前总统大卫帕尔默于早晨7点左右洛杉矶遭暗杀身亡了，美国总统洛根正准备会见俄国总理事务，与此同时两位ctu（反恐部）前探员遭袭（蜜雪儿代斯勒和托尼阿尔梅达）与帕尔默有关ctu探员克洛伊也受到威胁并被杀手追击，上一季中只有四个人知道杰克还活着现三个已经死了克洛伊最后剩下那一个情急之下克洛伊拨通了杰克电话们约洛杉矶见面不料克洛伊却被那些杀手跟踪杰克以敏捷身手抓住杀手并逼问其原因，原来前总统帕尔默这次主要目标其只个幌子这样可以陷害杰克让外人以为杰克干，杀手还提到那些杀帕尔默人目灭口为不能让说出某些事来，那到底帕尔默知道什么不可告人秘密呢。

ctu已经陷入坏人奸计当中们开始怀疑杰克杀了前总统大卫帕尔默，而杰克也开始着手调查到底谁下毒手想去帕尔默，被暗杀现场看看能不能找到什么线索克洛伊帮助下们开车来到帕尔默，被暗杀大楼停车场电脑显示这里汇聚着167个FBI杰克乘机扮成FBI潜入书房察看帕尔默的电脑正要打开一份加密文件之时帕尔默和弟弟wayne突然进来情转直下紧迫关头杰克以自己真心说服了wayne，但更糟总部发现了杰克并对进行围追堵截杰克运用调虎离山之计轻松逃脱只克洛伊被抓住送回ctu总部之后杰克马上动身赶往安大略机场去调查另一线索 —— 显示于帕尔默电脑上名叫chevensky人，chevensky马上嗑药自杀杰克却恰逢恐怖分子挟持机场乘客，恐怖分子们到底要怎样以这些人质为筹码与总统谈条件呢。

杰克推测到帕尔默知道的秘密可能就是恐怖分子会在今早会劫持机场人员，所以他打电话给反恐部部长比尔，他们开始合作，恐怖分子冷酷无情，接通电视台作了一番现场演说，告诉总统他们要的条件——终止签署两国协议，还在电视前残忍的枪杀一人以示警告，因为总统身边有内奸，向恐怖分子头头通风报信，杰克的隐藏在机场这件事暴露无疑，恐怖分子以杰克女朋友的儿子德里克作要挟，要求杰克现身。杰克为救那男孩，主动现身。

总统夫人前一晚与帕尔默通话的纪录被人更改，于是她便想通过自己的方法查出内奸。而另一边，恐怖分子用德里克的性命威胁杰克打电话回总部，误导他们进入已设圈套，好乘机袭击特种部队，杰克因为答应过德里克的妈妈要把他安全带回，不得不打了这通电话。幸好总统派到ctu的专员林查出杰克电话已被控制，得以及时改变营救计划，成功解除此次恐怖袭击。美国总统也与俄罗斯总统正式会晤，签署了协议。然而之后潜伏着更大的危机，杰克开始查找一名人质，他是恐怖分子的同伙，并拿了一张很重要的钥匙卡逃离现场，打开了装满毒气弹的容器，准备运输。总统夫人突然受袭，由她掌握的证据被盗；杰克的谋杀嫌疑未被解除，被遣送回CTU总部。

坏人们想方设法铲除障碍，首先是想使总统夫人回到神经病院疗养，远离总统，其次是派职业杀手到ctu内部暗杀杰克，与此同时，CTU总部内也发现一个内鬼，杀手就是通过他进入总部大楼的。内鬼最终爆出是谁指使他做这些事的，幕后黑手开始慢慢浮出水面。至少他们现在知道总统身边的walt cummings，（总统的首席幕僚和朋友）是一大祸患。但在没有确凿证据之前，ctu动他不得，就此开始，杰克算是与大人物杠上了。

杰克进一步推测到帕尔默知道walt cumming和恐怖分子之间的关系，cumming当时想暗杀帕尔默嫁祸于杰克，可惜栽赃不成，于是就想杀人灭口。为了找到神经毒气，他们决定分头行动，杰克去与总统身边另一红人mike raines谈谈，其他人从cumming的背景调查入手，搜寻线索。杰克被扣留，在情急之下，他当着总统的面用尖刀逼问cumming，cummings终于承认毒气是被分离主义者盗取，但他也有内线在其中并暗中修改了密码，不幸的是当特种部队去到指定地点，坏人们已经杀死了内线，转移了毒气弹，并打电话声称会让美国付出代价。

柯宁斯解释说，内森生把自己打扮成一个爱国狂热分子，编出一套关于石油安全的理论，因此他才跟对方合作，但现在他们失去了联系。林的妹妹詹妮打电话向林借500美元。林很生气，詹妮赌咒发誓说自己不再吸毒了，还威胁说拿不到钱就自杀。林不愿意让同事们知道自己有个吸毒的不肖妹妹，便要她在办公楼对面的停车场等自己。玛莎非常生气丈夫不相信自己。诺维克建议掩盖柯宁斯的犯罪事实，以保护总统。但玛莎坚持认为美国人民有权得知事实真相。洛根同意了她的意见。这时，他们接到通知，柯宁斯上吊自杀了。林见到妹妹，给了她一张名单，上面是一些享有盛名的戒毒康复医师。突然，一个男子跳出来，把林打倒在地，抢走了他的钱包。詹妮对哥哥说了声对不起，匆匆和男子离开了。杰克跟踪一条线索，找到了为恐怖分子编制毒弹控制程序的工程师卢斯勒，在他房间里发现了一个显然受过虐待的十五岁女童伊恩莎。卢斯勒百般拷打下仍然坚持除非特赦和带走伊恩莎，否则他绝不说出恐怖分子的下落。CTU命令杰克接受卢斯勒的要求。以为自己从此逃脱的伊恩莎听说自己还要被送回给卢斯勒，呆住了。虽然杰克百般劝慰，她仍然对杰克说：“你跟他一样坏。”CTU警员前来带走卢斯勒，伊恩莎突然从怀里掏出枪，朝卢斯勒开了两枪，卢斯勒死了，杰克的线索又断了。

林回到CTU，忐忑不安。所有的线索都断掉了，杰克打算装作是卢斯勒的手下和恐怖分子接头。柯宁斯死了，没人承担责任，一切很可能算在总统的头上，诺维克建议洛根总统不要公开柯宁斯自杀的真正原因，而将其归咎于死者一直以来的“抑郁症”。洛根其实非常赞同，但担心玛莎不同意。与此同时，艾维琳也在和玛莎讨论柯宁斯的死。艾维琳很怀疑柯宁斯是否真的是自杀，但玛莎说一定是因为他被揭露了叛国的阴谋自觉无颜见人才自杀的。杰克和恐怖分子接头，一切进展顺利。但恐怖分子不打算让杰克离开，他们要杰克随他们回营地。CTU从监听耳机里听到了一切，奥德莉要求立刻停止行动，让柯蒂斯救出杰克，但林反对，布坎南也同意林的意见，因为这是找到毒弹的最后机会。白宫办公室把柯宁斯描绘成了一个英雄，只是因为不堪压力而自杀。玛莎怒气冲冲地指责丈夫只顾自己的利益而放弃真相。总统却说柯宁斯的遗孀马上就回来认领尸体，如果玛莎认为合适，就由她来告诉柯宁斯的遗孀真相好了。玛莎坚持认为不管有多么痛苦，人民应该知道真相。运送杰克一伙人的卡车上就放有一颗神经毒弹，卡车向一座大型购物中心驶去。CTU和杰克同时意识到恐怖分子准备在购物中心释放毒弹。林却下令，在没有其余几颗毒弹的下落前，不准任何人干涉恐怖分子的行动，即使这意味着购物中心将有上百无辜群众死亡。布坎南一时也不能决定，他向总统求助。总统迟疑不决。布坎南和林认为既然是战争，就会有伤亡，眼下重中之重是要找回其余19颗毒弹。而奥德莉大声抗议，说没人可以决定牺牲其他人的生命，即使是为了正义。总统听从了布坎南的建议，而杰克却站在奥德莉一边，坚持不肯合作，并及时拆除了毒弹。然而，已经有部分毒气通过空调系统散放到购物中心内。柯宁斯的遗孀来了，泣不成声。玛莎准备好的说词再也无法说出口。

林不断给妹妹詹妮打电话，要她还给自己钱包里的CTU密钥卡。詹妮对哥哥还有几分手足情，打算还给他，但她男友杜恩不同意。林沮丧地告诉总统，CTU已经失去了所有线索，总统怒斥林不听从命令。受了斥责的林气急败坏，下令逮捕杰克。柯蒂斯接到命令，告诉杰克自己也帮不了忙，随即下了杰克的枪。奥德莉看到林发布的命令一条条证明于事无补，和布坎南商量要架空林。这时，内森生打电话来，警告奥德莉不准追踪这通电话，并要她用安全线路接通杰克的手机。内森生承认是自己在戴维总统遇刺事件中陷害了杰克，表示如果杰克肯为他提供保护，他就供出其余恐怖分子同伙的消息。杰克打昏柯蒂斯，驱车去和内森生见面。林听说杰克接到奥德莉的电话后就开车逃跑，认定是奥德莉帮助了杰克，但她矢口否认。奥德莉要克洛伊删掉自己手机的通话记录。正在自己办公室里查看奥德莉通话记录的林发现屏幕上的信息迅速消失，知道奥德莉在搞鬼。有人给柯宁斯的手机打来电话，声称有神经毒弹的消息，但只肯跟总统谈。比埃克告诉洛根，自己是现在这伙恐怖分子的头目，他的目标是攻击俄国，对美国完全没有兴趣。如果总统肯帮助提供来访俄国总统的行车路线以及安全保卫方面的细节信息，作为交换，他将把神经毒弹交换给美国政府；如果不肯合作，他就在接下来的十五分钟内释放全部毒弹。杰克找到了内森生，但其余恐怖分子人多势众，杀死了他，内森生只来得及递给杰克一块芯片，没说出那是什么就死了。玛莎听说洛根打算帮助恐怖分子刺杀俄国总统，大为惊骇。在劝说无效后，她只得通过保镖告诉丈夫，自己将随同俄国总统的车队一同前往机场，希望用自己的生命来胁迫丈夫放弃决定。林变得疑心重重，步步紧跟奥德莉，企图通过监视她来找到杰克，并且拘留了布坎南，声称他在帮助杰克逃亡。

