Mohinder continue à rechercher les personnes de la fameuse "liste". De nouveaux personnages font leur apparition et vont apprendre de nombreuses choses aux "Heroes"…

Les liens familiaux sont mis à rude épreuve. Hiro doit justifier sa "destinée" à New-York. Niki effectue un choix difficile concernant D.L. et Mika. Cependant, la famille Bennet n'est pas épargnée, Sylar est proche…

Matt et Ted s'introduisent dans la maison des Bennet prenant la famille en otage. A la suite d'une terrible explosion, le passé de M. Bennet est dévoilé…

Angela Petrelli intervient dans la vie de Nathan, Peter et Claire. La vérité sur le père des frères Petrelli est enfin révélée. Claire et Peter tentent de quitter New-York, Sylar va de nouveau sévir…

Sylar peut-il être stoppé ? Que devra faire Peter pour sauver le monde ? Quels sacrifices devront être faits ? Les prédictions vont-elles toutes se réaliser ? Les "Heroes" vont devoir affronter de nombreux dangers et faire preuve de courage dans cette ultime épreuve qui promet un suspense insoutenable…

Les destins de Peter, Nathan et Matt ont été révélés. Une mystérieuse force est apparue, terrassant les Heroes. Alors que les Bennet tentent de vivre le plus normalement du monde, Hiro, propulsé dans le Japon féodal, rencontre son héros : Takezo Kensei. Maya, aidée par son frère Alejandro, essaie de traverser la frontière américaine pour "guérir" de ses dangereux pouvoirs.

Convaincu que "La Compagnie" va bientôt les retrouver, Mr Bennet prépare sa famille à fuir… Mais Claire a d'autres idées en tête. Hiro est de retour et apprend la mort de son père. Frappé par la douleur, il repart vers le passé et fait une incroyable découverte. Peter rencontre quelqu’un qui pourrait débloquer ses souvenirs.

Grâce à un saut dans le futur, l’identité de l’assassin de Nathan est révélée. Matt se lance à sa poursuite mais se retrouve dans un désert. Pendant ce temps Sylar, qui a perdu ses pouvoirs, décide de rendre visite à Claire pour les récupérer…

Une puissante éclipse se produit et semble influer sur les pouvoirs des Heroes. Arthur ordonne à Sylar et Elle de trouver Claire et de la lui ramener. Matt, Hiro et Ando décident de faire équipe et suivent Daphne jusqu’à sa ville natale d’Athènes, en Géorgie, et lèvent enfin le voile sur le secret qu’elle protège…

Tandis que l’éclipse continue d’affecter les pouvoirs des Heroes, Elle et Sylar font face à un H.R.G. assoiffé de vengeance alors que Claire est toujours entre la vie et la mort. En Haïti, Peter, Nathan et l’Haïtien joignent leurs forces pour venir à bout de Baron Samedi…

Hiro et Claire retournent ensemble dans le passé, au moment où Kaito confie la jeune Claire à H.R.G. Pendant ce temps, Peter et l’Haïtien font équipe pour en finir avec Arthur, mais sont interrompus par Sylar…

L’attaque contre Arthur Petrelli entraîne les frères Petrelli dans un face-à-face au cours duquel Nathan lancera une attaque lourde de conséquences. Pendant ce temps, Sylar retient Claire, H.R.G., Meredith et Angela en otage à Primatech. De leur côté, Ando Matt et Daphne cherchent toujours à sauver Hiro, et le Dr Suresh pourrait être leur seul espoir.

Tandis que Sylar rend une petite visite à Claire et Gretchen, Samuel tente d'arranger les choses avec Vanessa en lui offrant la maison de ses rêves. Pendant ce temps, Hiro lutte littéralement pour survivre et est transporté à l’hôpital ! Alors qu'il dans le coma il se voit sur le banc des accusés d’un tribunal un peu particulier…