Dans leur effort pour trouver un remède contre la maladie qui tue leurs organes, des Viidiens (cf. "Phage") enlèvent le lieutenant Paris ainsi que B'Elanna Torres. Celle-ci, mi- Klingonne, mi-Humaine est séparée artificiellement en deux personnes distinctes: une Klingonne et une Humaine.

Ma'bor Jetrel, un scientifique Haakonien, est en visite sur le Voyager. Il est l'inventeur de la "Cascade Metreon", l'arme qui a annihilé la majeure partie de la race de Neelix, dont la famille de ce dernier. Il annonce à Neelix qu'il ressentira bientôt les effets de cette arme, effets qui seront fatals. Neelix ne le croit pas.

Le Voyager repère un S.O.S. en morse en provenance d'une planète de classe L. Ils découvrent alors de vieilles unités cryogéniques contenant huit Terriens. L'équipage décide de les réveiller. Peu de temps après, un groupe d'habitant locaux prend contact et apprend au capitaine que ces terriens, qu'ils croyaient morts, sont les derniers vestiges d'un groupe de plus de 300 terriens capturés en 1937 par les Briari pour en faire des esclaves. Les esclaves se sont révoltés contre les Briari, les ont tués et ont développé une culture Terrienne sur cette planète. Le capitaine Janeway offre alors à l'équipage la possibilité d'y rester.

Le commandant Chakotay embarque seul sur une navette du Voyager afin d'y célébrer la cérémonie indienne rituelle du Pakra. Au cours de la cérémonie, la navette dérive dans la territoire des Kazons. Il est alors attaqué et pourchassé par un jeune guerrier Kazon qui espère se faire un nom en éliminant un membre de la Fédération.

Une forme de vie inconnue entoure le Voyager et crée un champ électrophorétique. Ce champ a pour effet d'accélérer le métabolisme de Kes, provoquant son entrée dans le cycle de reproduction Ocampa. Or, les Ocampas ne peuvent se reproduire qu'une seule fois dans leur vie. Si Kes veut un enfant, elle doit donc l'avoir tout de suite.

Un phénomène de distorsion spatiale atteint le Voyager, agissant à la fois autour et dans le vaisseau. Ce phénomène déforme et change la structure du vaisseau, ce qui le désactive complètement. L'équipage fait tout son possible pour sortir de cette situation.

Des Kazons parviennent à aborder le Voyager et à voler un module de contrôle du téléporteur. Ce succès permet au chef Kazon de persuader les sectes rivales de se joindre à lui contre la Fédération. Chakotay découvre alors que c'est un membre d'équipage du Voyager, Seska, qui a tout manigancé (cf. "State of Flux").

Le Voyager reçoit un signal de détresse d'un vaisseau inconnu. L'équipage téléporte alors à bord une femme viidienne, Demora, en piètre condition physique. Atteinte du stade ultime de sa maladie, elle nit, en attendant mieux, dans un corps holographique confectionné par le Docteur, qui tombe peu à peu amoureux de sa patiente.

Pendant ce temps, Tom Paris se conduit de plus en plus violemment et attaque Chakotay. Le capitaine le fait arrêter. Le membre d'équipage qui renseigne les Kazons reçoit de nouveaux ordres et se prépare à mener le Voyager vers un piège.

Le lieutenant Tom Paris et l'enseigne Harry Kim se retrouvent prisonniers d'une prison acrytirienne. Ils sont accusés d'un attentat terroriste ayant fait 47 morts. Tandis qu'ils cherchent à s'évader, le capitaine Catherine Janeway, à bord du Voyager, enquête pour prouver leur innocence.

Alors que Voyager rencontre plusieurs explosions de Supernova, Q apparaît sur le pont du vaisseau et annonce au capitaine Janeway qu'il veut qu'elle soit la mère de son enfant afin de donner un nouvel élan à son peuple, divisé depuis la guerre civile au sein du Q-Continuum. La situation se complique avec l'arrivée d'une femme Q jalouse

Lors d'une mission sur une planète habitée par des colons en guerre, Chakotay est recueilli par un groupe mené par une humaine, Riley, qui lui explique qu'elle veut réunifier les colons dans un nouveau collectif semblable à celui des Borgs

Alors que Kes vit ses derniers instants, elle se retrouve propulsée à différents moments de son existence...

Une mutinerie semble avoir éclaté à bord du Voyager entre les membres de Starfleet et ceux du Maquis. La situation empire et Torres se décide alors à arrêter la simulation. Cependant, Paris et Torres se retrouvent prisonniers de la simulation.

La navette de Chakotay s'écrase sur une planète, et l'ancien maquisard se retrouve au milieu d'un conflit qui oppose deux espèces qui mènent une guerre totale.

Une étude est lancée sur une planète habitée par une espèce télépathique. Cette dernière condamne toutes les personnes ayant des pensées malsaines et des actions violentes. C'est alors que B'Elanna est arrêtée pour avoir exprimé un sentiment de vengeance...

