Après le décès de John, Sam et Dean découvrent un message sur le répondeur du défunt, provenant d'une certaine Ellen. Ils rencontrent alors cette ancienne amie de leur père, qui tient une auberge avec sa fille Jo et son ami Ash. Cet endroit sert de lieu de réunion pour des chasseurs comme eux. Pendant ce temps, dans une petite ville, un clown persuade des enfants de le laisser entrer chez eux pour assassiner leurs parents...

Sam et Dean rencontrent Andy, un homme doté d'un puissant pouvoir de persuasion qu'il utilise pour obtenir des faveurs de ses victimes. Lorsque les amis d'Andy meurent les uns après les autres, les deux frères soupçonnent celui-ci d'utiliser ses pouvoirs pour tuer. En découvrant que le démon avait également pris pour cible la famille d'Andy, 22 ans plus tôt, Sam se demande s'il ne risque pas de devenir à son tour maléfique...

Dean révèle à Sam les dernières paroles que leur père a prononcées avant de mourir. Désemparé, Sam part seul pour l'Indiana. Là, il rencontre Ava, une médium qui le recherchait pour l'avertir de sa mort prochaine. De son côté, Dean découvre que Gordon, un chasseur de vampires, est à la poursuite de Sam. Il part aussitôt sur les traces de son frère pour tenter de le sauver...

Sam est enlevé par une créature de l'au-delà. Il comprend très vite que son ravisseur n'est autre que le tristement célèbre démon aux yeux jaunes. Sam se retrouve projeté au coeur d'une ville fantôme, où les enfants montrent des aptitudes hors du commun. Peu à peu, il réalise que le démon les a tous rassemblés ici afin d'amorcer son plan final : débuter une guerre sans merci contre la race humaine. Afin de pousser Sam à se défendre et à se battre, le démon lui révèle ce qui est réellement arrivé à sa mère. Sur la piste de son frère, Dean fait à nouveau appel à Bobby Singer. Cet ancien ami de leur père est l'un des rares chasseurs de démons à pouvoir l'aider à retrouver Sam avant que la guerre ne commence...

Pris en embuscade par des chasseurs de démons, Sam et Dean sont tués et envoyés au paradis. Castiel les prévient aussitôt que Zachariah est à leur poursuite. Il veut les ramener sur Terre et forcer Dean à accepter son pacte. Pour lui échapper, les deux frères doivent retrouver l'ange Joshua, qui communique directement avec Dieu...