Après avoir subi une importante intervention chirurgicale, Beckett prend trois mois pour récupérer avant de retrouver son poste à la police de New York. Elle ne parle plus à Castle depuis son opération et s'est séparée de Josh. Elle commence à chercher celui qui lui a tiré dessus mais Castle essaye de l'en dissuader car il estime que c'est trop dangereux pour elle, pourtant, il va découvrir qu'il va pouvoir en savoir plus sur le mystère de la mort de la mère de Beckett. Parallèlement, l'équipe enquête sur le meurtre de Sonia Gilbert l'ex petite amie d'un membre de groupe de rock.