Ein brennender Mann stirbt in einem Restaurant in Santav Monica. Da es sich um einen SEAL zu handeln scheint, wird das NCIS-Team eingeschaltet.

Das Team kann sich mit der Nachfolgerin von Hetty nicht anfreunden und macht Hunter das Leben schwer. Hetty ist derweil in Prag und möchte jemandem namens Comescu eine Botschaft überbringen.

Hetty erfährt im Gespräch mit Alexa, dem Oberhaupt der Comescu-Familie, von Callens Herkunft, seiner Verwandtschaft und dem Grund dafür, dass die Comescus versuchen, alle Mitglieder seiner Familie auszulöschen. Callen, Sam, Deeks und Kensi versuchen mittlerweile, eine Strategie zu entwickeln, in das schwerbewachte Haus zu gelangen, um Hetty zu retten. Indes stoßen Eric und Nell in der Kommandozentale auf eine Akte über die Comescu-Familie, die Hetty versteckt haben muss…

Der Computerspezialist Dennis Calder wird entführt. Kurz darauf wird mit einem von ihm entwickelten Programm ein Hackerangriff auf das Verteidigungsministerium gestartet.

Während der Fahrt auf dem Highway explodiert das Auto von Sergeant Nelson Marcos – er ist sofort tot. Bei der Überprüfung von Marcos’ Haus stoßen Sam und Deeks auf Charles Redman, der etwas von einer Bombe murmelt; kurz darauf fliegt der Schuppen im Garten in die Luft. Die Spur führt zum Clubbesitzer Calvin Winslow, der angeblich seinen Club benutzt, um die Gangs der Stadt mit Waffen zu beliefern. Kensi und Callen stoßen indes auf die rätselhafte Geliebte von Winslow…

Agent Renko ermittelt undercover im Umfeld eines dubiosen Waffenladens. Seine Tarnung scheint gefährdet und der Rettungsversuch des Teams gelingt nur unter schweren Opfern. Trotzdem bekommt das Team Wind von einem illegalen Waffendeal und stößt beim Treffpunkt auf ahnungslose junge Leute, die auf eine Kleinanzeige geantwortet haben, um Kisten zu schleppen. Für Callen wird die Ahnung zur Gewissheit: Das Chamäleon hat seine Hände im Spiel.

Das Chamäleon ist nach dem Mord an Hunter in Gewahrsam – doch damit ist das tödliche Spiel des Agenten noch nicht vorüber. Granger informiert das CIS-Team unterdessen, dass Atley, ein wichtiger Mann des NSA, entführt wurde, der heikle Regierungsgeheimnisse kennt. Callen und Hanna machen sich mit einigen Kollegen auf die Suche nach dem Vermissten – wieder gibt es Tote. Es wird entschieden, Atley gegen das Chamäleon auszutauschen – sollte er am Ende wirklich ungestraft davonkommen?