洛根知道玛莎的决定后大为恼怒，但又不能通知保安部门改变路线，因为这会使前功尽弃。诺维克担心玛莎会告诉俄国总统事实真相，让白宫陷入极为被动的局面。他问总统要不要通知送行车队撤回来，总统没有说话。玛莎在车里坐着跟俄国总统及夫人聊天，一分钟一分钟过去，她越来越绝望。内森生交给杰克的芯片上记录有一家公司Omicron，是毒弹的制作商。公司一名高层人员汉德森是杰克当年在CTU的师父，但后来他被陷害被迫离开CTU,杰克对此也负有一定责任。杰克到达Omicron公司，并成功地混入了汉德森的办公室。然而，早有准备的汉德森击倒了杰克，并拿走了他的枪。汉德森解释说，自己的公司是为国防部定制毒弹，对其他事情一概不知情。他听说正是自己公司的产品在这日早先杀死了购物中心11条无辜生命，大为惊骇。奥德莉和柯蒂斯、克洛伊、埃伽秘密商议，要架空林，让布坎南重新回来主持工作。按照规章，当CTU主管无法工作时，CTU二号负责人可以接替他的工作。奥德莉要柯蒂斯立刻采取行动。洛根终于绝望地认识到，他不能牺牲成千上万人的生命来保护俄国总统，同样，他也不能为了玛莎而牺牲其他人。玛莎只能为了她的理想主义付出生命了。正当柯蒂斯还在犹豫不决时，克洛伊和埃伽的电脑突然被强行关闭了。林带着警卫来到他们面前，要逮捕两人，并命令柯蒂斯把奥德莉从CTU办公室里赶出去。柯蒂斯迟疑不决，林命令警卫把他也一起关押。柯蒂斯被迫采取行动，声称林精神状态不再适宜领导CTU工作，要警卫带走林，并命令释放布坎南。CTU通知白宫，有信息表示恐怖分子可能要刺杀俄国总统。车内的保镖皮尔斯听说了消息，及时命令车子调头。虽然恐怖分子还是投放了炸弹，但因为车子本身防弹性能极好，车内人员侥幸逃生。汉德森把杰克骗进小房间，锁死了门，房间内有一颗定时炸弹。

比埃克打来电话，告诉洛根总统，美国人民将为他的决定付出代价。比埃克的一名手下奥斯托夫给詹妮的男友杜恩打去电话，要他带着CTU的密钥卡来交易。詹妮和杜恩梦想能换来一大笔钱，好继续吸毒。杰克前往汉德森的家，去继续寻找线索。汉德森夫人和杰克以前私交极好，在外界都认定杰克去世的那段时间里一直照顾着杰克的女儿金。杰克不想这样，但不得不硬起心肠对汉德森夫人举起枪，要她说出丈夫的秘密。但汉德森夫人根本不相信自己的丈夫会和恐怖袭击有瓜葛。她反而认为杰克对自己的丈夫抱有不公平的仇恨。克洛伊告诉杰克，汉德森电脑里有最近他和别人通话的记录，但文件被密码稳妥地保护着，如要破译需要一天时间，他必须从其他途径得到密码。这时，比埃克的手下已在一家公众医院里又释放了一颗毒弹。托尼从昏迷中苏醒过来，知道米歇尔已死，他崩溃了。林要求和妹妹通话，布坎南拿给他一支手机，电话中，他威胁詹妮，再不还给他密钥卡，他就报警。詹妮害怕起来，要男友归还，但杜恩说密钥卡已被他卖了2万美元。汉德森回家了，杰克把他铐了起来。汉德森声称自己对毒弹一无所知。杰克打开汉德森的手提箱，发现成堆成堆的美元钞票。汉德森夫人大吃一惊，问丈夫是否一直在骗她。汉德森强硬地回答自己一直都在为国家服务，如果杰克不相信自己就尽管开枪好了。杰克对着汉德森夫人开了一枪。疼痛中的汉德森夫人尖声大叫，乞求丈夫告诉杰克一切。汉德森硬着心肠说：“很遗憾，我什么都不知道。”意识到汉德森心里已不再关心其他人，杰克打电话叫来救护车。奥斯托夫杀了詹妮和杜恩，打电话给比埃克说自己已经得到了密钥卡。

奥斯托夫改动了CTU密钥卡的内置程序，更换了持有者照片。杰克的女儿金和另一名男子来到了CTU，此时的她还不知道父亲还在世。奥德莉问杰克要不要由她来先告诉金这个消息，被押在后座上的汉德森插话说，金的前男友切斯离开她后，她整个人都崩溃了。是他和他妻子一直在关心金，但杰克却对自己的亲生女儿不管不问。金看着CTU的环境，百感交集，因为她的父母都死在了这里。奥德莉告诉她，杰克还在世，至于为什么一直把她蒙在鼓里，是因为这样才能更好地保护她。金被这个消息震得目瞪口呆。副总统加德纳来到白宫，建议基于目前的紧急事态，宣布洛杉矶地区立刻进入戒严，而不经过国会批准这是违反宪法的。诺维克非常反对，但洛根认为这样能让全国人民看到白宫还在掌控事态发展，同意了副总统的建议。汉德森被押进了CTU，此时，奥斯托夫也用修改过的密钥卡混入了CTU。杰克和金终于见面了，但并不愉快。金抽泣着说，她以为父亲死了，自己陷入了心理崩溃，不得不去看心理医生。而父亲现在好端端活着，让自己所受的一切折磨都失去了意义。诺维克劝说玛莎去说服洛根总统不要听取副总统的建议，但玛莎经历了这么多事，已经对丈夫有了新的认知，回答说洛根总统并没有他们认为的那么易受操纵。奥斯托夫在CTU的空调系统作了手脚。工程师加丽立刻发现了问题，向埃伽报告。忙碌的埃伽要她自己去查一下出了什么问题。加丽进入控制室，立刻看到了毒弹，正当她掏出手机呼救的时候，奥斯托夫杀死了她。布坎南告诉林他妹妹及男友遇害的消息，并说凶手很可能是职业杀手。林终于说出了自己密钥卡被盗的事情。毒气释放了，克洛伊封闭了部分房间的门，以使毒气扩散更慢。没有来得及撤退到房间里的人们三三两两地倒在地上死了，其中也包括埃伽。

托尼和汉德森被关在了一起，托尼夺过刑讯人员的枪，指着汉德森的头，称他要为米歇尔报仇。杰克从监视器里看到了这一切，大声呼唤托尼，请求他停下来，因为他们还需要汉德森来拯救成千上万条生命。托尼最后放下了枪，悲伤不已。然而，尽管刑讯人员用尽方法，汉德森仍然咬紧牙关，坚持不肯说出自己电脑的密码。由于CTU受到严重损失，国防部的一位高级官员凯伦·海尔斯建议由国防部接管CTU在恐怖分子一案上的工作，总统批准了。　　副总统坚持要总统批准紧急戒备，总统犹豫不决。这时，比埃克命令手下，把其余毒弹准备好，用于下一个目标。CTU的空气密闭室响起了警报，毒气中含有腐蚀性气体，蚀坏了密封封条。克洛伊判断还有二十分钟毒气就会把封条完全腐蚀，进入密封区。　　克洛伊找到了停止空调系统的办法，然而她需要关掉办公楼里另一台计算机上的程序。那台计算机无法通过远程操纵，只能进入房间手动关闭，而唯一进入房间的途径就是通过林所在的房间。杰克在电话里向林解释了目前的处境。然而，一旦林离开所处的房间，毒气就会立刻弥漫，这意味着林和所在房间的警卫都只有死路一条。林取得了警卫的同意，告诉杰克自己会去做该做的事。警卫在电话里和孩子道别，林走出了房间，关掉了计算机，慢慢倒下了。克洛伊仍在努力破译汉德森计算机的密码，另一间房间里，汉德森仍在受审，托尼在旁边观看，越来越不耐烦。

