Un ancien collègue de Walter à l’hôpital psychiatrique est la seule personne pouvant aider Olivia et son équipe à retrouver un jeune prodige de la musique enlevé par un kidnappeur en série. Ne pouvant lui parler directement, l'équipe n'a d'autre choix que d'envoyer Walter dans l'hôpital où il a été interné pendant 17 ans...

Un employé de Massive Dynamics est si convaincu d'être attaqué par des papillons qu'il en vient à se jeter par la fenêtre pour leur échapper. L'équipe de Fringe est appelée pour enquêter. Bien que la relation inexpliquée d'Olivia avec l'Agent Scott vienne perturber l'enquête, elle est si désespérée de vider sa conscience de tous ses souvenirs qu'elle demande à retourner dans la cuve. Pendant ce temps, les dangers reviennent autour de Peter quand un ancien ami ainsi que ses ennemis actuels apprennent qu'il est de retour à Boston.

L'équipe est appelée sur les lieux d'un cambriolage de banque où l'un des voleurs est retrouvé coincé dans le mur. Walter pense que les voleurs courent après une de ses inventions. Les choses prennent une mauvaise tournure quand les voleurs s'en prennent à un des membres de l'équipe...

La découverte d'un monstre dans les restes d'un avion qui s'est écrasé amène Walter à penser qu'un dangereux virus mortel pourrait en être responsable. Afin de découvrir l'identité des coupables, Olivia n'a d'autres choix que de se replonger dans les souvenirs et la conscience de l'agent Scott...

Les autorités allemandes interrogent Olivia dans l'espoir de retrouver Mr Jones. Pendant ce temps, Walter et Peter enquêtent sur une mort étrange: un homme a été asphyxié alors que les orifices de son visage se sont tous refermés...