È trascorsa una settimana da quando Peter Bishop ha evitato un disastro; la tregua tra i due mondi rimane intatta e le due realtà sono costrette a lavorare insieme.

A seguito dei recenti eventi drammatici, le cose peggiorano quando i mutaforma traslucidi ritornano. Quando la minaccia cresce, un ex-scienziato di Massive Dynamic si unisce alla squadra.

La visita di Peter nell’altro universo si intensifica quando la divisione Fringe alternativa deve affrontare un formidabile nuovo nemico, in una corsa sconvolgente contro il tempo.