托尼的尸体被抬了出去，汉德森逃逸。克洛伊还在努力地破译他计算机密码，虽然没有完全成功，但她从计算机中一个文件里找到了一个情报贩子的名字柯莱特·斯坦哲，比埃克的一名手下。凯伦·海尔斯和她的助手麦尔斯进入CTU办公室，宣布国防部正式接管CTU的工作，但希望生还人员仍继续他们的工作。白宫特工亚伦·皮尔斯接到前总统弟弟韦恩的电话。韦恩知道哥哥戴维生前非常信任亚伦，在电话中告诉亚伦，他要给他一些重要的东西，亚伦答应找个秘密地点和他见面。新公布的战时紧急戒严条令受到了广泛批评，电视上的新闻评论家们含蓄地指出这可能违反宪法，总统非常恼火，副总统安慰他说，起码现在情况还在他们的掌控中。柯莱特和情人斯多勒吻别离去。杰克和柯蒂斯率领的外勤小组赶到了她所在的旅馆房间，只看到了斯多勒。打斗中，斯多勒显示出良好的职业身手，向杰克出示了自己的身份，原来，他是一名德国情报局的特工，已经监视柯莱特很久了。他要求为了不惊动柯莱特，杰克必须立刻离开。杰克要求他带自己去找柯莱特，但斯多勒却说为了自己的国家，他不能暴露身份。杰克拘留了他。目前白宫无法和德国总理取得联系，CTU也判断德国情报局绝不可能让自己的特工和美国人合作。迫不得已，杰克对斯多勒提出交换条件，说可以把美国政府监控的全世界恐怖分子名单交给德国。之前德国一直向美国政府索取，但均无果。斯多勒同意了这项交易。虽然这严重违法，但在克洛伊的帮助下，杰克拿到了名单。克洛伊的举动引起了麦尔斯的怀疑。驱车前往白宫的韦恩在途中遇到一部黑色卡车。一群戴着面具的持枪男子朝他车轮开火。他的方向盘失去了控制。幸好，韦恩及时打开车门，滚下地基，朝树林逃去。在斯多勒的帮助下，杰克抓到了柯莱特，柯莱特供出她的政府内线是奥德莉，杰克骂她撒谎，柯莱特恶意地看着他。

奥德莉可能是内奸的消息传回CTU，布坎南虽然也震惊不已，但立刻下令克洛伊查清楚奥德莉过去几年的行踪，以及她是否有机会和汉德森或是柯宁斯有什么来往。奥德莉被拘留了，她一口否认自己是叛徒，而另一边，刑具已经运到了拘留室。布坎南对杰克说，他绝不相信奥德莉是叛徒，但是也许她无意中知道了一些可以帮助破案的线索。克洛伊发现奥德莉和柯宁斯曾经在马里兰州的一家旅馆过夜，证人是旅馆的经理。杰克非常吃惊。杰克怒斥奥德莉撒谎，奥德莉痛苦万分，说自己是清白的，只是和柯宁斯有私人关系而已，但绝无叛国行径。布坎南和凯伦在摄像机的另一端观察着一切。布坎南认为奥德莉是无辜的，但凯伦却认为她在欺骗杰克。取代埃伽的新工程师莎瑞和麦尔斯有些不愉快，她对克洛伊说，几年前自己曾经和麦尔斯同事，而她举报过麦尔斯对她性骚扰。特工皮尔斯一直想办法打韦恩的手机，但总和他联系不上。另一名保安告诉皮尔斯，半小时前韦恩就已经通过了设限的路口。皮尔斯决定自己去找韦恩，叮嘱手下不要露出一丝口风。　　这时，比埃克带着手下进入天然气公司，枪杀了保安，让经理带他们进入中央控制室，准备把毒气混入天然气气舱内。杰克向柯莱特逼供，柯莱特终于说出，是比埃克交代她，一旦被捕就交出奥德莉的名字来混淆视听，并且供出了比埃克的下一个攻击目标是一家天然气生产公司，但不知道是哪一家。莎瑞读过化学，立刻说如果要混入毒气，天然气的气压必须降低。克洛伊查到了目标工厂的名字。布坎南轻轻拍了拍莎瑞的肩膀以示鼓励，莎瑞立刻对克洛伊说，她觉得布坎南在骚扰她。克洛伊瞠目结舌。

杰克抓到了比埃克，但意识到事情远远没有结束，汉德森是从一个比他地位高很多的人那里接指示做事。“我认为事情远远超出了我们的想象。”杰克向布坎南汇报说。　　副总统要求凯伦立刻接管CTU，尽管她争辩说CTU仍在运转良好，而且工作卓有成效。麦尔斯建议用误抓奥德莉一案来指控布坎南管理不善。另一方面，布坎南对奥德莉说，国防部正在吃掉CTU，但他想不明白为什么副总统这么急于接管CTU。皮尔斯和韦恩见面了，韦恩告诉他，第一夫人玛莎的助理艾维琳是前总统戴维在白宫的情报源。他认为正是艾维琳提供给戴维的情报导致他被刺身亡。现在，有人又在阻止韦恩去白宫和艾维琳见面。在皮尔斯的帮助下，他们见到了艾维琳。艾维琳承认自己的确知道一些事情，但不敢说，因为有人绑架了她的女儿。韦恩答应帮她救回女儿，并向杰克求救。麦尔斯起草了一份声明，要求奥德莉签署，声明上写道这日发生的所有事情都是由于布坎南指挥不力，并且威胁她说，如果她不签署，她所代表的部门也将分担部分责任。奥德莉轻蔑地拒绝了。杰克给奥德莉打来电话，称他怀疑副总统也卷入了这日的阴谋，因为他太急于接管CTU，而显然这伙恐怖分子是在听从某位政府高官的命令。他要求奥德莉帮助他，而不能显露出来。为了取得必要的资源，奥德莉找到麦尔斯，在声明上签了字。布坎南被赶出了办公室，不理解地望着奥德莉。奥德莉也望着他，希望他能从自己的目光中理解，自己并不是一个弄权的小人。杰克救出了艾维琳的女儿，但艾维琳腿上中了一枪。杰克抓住艾维琳追问：“阴谋的主使人是不是副总统？”艾维琳大喊：“副总统和这一切没有任何关系！”汉德森给一个人打电话：“我并没有预料到杰克会出现，但，我将立刻干掉杰克和韦恩，不会让您失望。”电话另一端，总统洛根慢慢放下电话，显示出复杂的表情。

艾维琳匿藏有洛根总统和汉德森的电话录音，能够清楚地显示总统才是这日恐怖活动背后的操纵人，她把保险箱的钥匙给了杰克。杰克打电话给奥德莉，请她寻求她父亲的帮助，因为现在没有什么人值得信任。凯伦私下里对麦尔斯说，她觉得真的没必要接管CTU，因为CTU工作仍然井井有条而且高效。洛根打电话给CTU，要求他们立刻把杰克作为刺杀前总统的嫌犯逮捕，因为“我们手里有了新的证据。”凯伦对此非常不满，因为她觉得目前的首要任务还应该是抓住汉德森。奥德莉驱车离开，一面打电话给自己正在飞机上的父亲，请求他回洛杉矶来，因为事关重大。海勒部长相信女儿的判断，叫飞行员立刻掉头。正在负责CTU事务的副总统问总统，到底发现了什么新证据表明杰克才是凶手。洛根总统拒绝谈这件事，皮尔斯在一边听到了。在旅馆里休息的艾维琳想过去帮助哭泣的女儿，不小心摔了一跤，昏倒在地上。女儿本能地拨了911电话，告诉了接线员母亲的名字。皮尔斯打电话给杰克，告诉他总统签发了关于他的逮捕令。杰克告诉他事实真相，并说他们将寻求海勒部长的帮助。

洛根非常恼怒，因为汉德森还是没有干掉杰克，反而让他拿到了对自己不利的证据。汉德森建议用CTU来追捕杰克。另一方面，杰克也在向布坎南寻求帮助，他请布坎南带韦恩去安全的地方，自己去见海勒部长。当着海勒部长和奥德莉的面，杰克播放了录音，里面洛根总统的声音清清楚楚，他在给恐怖分子下命令，是他把神经毒弹交给了恐怖分子，虽然他的原计划是毒弹到达莫斯科之前就引爆它们。这样，他就足够的理由来和俄国总统签署关于武器合作方面的条约了。而且，这也为美国干涉中东石油问题提供了很好的借口。杰克认为戴维·帕默总统正是因为发现了这一点而遭到暗杀。海勒部长非常了解洛根总统，相信他能做出这种事情来。但是，海勒部长不同意杰克的做法，他认为公开录音只会在这个时候动摇美国人民对政府的信心，从而危害这个国家。他准备用这盘录音逼迫洛根总统引咎辞职。他命令手下把奥德莉和杰克捆起来。杰克大叫：“相信那个人你会很危险！”凯伦找到了奥德莉的踪迹，一边派出CTU特工去逮捕他们，一边汇报给总统，而洛根却让她立刻撤回CTU的人马，他会另派军队过去。凯伦对此感到很疑惑，打电话给诺维克。诺维克也不知道总统此举何意。诺维克问了副总统，副总统仍在恼怒总统没有采取他的建议，说总统这么做一定有他的理由。诺维克又给洛杉矶的驻军司令打去电话，驻军司令很肯定地说他们并没有接到命令去机场捉拿犯人。海勒单独会见了洛根总统，要求他引咎辞职，并且保证奥德莉和杰克的人身安全，作为交换条件，他可以把录音还给总统。正当海勒逼迫总统把副总统叫来做为辞职的见证人时，洛根正不得不在辞职信上签下自己的名字，他接到一个电话，汉德森说已经拿到了录音。洛根的脸色马上变了，告诉副总统他不得不请求海勒辞职，因为他无根据地指控自己才是恐怖活动的幕后指使人。

