und an der McKinley High ist einiges passiert. Nach langer Zeit haben Will und Emma nun endlich zueinander gefunden und genießen ihr Zusammenleben in vollen Zügen. Doch für den Glee-Club startet das Jahr mit weniger guten Neuigkeiten: Quinn, Sam und Lauren sind ausgestiegen und so fehlen dem Club nun neue Mitglieder. Doch wie sollen sie ihre Mitschüler davon überzeugen, bei ihnen mit zu machen? Will schlägt eine ungewöhnliche Lockmethode vor: Der Glee-Club hat von dem Musikliebhaber Al Motta lilafarbene Klaviere geschenkt bekommen. Um Aufmerksamkeit zu erregen, möchte Will diese Klaviere in der Schule verteilen und wann immer ein Glee-Schüler auf eines stößt, muss er darauf spielen. Doch als sich die Schülerin Sugar Motta, die Tochter des edlen Spenders, bewirbt, muss auch der übermotivierte Will erkennen, dass mit dieser Methode nicht nur große Talente angelockt werden. Sugar ist neu an der McKinley High und nicht nur absolut talentfrei, sondern macht bei ihrem Vorsingen auch noch einen überaus unsympathischen Eindruck.

Cheerleader-Trainerin Sue gibt auch in diesem Jahr ihren Plan, den Glee-Club zu zerstören nicht auf. Um endlich einmal im Kongress vorsprechen zu dürfen, hat sie sich ein besonders umstrittenes Thema überlegt, womit sie tatsächlich reichlich Stimmen sammeln könnte: Sie fordert die Auflösung aller Schulchöre, weil diese angeblich nur eine Verschwendung der Steuergelder darstellen. Ob sie damit durchkommen wird?

Kaum hat das neue Schuljahr angefangen, planen Rachel und Kurt schon ihre Zukunft. Sie wollen endlich ihre Träume verwirklichen und nach ihrem Abschluss an die renommierte New York Academy gehen, um sich dort zu Musical-Darstellern ausbilden zu lassen. Doch jährlich werden nur 20 Schüler aufgenommen und bei einem ersten Informationstreffen müssen Rachel und Kurt geschockt feststellen, dass die Konkurrenz keineswegs schläft …

Noch immer scheint der „Glee“-Club durch den Mitgliederschwund in letzter Zeit nicht zu seiner alten Form zurückzufinden. Es fehlt ihnen die nötige Star-Power. Finn ist überzeugt, dass nur Sam dieses fehlende Extra ersetzen kann. Um ihn für die „Sectionals“ zurückzugewinnen, fahren Rachel und Finn nach Kentucky, wo Sam inzwischen wohnt. Dort angekommen müssen sie allerdings erkennen, dass ihr Freund offenbar mit ganz anderen Problemen zu kämpfen hat: Er muss Geld verdienen, um seine Eltern zu unterstützen. Können sie ihn dennoch überzeugen, zurückzukommen?

Kurt ist derweil wenig zuversichtlich, einen Platz an der New York Academy zu ergattern. Ausgerechnet jetzt taucht auch noch Kurts Rivale Sebastian von der Dalton Academy auf, der Blaine immer mehr für sich beansprucht. Als Kurt ihn darauf hinweist, dass Blaine sein fester Freund ist, macht Sebastian Kurt eine Kampfansage, die sich gewaschen hat: Er will Blaine für sich allein, findet den „Glee“-Club lächerlich, kann Kurt nicht ausstehen und denkt, dass Blaine etwas Besseres verdient hat – nämlich ihn.

Unterdessen ist Quinn hinter die heimliche Affäre von Puck und Shelby gekommen und schmiedet einen perfiden Plan, den sie Rachel anvertraut: Kurz vor dem „Sectional“-Auftritt der „Troubletones“ möchte sie die verbotene Beziehung von Schüler und Lehrerin bei Schulleiter Figgins verpetzen. Kann Rachel sie aufhalten und wer gewinnt am Ende die „Sectionals“?