Kim et Tom découvrent une planète ayant les réserves suffisantes pour réapprovisionner le Voyager. Équipés de leurs tenues d'exploration, ils se rendent sur place pour en récupérer. Bientôt, ces derniers sont retrouvés par leurs confrères, sans combinaison et incapable de supporter l'atmosphère du vaisseau...

Le lieutenant Paris met au point une navette d'un nouveau genre, le Delta Flyer, pour récupérer une sonde qui s'est égarée dans un univers toxique. Pendant ce temps, Torres prend des risques inconsidérés, ce qui ne manque pas d'inquiéter ses collègues.

Après avoir désobéi au capitaine Janeway, le lieutenant Paris est condamné à trente jours de cellule et rétrogradé au rang d'enseigne. Il profite de cette période d'isolement forcé pour raconter les événements qui l'ont mené en prison dans une lettre à son père.

Harry Kim rencontre Tal, qui appartient au peuple Varro, et entame une relation avec elle, sans aucune autorisation médicale. Des problèmes surviennent lorsque les deux

amoureux deviennent chimiquement dépendants l'un de l'autre.

L'USS Voyager intercepte un cargo Malon endommagé. A bord, une fuite de gaz toxique menace une planète proche, aussi le lieutenant Torres envoie−t−il rapidement une

équipe afin de la réparer.

Après avoir reçu un signal de détresse émanant d'un missile extra−terrestre, Kim, Torres et le docteur découvrent qu'il s'agit en réalité d'une arme de destruction massive.

Le lieutenant Reginald Barclay s'obstine à trouver un moyen de communiquer avec le Voyager, perdu dans le Quadrant Delta. C'est ainsi qu'il crée un micro-vortex artificiel.

Lorsqu'une nouvelle race d'extra-terrestres découvre les talents de chanteur du docteur, ce dernier devient une véritable star sur leur planète. Il envisage alors de démissionner afin de se consacrer pleinement à ses millions de fans.

Alors que le Voyager rencontre des problèmes techniques. Neelix distrait les enfants Borgs en leur racontant ce qui est arrivé à l'équipage quelques mois auparavant avec le fantôme du pont 12.

L'équipage de l'USS Voyager est victime de mystérieuses agressions. Tabor puis Yasa ont été attaqués et retrouvés inconscients. Tuvok soupçonne un membre de l'équipage d'être responsable de ces malveillances.

Gar enlève le docteur et le force à travailler dans un hôpital où les patients reçoivent des soins en fonction de leur statut social. L'équipage du capitaine Janeway part à sa recherche.

Une race supérieure d'hologrammes est née des manipulations des Hirogens et s'est rebellée contre ses créateurs. Le capitaine Janeway et ses hommes s'allient aux Hirogens quand les hologrammes enlèvent le Docteur.

Un vaisseau Klingon entre en contact avec l'USS Voyager. Le capitaine Kohlar, invité à monter à bord par le capitaine Janeway, y rencontre Torres. Il est alors persuadé que l'enfant que porte cette dernière est celui annoncé dans une ancienne prophétie Klingon.

L'USS Voyager est happé dans un vide spatial. A l'intérieur de cette zone, des vaisseaux se livrent une guerre sans merci pour récupérer vivres et énergie. Le capitaine Janeway et son équipage entrent dans cette course à la survie tout en cherchant un moyen de s'évader.

De retour de mission, Chakotay, Kim et Neelix découvrent l'USS Voyager totalement déserté à l'exception du docteur. Celui-ci leur explique que l'équipage est tombé dans un piège et a été capturé. Il se trouve actuellement sur la planète Quarra et n'a plus de souvenir de son passé.

Sur la planète Quarra, Chakotay tente de faire recouvrir la mémoire aux membres de l'USS Voyager, mais il est à son tour capturé et subit un lavage de cerveau.

Seven of Nine passe de plus en plus de temps à perfectionner ses connaissances sur les humains. Obsédée par sa vie holographique, elle néglige le vaisseau en grand danger.

Q confie son fils Q2 aux bons soins du capitaine Janeway. Il espère que celle-ci parviendra à le discipliner. Mais Q2, rebelle dans l'âme, multiplie les provocations et met l'équipage dans de délicates situations.

Chakotay et Seven of Nine s'écrasent sur une planète primitive. Ils font la connaissance des peuples qui l'habitent, les Ventu. L'USS Voyager ne peut leur venir en aide car une barrière d'énergie l'empêche de se poser.

Voila dix ans que l'USS Voyager est rentré sur Terre. Pour célébrer l'événement, une fête est organisée. L'amiral Janeway retrouve ses anciens collègues puis s'éclipse. Elle prépare une nouvelle mission qui pourrait remettre en cause tout leur périple passé.

L'amiral Janeway est partie dans le passé. Elle se retrouve dans l'USS Voyager et explique au jeune capitaine Janeway quel destin attend l'équipage. Elle se propose de l'aider, mais la reine Borg intercepte leur conversation.