杰克正在给奥德莉止血，海勒打来电话，说总统拒绝引咎辞职，他们失败了。杰克向正在布坎南家的克洛伊打电话求助，克洛伊冒着被CTU发现的危险利用CTU的卫星资源帮助杰克搜寻汉德森。杰克抓住了汉德森，但汉德森威胁说，他的手下已经跟上了海勒部长。一旦他出事，海勒马上就会死。杰克打电话给海勒确认，海勒经提醒发现自己车子上空的确盘旋着一部直升飞机，并且从飞机上射下的镭射光线也紧紧咬住了他的车子。汉德森要求杰克释放自己，作为交换海勒性命的条件。但性情刚硬的海勒从电话里听到了汉德森的话，说自己宁可死，也不愿意受恐怖分子威胁。他把方向盘一歪，车子翻下山崖，坠入湖中。洛根给另一个叫格汉姆的人打电话，通知他针对汉德森的行动取消。格汉姆提醒洛根，玛莎已经对他的行动有所怀疑，正在到处问东问西。与此同时，玛莎还在追踪皮尔斯的下落。一名保镖把玛莎骗进小黑屋锁了起来。经克洛伊帮助，杰克找到了录音带的下落，此时正被人携上一架即将起飞的飞机。杰克混上了飞机。充满疑窦的凯伦叫来莎瑞，详细追问她关于克洛伊逃脱时的话，听说总统可能是陷害杰克和刺杀帕默总统的幕后真凶，凯伦陷入了沉思。洛根对妻子承认，虽然自己从来没有下令刺杀帕默，但他的手下却的确杀害了帕默总统。玛莎惊呆了。麦尔斯终于找到了克洛伊的下落，他如获重宝，立刻派人去搜捕克洛伊。凯伦却偷偷给布坎南家里打去电话，叫他立刻让克洛伊离开。

凯伦命令CTU特工小组把布坎南带回CTU总部审讯，麦尔斯不理解她的这一命令，认为应该就在布坎南家对其严刑逼供，找出克洛伊的下落。逃出布坎南家的克洛伊在附近找了一间咖啡馆，立刻上网和凯伦联系，要她把杰克所在飞机的乘客座位表发给杰克。被关在卧室里的玛莎唤人要安眠药，但保镖已经得到命令不能给她服用。无可奈何下，玛莎叫来了诺维克，向他索要药丸。诺维克看到六神无主的玛莎，不知道为什么她如此不安，但许诺说尽力帮她。洛根总统接到消息，听说杰克已经混上了一架外交免检飞机，正在搜查录音带，一下子慌了神。他给格汉姆打电话，格汉姆建议他直接命令军方打下飞机。听到总统命令击落飞机，诺维克和凯伦都惊呆了。诺维克提出质疑，但总统坚持要这么做。虽然凯伦疑心总统要掩盖自己的罪行，但她无权阻止总统的命令。克洛伊仔细核对过了飞机上的乘客名单和乘务机组名单，发现几小时之前副驾驶员被一名来自汉德森公司的私人飞行员代替，立刻通知了杰克。杰克从那人手里拿到了录音带。

杰克打电话告诉凯伦，他已经拿到了证据，马上就要降落地面，但决不能让总统那方的人先得到它。凯伦派柯蒂斯的小组赶去机场，掩护杰克逃跑。总统仍在犹豫不决，格汉姆的电子工程师发出了一个假信号，表面看起来好像是从杰克所在的飞机上来的，这表明被劫持飞机很可能撞向地面目标。根据美国法律，为了更多人的生命安全，此时总统有权命令打下飞机。凯伦和布坎南肩并肩走出拘留室，麦尔斯奇怪地看着他们。凯伦说关于杰克一案有了新进展，但她不肯说具体细节。空中管理局官员建议立刻打下飞机，然而深深熟悉杰克品行的诺维克却认为他决不可能危害平民的生命。然而空管局官员却坚持己见。总统终于下令，派F-18战斗机去击落飞机。接到消息的凯伦立刻通知了杰克。冒着生命危险，杰克命令飞机立刻迅速下降，并且在一千英尺的高空就伸出降落架。F-18战斗机飞行员立刻汇报洛根总统，飞机正在降落，没有进行空中攻击的意图。空管局官员马上建议停止袭击。然而，洛根却坚持无论如何都要击落飞机。诺维克提醒他，在没有必要的情况下牺牲无辜者的生命会对自己的政治生涯造成很不利的影响。总统终于让步了，但仍派军队去降落地逮捕杰克。杰克在柯蒂斯的帮助下逃脱了，听到这一消息的总统仿佛被判了死刑，面如死灰。在场的诺维克注意到了他的反常，感到非常奇怪。洛根从盒子里拿出一把手枪，正准备扣动扳机，电话响了，是麦尔斯打来的。

和最高检察官、国会长官的电话会议准备好了，克洛伊再次试放录音，然而除了噪音以外什么都没有。克洛伊想起来麦尔斯曾经进过办公室。怒气冲冲的杰克勒住麦尔斯的脖子，麦尔斯得意洋洋地称自己现在直接受总统管辖。凯伦扇了他一个耳光。他趾高气扬地离开了办公室。玛莎仍在思念皮尔斯，她把皮尔斯的手机递给一名保镖，请他转交给皮尔斯。她以为皮尔斯被转派去外地工作，没想到他被关押了起来。洛根去看皮尔斯，威胁他和自己合作，但皮尔斯根本不买帐，称他是叛国者。比埃克在转移的途中被劫走，幸存的一名保镖说，恐怖分子提到还有一颗毒弹完好无损。CTU立刻把所有资源转移到找到这颗毒弹上面。汉德森知道唯一能够保住自己性命的录音带已经不存在了，作为交换，他告诉了杰克一张人名单，要杰克放自己和妻子秘密离开这个国家远走高飞。在走廊里吸烟的玛莎看到一部车离开车库，感到有些好奇，便跟过去看个究竟，没想到无意中救下了被总统命令秘密处决的皮尔斯。皮尔斯请求玛莎回去，装作什么事情都没有发生，但要把真相告诉诺维克。玛莎称自己本来打算沉默，但洛根为了保护自己不惜牺牲无辜者的做法震惊了她，她无法再置之不理。

比埃克和手下用毒弹劫持了一部潜艇。杰克带着汉德森到潜艇上。汉德森向杰克索要一把枪保护自己，杰克递给他。然而，解决了比埃克之后，汉德森立刻把枪口对准了杰克：“你从来没想过让我平安离开，对不对？”他一面说，一面扣动了扳机。然而枪里面没有子弹。杰克把枪对准汉德森：“你杀了我的朋友戴维，托尼，还有米歇尔，现在是你偿债的时候了。”他扣动了扳机。解决了一切，杰克溜走了，要求克洛伊协助他捉拿总统归案。克洛伊不假思索地答应了。知道恐怖分子终于不再是威胁的洛根得意万分，打算立刻召开记者招待会，命令诺维克为他起草文件。玛莎叫走诺维克，让他和皮尔斯见了面，对他说了事情真相。一直就存有疑虑的诺维克相信了。杰克打来电话，说自己准备混上总统座机，逼迫总统承认一切，但需要总统的飞机延迟起飞二十分钟。诺维克暗示玛莎只有她可以做到。玛莎和总统虚与委蛇，洛根本以为已经和妻子的感情彻底破裂，发现还有机会挽回，非常珍惜。这时，CTU迎来了一位新工程师——莫里斯·奥布赖恩，克洛伊的前夫。

在诺维克的帮助下，杰克用伪造的证件成功地混上了总统的座机。他把飞机劫持到另一个地点。洛根大惊失色。　　杰克把洛根带到一座废弃的仓库里，搜走了他的所有物品，让他在准备好的摄像机前说出自己的罪行。洛根知道自己的救援部队马上就会来临，咬紧牙关坚不吐实，料想杰克拿他毫无办法。救援队到了，他们救出总统，逮捕了杰克。在CTU办公室，克洛伊打开了仪器。总统拿回了被搜走的东西，命令手下特工把杰克单独关押起来。总统座机降落了，诺维克和玛莎等在机场。诺维克低声告诉玛莎，杰克失败了，现在已经被捕，玛莎非常失望。帕默总统的遗体被抬了出来，现场气氛非常庄严。玛莎崩溃了，大声控诉总统才是真正的谋杀犯。洛根命令特工把玛莎推进空无一人的飞机库。他跟进来，掌掴了玛莎，骂她伙同外人欺骗自己。玛莎反驳说，他杀了帕默总统和其他无辜者，以掩盖自己的阴谋，他才是真正的骗子。洛根说：“我做的一切是为了国家的利益。”克洛伊电话请来了最高检察官，她解释说杰克把一个窃听设备装在了总统身上，设下圈套骗他入彀。克洛伊播放了录音，总统在飞机库里的话音传了出来：“我所做的一切是为了这个国家。”正当洛根总统深情致辞，称帕默总统是一位伟人的时候，他注意到人群后面有些骚动，几名特工上前来，对他说最高检察官请他立刻去见面。洛根不明所以，特工从他胸前的口袋中掏出了一支钢笔，倒出了里面的窃听设备。洛根一下子崩溃了。

