ワシントンDCに向けてマイアミを飛び立ったプライベート・ジェットがエバグレーズ湿原に墜落。2人のパイロットと6名の乗客が搭乗していた。デルコがパイロットの1人の蘇生を試みるが、間もなく死亡。プライベート・ジェットの持ち主は地元の不動産の大物スコット・エリック・ソマーであった。エバグレーズ湿地帯で犯罪現場が損なわれるため、ホレイショは航空事故を扱う連邦当局が到着するまえに現場の検証を始めようとし、そのことでメーガン・ドナーと対立する。メーガンはジェット機から流れ出た燃料や死体からのバクテリア等で汚染されているため、現場をバイオハザード・レベル2地帯とした。生存者を探すチームたち。やがて墜落現場の5マイルも離れた場所で女性の被害者を発見する。一体彼女はなぜ墜落現場から5マイルも離れた場所で死んでいたのだろうか？ジェット機はなぜ墜落したのか？

真相を解明するため、唯一の生存者であるサマーから事情聴取をすると、自殺しようとしたクリスティーナがハッチを空けたと語る。サマーの供述に疑問を感じたホレイショは、部品を探し集め、ジェット機を組み立てなおし、事件の真相を探ることに。