Un violento temblor de origen desconocido sacude un edificio de oficinas de Manhattan. Solo sobrevive una persona, lo que hace pensar que no es de este mundo. Walter supone que no se trata de ningún movimiento geológico, sino más bien de algo que descubrió en sus investigaciones con William Bell años atrás.

Un Observador contacta con el equipo para que le ayude a corregir un error que supuestamente ha sido cometido. Walter, por su parte, se hace amigo de su icono musical, Roscoe Joyce, teclista de su banda favorita, Violet Sedan Chair. Además, se entera del motivo de la separación del grupo, y se da cuenta de que sus vidas se solapan de una forma extraña e inesperada.

Bell, en posesión del cuerpo de Olivia, promete que no le va a hacer daño y que va a dejar su cuerpo una vez que encuentre un huésped adecuado. Paralelamente, el equipo Fringe, con la ayuda de un agente del FBI, Lincoln Lee, siguen la pista de una mujer aparentemente inmortal llamada Dana.

Astrid recibe una inesperada visita del otro lado. Paralelamente, Peter y Olivia localizan a un asesino que utiliza una toxina que aún no ha sido inventada. Los dos universos se unen para resolver un caso que va más allá de los límites de lo posible.

Las divisiones Fringe de los dos universos se unen para luchar por una causa común, pero una misteriosa oleada de terremotos en todo el mundo hace que todos se vean envueltos en una cuenta atrás para salvar ambos mundos.