新闻报道，美国十座城市同时遭到恐怖分子的炸弹袭击，证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。总统特别顾问托马斯·莱诺克斯这时正在白宫的椭圆办公室和国家安全顾问凯伦·海斯争论是否需要采取格外强硬的手段，把美国民众中信奉伊斯兰教的人隔离开，以避免更多流血事件。但总统韦恩·帕默不同意汤姆的观点。这时，CTU发来报告，称一名伊斯兰恐怖分子阿萨德是这系列恐怖袭击的背后主使，情报分析员们相信如果干掉阿萨德会有效阻止恐怖袭击，韦恩总统下令CTU制定刺杀计划。韦恩总统和中方进行交涉，换回了正关押在中国的杰克·鲍尔，打算利用他来作诱饵钓出阿萨德。杰克·鲍尔，此时胡须纠结，衣衫褴褛，出现在机场。布坎南到机场迎接他，对他说明阿萨德的一名手下法耶德同意把阿萨德交给美国政府，条件是交换杰克，以为他弟弟报仇。杰克默默同意了。克洛伊听说了这一计划，大为惊骇。此时，在一个普通的美国家庭里，丈夫瑞和妻子吉莲正在争论是否他们的儿子斯科特还应该如常去上学。斯科特进来，说FBI正在逮捕他们的邻居约瑟夫。约瑟夫的儿子阿梅德——一个少年，大声对警察咆哮，说他们毫无根据。警察走后，另一个邻居斯坦砸破阿梅德家的门，打算毒打阿梅德。瑞进去制止了，邀请阿梅德到自己家里住。杰克被交给法耶德，他说自己不怕死，但催促法耶德按照约定给CTU打电话。法耶德说阿萨德背叛了他们的组织，打算和美国政府谈判妥协，而这些恐怖袭击的真正背后指使者是他自己。

逃脱的杰克给CTU打去电话，告知阿萨德并不是恐怖袭击的真正背后指使者，他们应该和阿萨德合作以对付法耶德。但布坎南不能取消总统下的命令，他把杰克的电话转给了白宫。但白宫的安全顾问们并不相信杰克的判断。总统维持之前的命令不变。法耶德给阿梅德打去电话，要他去取自己需要的包裹。阿梅德回到家，取出藏着的包裹。这时，邻居斯坦又来了，把阿梅德打得头破血流。阿梅德挣扎着掏出一支手枪，对准斯坦开了两枪，打死了他。杰克驱车赶往阿萨德的藏身地点，破门而入，告诉他法耶德已经把他卖给了美国政府，现在正有一组特工精英前来逮捕他。这时，一枚飞弹已对准阿萨德的藏身房屋发射，杰克和阿萨德险险逃脱。帕默总统的妹妹桑德拉是一名律师，正在和前来要求翻阅公司伊斯兰裔美国雇工档案的FBI警员交涉。克洛伊从录像中发现炸弹爆炸前杰克出现在目标房屋里，而且画面显示他正在帮助阿萨德逃脱。布坎南命她保守这个秘密，因为他其实已经相信杰克的判断是对的：他们需要和阿萨德联手来捉拿真凶。斯科特看到斯坦走进阿梅德的家，担心阿梅德出事，连忙跑到他家帮忙。阿梅德用枪指着斯科特，要他听令行事。杰克和阿萨德找到了法耶德的一名手下，发现法耶德计划在地铁里实行一次自杀式爆炸袭击。杰克及时制止了恐怖分子。CTU把事发时的录像调了出来，汇报给白宫，韦恩意识到杰克的判断是对的。

法耶德打电话给总统，称只要一小时内释放美国帕姆代尔的政治犯，就停止所有攻击。尽管韦恩一点都不相信，但仍命令手下找出法耶德的真实目的，有必要的话按照法耶德的话作，以争取更多时间。柯蒂斯听说CTU现在正在和阿萨德合作，非常愤怒。阿梅德用枪逼着斯科特回到了他的家。斯科特的父母非常惊讶，但也被劫为人质。阿梅德命令瑞出去送包裹，不从就杀了他的妻儿。一百多名因与恐怖组织有牵连的犯人在帕姆代尔军事监狱排队前行，其中有一名囚犯，叫努马尔。桑德拉和她的情人瓦利德因妨碍FBI公务被捕。韦恩打电话给妹妹，对她的不顾大局非常愤怒。但桑德拉争辩说，越是危急的时候，宪法越不能被抛在一边，不能为了恐惧而放弃对公民基本权利的保护。她请哥哥下令释放瓦利德，但韦恩没有同意。拘留所里，一名叫萨利姆的男子和警卫冲突起来，瓦利德仗义直言，被警卫打了一顿。萨利姆感激地望着瓦利德。瑞把阿梅德的包裹交给一家电子产品商店的老板。老板称瑞拿来的钱不够，不能达成买卖。瑞想到自己的家人，心急如焚，失手杀了那个老板。此时，CTU终于发现了法耶德要求释放帕姆代尔政治犯的目的：里面的一名囚犯努马尔是核科学专家，他可以帮助法耶德安装核弹。白宫立刻下令追回努马尔，但已经晚了。

杰克恳求柯蒂斯暂时把阿萨德当作合作伙伴，因为只有他能帮助CTU找到法耶德。同时，杰克暗中命令克洛伊找出柯蒂斯如此憎恨阿萨德的原因。阿梅德命令瑞把从电子商店老板处取来的零件送往法耶德处。瑞威胁说，除非他放了自己的妻儿，否则他立刻毁了那个零件。阿梅德释放了吉莲，而继续看押着斯科特。吉莲一出来就立刻报了警。杰克一听到吉莲提到“法耶德”的名字立刻率领外勤特工赶往吉莲的家，救出了斯科特。阿梅德被特工击中，昏迷不醒。斯科特还记得阿梅德和法耶德的对话，告诉了杰克一个地址。韦恩和中东一国的大使会面，大使证实了阿萨德有打算和西方合作的意图。但汤姆认为，和一个臭名昭著的恐怖分子合作，有损美国政府的形象，也会损害总统的民意。韦恩给阿萨德打去电话，称只要他积极帮助美国找到法耶德，美国就给他完全的政治庇护。但阿萨德要求总统书面签发文件。瓦利德在拘留所里散着步，萨利姆对他说：“今天结束前，他们会为自己所做的一切付出代价。”这句话引起了瓦利德的注意，他聚精会神地听着萨利姆和另一名囚犯用阿拉伯语对话。桑德拉来拘留所探看瓦利德，瓦利德告诉她，几名囚犯一直用阿拉伯语重复着一个单词，尽管他听不懂，但他怀疑很有可能与恐怖袭击有关。他敦促桑德拉立即报告FBI。克洛伊报告杰克，阿萨德曾经残酷杀死了几名柯蒂斯的手下。杰克立即赶到外面，本来应该护送阿萨德的柯蒂斯正用枪对准阿萨德。杰克被逼无奈，亲手击毙了柯蒂斯。远方，一朵蘑菇云升起在杰克的视野里，手提箱核弹引爆了。

全国上下震惊万分。公众陷入一片恐慌。然而，恐怖分子手里还有四枚核弹。白宫安全人员要护送总统去地下掩体，然而韦恩总统坚持要先向全国民众做电视公开演说。克洛伊听说柯蒂斯被杰克击毙，陷入了极大的悲痛。法耶德的核工程师在核弹爆炸中死亡，法耶德要一名中间人达仁·麦卡锡再给他找一个能够装配核弹引爆程序的工程师。杰克木然地站在哭喊奔跑的人群中，凝望着远方的蘑菇云。布坎南打来电话，告诉他恐怖分子仍然握有四颗核弹。虽然之前杰克已经打算退出，但蘑菇云让他放弃了这一打算。“看到这一切后，我不能现在退出。”杰克说。白宫列了一张可能资助法耶德的国家列表。虽然他们都强烈地谴责了对美国无辜平民的核攻击，但一名上将仍然建议总统轰炸这些国家，作为美国遭到核袭击的反应。总统回答说美国只打击敌人。阿萨德到了CTU，对布坎南说这日他不是美国的敌人。他给克洛伊提供了一名可能和法耶德有联系的俄国将军的名字——格莱登科。CTU立刻找出了曾与格莱登科有过生意来往的人，其中一人是菲利普·鲍尔，杰克的父亲。而杰克已经有九年没有和父亲来往过。杰克打电话给父亲，但父亲神秘地消失了。他给弟弟格莱姆打去电话，原来格莱姆就是上一季里控制洛根总统的幕后操纵者。格莱姆狠狠地对手下说：“我们真该让他死在中国。”杰克到了弟弟家，挥拳痛殴他，要他说出父亲的下落。格莱姆的妻子曾和杰克有过一段恋情，她看到杰克回来，十分惊讶，同时也发现自己对杰克仍然有感情。

汤姆下令在国内建立隔离中心，实际上就是拘留所，这是变相的种族歧视，而并没有得到总统的许可。凯伦斥责他，说他开了一个非常危险的先例。汤姆反驳说有一颗核弹在美国本土爆炸，他只是在尽职作战时准备工作。两人不欢而散，汤姆命令自己的助理里德设法把凯伦从白宫赶走。种族隔离政策也影响了CTU的工作，由于CTU的一名高级主管纳迪娅有中东血统，她被临时加上了信息分级限制，必须多几道手续才能看到需要的信息。纳迪娅向布坎南抱怨，布坎南安慰她说，CTU很多人在工作中都遇到过困难和误会，但大部分人都忍受了委屈而做出了很好的成绩。只有成绩才能取消歧视。格莱姆终于说出了父亲的下落。父亲去看一个公司的雇工，名叫达仁·麦卡锡。这人进入公司时没有经由严格的背景调查，这日的核弹就是被麦克西偷出去卖给恐怖分子的。父亲菲利普和格莱姆之所以没有报警，是因为他们担心这条消息会使公司受到灭顶之灾。菲利普已经带着一群保安去找麦卡锡了。杰克逼迫格莱姆带他前去。里德给了汤姆一张名单。汤姆要求凯伦立刻引咎辞职，否则他就公开布坎南在工作中的一次重大失误。原来，法耶德一年前曾经被捕过，后来因为没有证据被释放，签发释放令的就是布坎南。而凯伦把这份文件藏了起来。凯伦解释了她这么做的原因，但汤姆根本不听。凯伦向韦恩递交了辞职信，韦恩非常惊讶，询问她原因，但她闭口不谈。杰克和格莱姆去父亲的公司，他找到了父亲菲利普，但暴起的弟弟格莱姆命令手下缴了杰克的枪，把他们押入车内。随同他们一起前来的CTU特工已被枪杀。

韦恩找来汤姆，询问凯伦辞职的真正原因，汤姆说是因为政见不同。汤姆强烈建议总统通过临时拘留中心的决议，韦恩非常不情愿，知道这是在滥用职权侵犯公民的人身权利，违背宪法精神。在汤姆的强烈催促下，韦恩答应召开内阁会议。在车内，菲利普说自己所做的一切都是为了杰克。而杰克却拒绝了他。在杰克离开家后，他唯一的指望就是格莱姆了。两人被铐着带下车，格莱姆的手下准备枪决两人。杰克趁其不备打倒了他们，打开了手铐。杰克立刻报告CTU自己弟弟和恐怖分子的关系。菲利普在旁边听着自己的儿子举报另一个儿子，神情非常复杂。麦卡锡给法耶德打去电话，说自己已经找到了合适的人选，正在把这位工程师的照片和背景简历发到法耶德的电子邮箱里。“但是，他不会合作，一定得动脑子让他听话。”麦克西提醒法耶德。CTU监听到了法耶德和麦卡锡的电话，莫里斯立刻动手恢复麦卡锡给法耶德提供的工程师照片文档。CTU的外勤小组到了格莱姆家，菲利普想跟杰克一起进去，但杰克回答说他会用各种可能的办法来逼迫格莱姆说出恐怖分子的下落，这对菲利普可能刺激过大。格莱姆正在动手删除自己电脑里的文件，CTU特工冲进他家。格莱姆的妻子吃惊地望着眼前的一切。莫里斯得到消息，他的弟弟在核弹爆炸中受到严重辐射，生命垂危。莫里斯非常困惑，不明白弟弟为什么会在核弹爆炸的地点出现。他把文件处理好，径直离开。清晰的图像显示出来：那位工程师正是莫里斯。布坎南立刻打电话给杰克，同时要求莫里斯立刻回到CTU。捱不过酷刑的格莱姆说出自己正是几年前杀害戴维·帕默总统的幕后真凶，也正是自己下了杀害米歇尔、托尼的命令。杰克拔枪对准格莱姆，但看见父亲站在门口，默默地看着他，他把枪放下了。

菲利普担心格莱姆被带回CTU后供出自己，杀死了他，把现场伪装得仿佛是格莱姆死于酷刑后的心肌梗死。杰克陷入了自责。莫里斯被麦卡锡和他的女友丽塔带上车，莫里斯趁他和丽塔单独在车里的时候，请求丽塔放了自己，说CTU不知道丽塔的存在，她此刻悬崖勒马还来得及。法耶德给了麦卡锡见面交人的地点。突然，丽塔拔枪击毙了麦卡锡。正当莫里斯以为自己的说服生效的时候，丽塔命令他进车里去。“你说的对，CTU不知道我，所以我可以独享这几百万。”丽塔回答。韦恩在内阁会议上当众否决了汤姆的提议。恼怒的汤姆对里德说：“我认为这个总统没有勇气领导危机中的美国。”他准备辞职。里德把汤姆的计划告诉了一名男子。由于他们的计划必须依靠里德进入白宫，而汤姆辞职后，作为汤姆高级助理的里德必须立刻离开，所以他们不得不设法让汤姆留下来。丽塔把莫里斯交给了法耶德。法耶德毒打莫里斯，莫里斯坚持不肯为恐怖分子安装核弹。阿萨德和韦恩会面了。韦恩说，美国很愿意和阿萨德合作，问题是，如果法耶德再引爆一颗核弹，就不会有任何合作的可能。美国人民的愤怒将直接促使美国政府下令攻击伊斯兰国家。阿萨德答应按照韦恩的意思做一次电视演讲。汤姆对里德说，这种电视演讲只会让美国人民怀疑政府对恐怖分子退让。里德暗示，如果换一个总统，将不会有这种问题。汤姆意识到里德指的是刺杀总统韦恩，表示自己愿意合作。杰克率人冲到了法耶德的寓所，然而，捱不过恐怖酷刑的莫里斯已为法耶德装好了核弹。

法耶德和格莱登科将军通了电话，将军非常恼怒法耶德浪费了两颗对他们来说弥足珍贵的核弹，不过，他们手上还有三颗，法耶德保证会把他们用在最值得的地方。CTU截获了格莱登科和法耶德来往的一封电子邮件，推断出格莱登科目前正藏身洛杉矶。莫里斯被带回CTU，克洛伊奔去问他如何，但莫里斯情绪非常不好，拒绝和她交谈。一同回到CTU的还有菲利普，他在无人注意的时候偷偷删除格莱姆手机上的短信。杰克进来了，注意到他父亲的情绪，说：“我很难过格莱姆不幸去世。”而菲利普的表现仿佛他不相信杰克没有杀死格莱姆的意图。杰克感到非常难过，问他是否知道格莱登科的事。菲利普说自己不管公司的具体事务，但可以问问其他高层。一转身，菲利普给自己的手下下命令，让他们去杀掉格莱登科。格莱姆的妻子玛丽琳现在已经知道格莱姆参与了恐怖袭击，对杰克说她并不怪他使丈夫身亡。其实，他们夫妻间早就没有了感情。但格莱姆威胁，如果玛丽琳离婚，他就带走儿子。因此玛丽琳才留在格莱姆身边。玛丽琳并且提供了重要信息，说她可能知道格莱登科的藏身地。菲利普远远看到杰克和玛丽琳谈话，走过来问她。玛丽琳毫无防备地说了。菲利普要把玛丽琳的儿子带回自己家里，因为CTU非常不适合一个未成年少年久留。玛丽琳很不情愿地答应了。旅途中，玛丽琳接到菲利普打来的电话，他承认是自己杀了格莱姆，要她引杰克去他指定的地点，否则就杀了她儿子。玛丽琳按照菲利普的指示带杰克的外勤小组到达一座房屋，一声巨响，房屋里安置好的炸弹爆炸了。

米洛带玛丽琳逃跑了，追兵按照菲利普事先的吩咐没有对玛丽琳下毒手，两人得以逃到一片工地上。但米洛不是外勤特工，没有搏斗的经验。很快，追兵就发现了两人。米洛要玛丽琳先逃，千钧一发之际，赶来的杰克救了两人。杰克从玛丽琳嘴里听说了父亲的事，非常恼怒自己竟然因为父子感情而忽视了如此明显的线索。他要玛丽琳骗出了菲利普现在所在旅馆的位置，率人去救玛丽琳的儿子。里德终于对汤姆说了自己的计划：他们打算要一个人混入白宫，在韦恩和阿萨德发表电视演说的时候引爆炸弹，然后把事故原因推到阿萨德身上，这样既能干掉软弱的总统，又能让美国人民坚信必须和恐怖分子斗争到底，没有任何妥协的余地。汤姆非常吃惊。韦恩把汤姆叫到办公室，请他再研究一下阿萨德的演讲稿，说他仍然非常看重汤姆的判断能力，汤姆很受震动。他打算告发里德的叛国行为，但被里德发现，把他关在屋子里。杰克和父亲见面了，菲利普说格莱登科发现自己牵涉戴维·帕默被刺一案，以此要挟自己和他合作。他以为那些核弹是要卖到俄国去的，直到这天早上核弹爆炸，他才知道真相。菲利普说自己是个爱国者，所作一切都是为了维护家庭和公司，杰克骂他是个自私自利的小人。菲利普给了他一条线索，让他去找前总统查理斯·洛根。

大使到了地下掩体，韦恩到处寻找汤姆，没人知道他去了哪里。此时洛根正在被软禁在家中。杰克听说他居然没有被绳之于法，不禁大怒。杰克去见洛根，洛根表现得非常合作，杰克猜测他打算以合作作为进一步获取自由的筹码，但洛根说，自从自己被软禁在家中，他已经深刻反省过，决定赎罪来减轻自己的罪孽。杰克并不相信他。洛根说俄国领事马尔科夫是格莱登科的同伙。之前CTU通过正常渠道询问过马尔科夫，但他表示对格莱登科一无所知。洛根说自己握有马尔科夫的把柄，只有他能让马尔科夫说出格莱登科的下落。杰克向韦恩请求带洛根去俄国领事馆，并保证自己不会让他逃走。韦恩说自己永远不会原谅洛根杀害自己的哥哥，他勉强同意了杰克的计划。韦恩和阿萨德步入直播室，他四处寻找汤姆，仍然看不到他的踪影。里德等在直播室门外，当他看到阿萨德站在演说台上时，用颤抖的双手按下了按钮。阿萨德正在准备演说，忽然注意到有股奇怪的棕色液体滴了下来。他侧过身子，看见一个红色的小亮点。“炸弹。”他大叫一声，扑倒在地上。一名安全特工立刻把韦恩拖倒在地，覆在他身上。炸弹爆炸了，很多特工冲进屋里，拖开横七竖八的尸体，发现韦恩浑身是血，人事不知。阿萨德已在爆炸中死亡。里德静静地走开了。

韦恩被送到手术室抢救。白宫医生把总统的病情报告给内阁，说总统暂时无法恢复神智，也无从预料他什么时候才能清醒。此时副总统丹尼尔斯正在空军二号飞机上，知道了这一消息，要求着地后立刻会见汤姆，询问整件事的来龙去脉。国防部长向里德询问汤姆的下落，里德把总统被刺一事告诉了汤姆，要求他跟自己合作。但汤姆一获自由，立刻向安全特工长官告发了里德。洛根和马尔科夫见面了，威胁要把两年前他把毒气弹送给俄国分裂组织的事情告知俄国政府，除非马尔科夫说出格莱登科的下落。马尔科夫嘴巴很硬，称自己也许会被毁掉，但仍然不知道格莱登科在哪里。洛根和杰克离开了，告诉他马尔科夫在撒谎。马尔科夫打电话给格莱登科，催促他快一点，说美国人已经发现他和恐怖分子有来往。已经辞职的凯伦在机场看到总统遇刺的消息，几乎不敢相信，她立刻赶回白宫。杰克闯入俄国领事馆，毒打马尔科夫，要他说出格莱登科在哪里。马尔科夫忍不住疼痛，终于说了。但就在杰克正要离开的时候，俄国领事馆的安全特工把门炸开，把昏迷的杰克带走了。醒过来的杰克恳求看押他的俄国保安，说马尔科夫在和格莱登科密谋在美国国土上引爆核弹，俄国保安并不相信他的话，但他也感到马尔科夫的反应非常异常。杰克求他给CTU打个电话，把马尔科夫说出的地点告诉CTU。但保安正在打电话时，领事馆的安全长官击毙了他。布坎南接起电话，对方已经无人了。

CTU来了新的外勤特工队长麦克・道尔，开始布置对俄罗斯领事馆的攻击计划。米洛对道尔的计划提出异议，说很可能害死杰克，但道尔却说副总统的意思是以捉住马尔科夫，问出恐怖分子下落为主，救出杰克在其次。布坎南也同意。米洛曾和道尔共事过一段时间，尽管他很不喜欢道尔的为人，但他也向纳迪娅承认，道尔的工作能力非常卓越。马尔科夫命令安全主管杀死杰克，但那人却反被杰克所杀。杰克躲进了地下室里。从监视器看到这一切的马尔科夫要手下立刻去找到杰克，并切断领事馆内所有电话。洛根警告布坎南袭击领事馆将是个严重的错误。虽然俄罗斯总统苏瓦诺夫不愿意卷进美国自己的反恐事件中，但洛根认为他的前妻玛莎有能力说服苏瓦诺夫。道尔非常不耐烦地命令技术支持人员动作快一点，一贯阴阳怪气的莫里斯嘲讽了几句，他冲上去拎住莫里斯的领口，告诉他自己是这里的负责人。米洛警告他不准粗暴对待自己的手下。玛莎说服了俄罗斯总统苏瓦诺夫，苏瓦诺夫要求领事馆领事与CTU合作，并交出杰克。领事拒绝了总统的命令。惊愕的总统授权美方进攻领事馆。

杰克的肋骨折断，可能造成内脏出血，道尔把他送回了CTU。副总统丹尼尔斯听说恐怖分子发射的飞机已经在监视雷达系统中失去联络，命令军队准备核力量打击法耶德的国家，莱诺克斯吓得目瞪口呆。杰克回到CTU，玛丽琳告诉他奥德莉已死，是去中国找他的路上出了车祸。杰克冲向克洛伊的办公桌，问她为什么不告诉自己。克洛伊意识到飞机躲过CTU卫星监视，只可能是恐怖分子预先知道了他们系统的工作方式，一定有内奸。道尔立刻怀疑上了娜迪娅，因为她有穆斯林血统。这时，克洛伊也找出了正是娜迪娅的机器出了问题，道尔命令手下带走了娜迪娅，感到大惑不解的莫里斯察看娜迪娅的机器。CTU小组及时制止了核弹爆炸，但现场仍有泄漏，受到辐射的人员几年后就会死去。副总统丹尼尔斯认为这仍然是对美国本土的袭击。

副总统丹尼尔斯准备一小时之内就启动核打击计划，袭击法耶德的国家。格莱登科找了一个叫豪泽的人来为他干活，豪泽说自己的弱智哥哥可以帮他拿到文件。从恐怖分子的处所发现了一个芯片，证明恐怖分子通过远程控制进入娜迪娅的机器，她是无辜的。道尔意识到自己很有可能因为滥用职权而受到惩罚。凯伦去找帕默总统的妹妹桑德拉，要她授权医生唤醒总统，虽然她们都知道这样很可能给总统韦恩带来不可治愈的伤害。丹尼尔斯听说了，愤怒地指责凯伦背着他搞阴谋，并召唤总统的负责医师，称他对总统的生命掉以轻心。然而医生回答说根据医生的职责，只有病人的直系家属，也就是总统的妹妹桑德拉可以做出决定，而他只会尊重病人家属的决定。格莱登科被抓住了，他认出了杰克，立刻要求和CTU合作，以换取减免罪行。莱诺克斯再次要求副总统停止核打击，但副总统表示，一定要让世界看到美国敢于还击的决心，莱诺克斯惊愕万分。正在所有军事力量集结完毕，只等下令的时候，副总统接到了电话，是刚刚苏醒的韦恩打来的，他命令立刻停止一切军事行动。丹尼尔斯不得不遵守命令，但他决心向最高检察官申诉，要求暂时解除韦恩的职务，因为他神智尚不清楚。

丹尼尔斯召集了内阁部长会议，打算援用宪法第25条来暂时中止总统行使职责。韦恩走进会议室，详细地介绍了自己的身体情况，告诉大家自己和副总统的分歧在于是否使用核武器攻击他国。凯伦和桑德拉劝韦恩暂时架空副总统，但韦恩说这样一来副总统的支持者会感到唇亡齿寒，在危急时刻重要的是团结，而不是清算。内阁投票，支持韦恩继续行使总统职权的和反对者各占一半，韦恩留任。这时丹尼尔斯却突然宣布凯伦的投票不能作数，因为她事先已经交了辞职信。最高检察官回答说这将是法律问题，需要提请最高法庭决定。会后，丹尼尔斯愤怒地指责莱诺克斯，说他没有站在自己一边。但莱诺克斯说自己始终站在美国的利益一边。副总统的秘书丽莎建议她可以向最高法庭撒谎说凯伦早就提交了辞职申请，只是因为自己的疏忽才没有向副总统汇报。然而这样一来丽莎就会有大麻烦。丹尼尔斯深情地握着丽莎的手。莱诺克斯给丹尼尔斯看了自己偷偷放在房间里的窃听器，要求丹尼尔斯立刻撤回上诉申请，否则将公布录音带，让副总统串通作伪证的证据公布天下，而这是严重违反法律的行为。韦恩留下来继续当总统，而这时候他突然接到一个电话，说韦恩要求立刻进行核攻击，他和凯伦惊呆了。

导弹进入发射准备，莱诺克斯绝望地恳求韦恩立刻停止袭击，他特别强调大使称法耶德的行为完全是本人行为，不受国家支持。大使紧急联络韦恩，称他们手中掌握了最新的“尚未公开的信息”。该国的一位哈比波将军已经被查出和法耶德的恐怖袭击有关，他本人已被逮捕。韦恩严厉斥责大使之前一直欺骗他们，并立即取消了袭击计划。这时莱诺克斯才得知所谓的核袭击根本是虚张声势，韦恩只是打算通过这种方法来给该国施压。莱诺克斯非常佩服。在两国联手下，哈比波被迫给法耶德打了一个电话，声称他派了一支队伍去营救他。这时，伪装成哈比波手下的CTU小组已经把法耶德救了出来。韦恩问莱诺克斯为什么丹尼尔斯撤回了上诉，莱诺克斯说自己有义务保护总统，因此可能会做一些不那么光明正大的事情，说完就走了出去。韦恩的手控制不住地颤抖起来，他发现自己的健康急剧恶化。法耶德从哈比波打给他的电话中听出了矛盾，寻准时机脱身。杰克跟踪而去，在现场找到了核弹，并且处死了法耶德。正当每个人都以为一切都结束了的时候，杰克接到了一个电话，令他大惊失色：电话的另一端是人人都以为车祸身亡的奥德莉，而她似乎正处于危险，口口呼唤杰克救她。

陈告诉杰克，奥德莉现在他的手上，要求杰克拿下缴获核弹上的一个电路板交换陈。有了这个电路板，俄罗斯所有军事密码将不再是秘密。但美俄两国早有协议，不能将相关军事秘密向第三国泄露，一旦电路板被交到陈手上，俄罗斯很有可能认为这是美国对俄罗斯的宣战行为。杰克打电话给韦恩总统求助，称自己一定会平安带回电路板，要他相信自己。在杰克再三保证下，韦恩同意了杰克的自杀式攻击计划，要CTU全力配合杰克行动。韦恩总统叫来丹尼尔斯，把莱诺克斯录下的录音给他看，要求他立刻辞职。丹尼尔斯无可奈何，写了辞职信。正当韦恩总统召开记者招待会的时候，他突然口齿不清，一下子栽倒在地上。医生诊断说他一段时间内无法行使权力。丹尼尔斯把辞职信撕了。丹尼尔斯掌权后，第一个举动就是收回给杰克的授权。布坎南要道尔设法骗杰克回到CTU，道尔答应了。但杰克意识到情况有变，把道尔绑了起来，自己一个人去见陈。道尔在后面大声呼唤：“你不能违抗白宫的命令。”杰克置之不理。

杰克从道尔手里逃脱了，CTU上下开始追捕他。白宫新闻发言人公布了韦恩情况十分不妙的消息，副总统丹尼尔斯将在次日上午9点宣誓就任总统。尽管凯伦强烈反对，但丹尼尔斯仍然命令CTU全力以赴捉拿杰克。CTU里面，莫里斯和克洛伊又在拌嘴。生气的克洛伊脱口而出“给恐怖分子安装核弹的人有什么资格说我”，看到莫里斯受伤的表情，克洛伊后悔不迭，连忙道歉。然而已经晚了，深深被刺痛的莫里斯走到布坎南办公室要求调出CTU。布坎南曾经释放被捕的法耶德的消息走漏，凯伦面临两难处境：要么勒令身为CTU主管的丈夫辞职，要么索性自己承担罪责，作为白宫的替罪羊。凯伦向莱诺克斯寻求建议，莱诺克斯尽露政客本色，不假思索地立刻表示布坎南是食物链的最低端，放弃他最为容易。凯伦最终选择了解雇布坎南，伤心不解的布坎南离开办公室前，任命娜迪娅暂时代行主管职责。杰克见到了被绑起来的奥德莉，但她已经有点神志不清。杰克把电路板交给了陈，目送奥德莉蹒跚步到安全位置，这时枪声大作，道尔率一群特工冲入接头地点。虽然杰克已经准备好行使自杀爆炸计划，但陈仍然逃脱了。

娜迪娅深感责任重大，紧张不安，拒绝了莫里斯要求立刻转移到其他部门工作的要求。道尔向娜迪娅承认正是因为CTU过分的干预，才使杰克的计划流产，电路板失踪。丹尼尔斯对凯伦表示非常感激她和她丈夫为美国政府作出的贡献。与此同时，俄国总统要求与丹尼尔斯对话，指责美国故意把载有俄国重大军事情报的电路板让给中国，作为对策，俄国将不得不在敏感地区增派部队，而美国势必不会坐视不理，也将向相关地区派去后备部队，两国地区性冲突一触即发。丹尼尔斯的助理丽莎溜到了情人马克的公寓里，聊天中，她告诉马克丹尼尔斯立刻就要接任总统。两人热烈作爱。丽莎起身去沐浴，马克拿起她的PDA，把所有信息下载到自己的磁盘里。他打电话给自己的俄国客户，称一切进展顺利，丽莎并没有怀疑他。莱诺克斯非常怀疑俄国总统如何知道电路板失窃这一高度机密信息，在白宫内部发起调查，很快就发现了丽莎的秘密。克洛伊向莫里斯道歉，但莫里斯拒绝接受，说两人已经掰了。伤心不已的克洛伊呜咽着回到了自己的座位上。杰克和奥德莉被带回CTU。杰克坚持要和奥德莉谈谈，娜迪娅不允，杰克强行把奥德莉带到了CTU出口，震动中的奥德莉说出了一个地名：布卢姆菲尔德。目睹这一切的道尔批评娜迪娅不够了解杰克，不够相信他的能力。奥德莉的父亲海勒部长来到CTU，告诉杰克，为了奥德莉好，请他不要再靠近她，因为“你已被诅咒，凡你在乎和发誓保护的一切都将毁灭。”杰克面如死灰。

杰克要求自己带队去布卢姆菲尔德，称陈是他在狱中时的刑问负责人，他熟悉陈的做事模式。“我向帕默总统发誓我一定会摧毁电路板，请给我个遵守诺言的机会。”但因为杰克还在被捕中，娜迪娅考虑再三，还是拒绝了他的请求。道尔却故意放走了杰克。陈组织了一队黑帮，要他们确保15分钟之内袭击“目标”。CTU休息室里，杰克的侄子乔什在看电视，非常惊讶，自己的父亲竟然卷入了一起杀害上万人的恐怖袭击中。他说但愿自己从来没有生在这个“病态”的家庭里。玛丽琳说他和他的父亲一点都不像，关掉电视催他去睡觉。莱诺克斯想出一计，要丽莎回去找马克，给马克时间让他下载丽莎PDA里的资料，与此同时特工已经把伪装好的资料上传到了丽莎的PDA里。莱诺克斯想用此计骗俄国总统上当，让他以为电路板已被摧毁，好为美国争取时间。丽莎听说自己的情人竟然是国家叛徒，百般不情愿，但无可奈何，只好听令行事。道尔率领的小队冲进布卢姆菲尔德，然而又被陈提前溜走。丽莎进去寓所，和马克接吻时忍不住颤抖。马克察觉了，问她出了什么事。丽莎说自己因为今天发生的事情非常紧张。马克信以为真，笑着把她拖到了床上。而外面车上三名特工都在听着发生的事。黑帮进入CTU，切断了和外界的联系线路。娜迪娅立刻发出一级警报，说CTU遭到袭击，然而为时已晚，黑帮持枪冲入了CTU的办公区域。玛丽琳听到了混乱声。两名持枪男子闯进来劫持了她和乔什。

乔什被拖到恐怖分子头头面前。突然出现的道尔率领他的小组救了CTU一干人质。CTU不解为什么陈会想要绑架乔什，杰克自告奋勇去解开这个谜底。但娜迪娅提醒杰克他尚在被捕中，杰克说自己是对付陈的最佳人选，因为他非常了解陈。娜迪娅同意了杰克的要求，但要他一切听从道尔的吩咐。米洛为娜迪娅献身了，娜迪娅痛苦不堪。克洛伊安慰她说她表现得相当勇敢。陈把电话递给乔什，另一端是菲利普，他希望乔什和自己一起去中国。乔什反驳说就在几小时之前他还曾经想杀了自己。乔什恳求陈不要把自己交给菲利普。陈却说“你应该为自己祖父的远大眼光感到骄傲，这个机会非常难得。”他们的车开出匿藏地点，CTU的人也赶到了。陈把乔什用作人质，杰克救了乔什，但陈又一次溜走了。丽莎的情人感到非常不妙，问她为什么突然对自己如此冷漠。丽莎再也无法承受压力，拿起一个瓶子砸向马克，哭喊着说“都是因为你，我将因叛国罪入狱。”菲利普听说乔什又一次落入CTU手里，非常恼怒，说没有乔什，自己绝不会把修复的电路板交给他。CTU总部的人到达了CTU办公室，要求立刻接管CTU的一切工作。已经被负疚感压倒的娜迪娅同意了。目睹这一切的莫里斯上来提醒娜迪娅，如果米洛知道自己的死只让娜迪娅屈服于一群杂种的指手划脚，他是不会觉得自己的牺牲有什么意义的。

道尔带走了乔什。困惑的乔什问自己为什么不能随杰克回CTU，道尔给他手腕注射了用于跟踪的化学物质，说他必须回到祖父那里，以阻止一场战争，并许诺说自己一定会保护他平安无恙。杰克联络了克洛伊，想救出乔什。但克洛伊回答说菲利普已和丹尼尔斯达成交易，要用电路板来交换乔什。懊悔不已的丹尼尔斯恳求俄国总统暂缓军事袭击，说自己已经和拥有电路板的人达成了协议。对丹尼尔斯的领导失望不已的凯伦退出椭圆办公室，她的手机响了起来，是杰克。杰克告诉她，菲利普决不会交出电路板，因为他指望以此来和中国人进行日后交易。虽然凯伦很同意他的意见，但丹尼尔斯现在已经走投无路。凯伦请求莱诺克斯要他制止丹尼尔斯。但莱诺克斯因为之前的建议失败已经失去了总统的信任，现在他非常小心。凯伦又去求布坎南帮助。道尔的电话响了，菲利普要CTU立刻关掉追踪卫星，他已经侵入了CTU的系统，可以监视他们的一举一动。玛丽琳多次要求见自己的儿子都没人同意，歇斯底里起来。克洛伊通知娜迪娅，杰克已经由布坎南救了出去，两人显然是要去阻止道尔把乔什交给菲利普。

乔什和菲利普见了面，他非常生气，但菲利普安抚他说一切都是为了他着想。菲利普听说陈将在半个小时之后用潜艇带走他们，感到惊恐万分。克洛伊在CTU昏了过去，莫里斯连忙把她送到诊所。医生诊断说她因为过分疲倦高度脱水。莫里斯要追问更多信息，医生说他已经不再是克洛伊的丈夫，无权知道更多。莱诺克斯告诉副总统，菲利普就在油架平台上。国防部长建议进行空中袭击，毁掉整个油架，这样电路板也将一起毁掉。但这样一来乔什也必死无疑。丹尼尔斯称战争一定会有伤亡，为了避免和俄国全面开战，牺牲一个普通男孩是可以接受的代价。娜迪娅立刻通知杰克白宫决定半小时之内空袭，要他和布坎南立刻回CTU。杰克挂上电话，告诉布坎南自己要去救出乔什，因为牺牲一个无辜的孩子他良心会不安。布坎南和他的意见一样，而且自告奋勇帮杰克驾驶飞机。杰克非常感动。娜迪娅要求他们立刻返回，但布坎南镇定地在电话中对她说“我们在做应做的事情。”娜迪娅呆了片刻，默许了。杰克救出了乔什。战争危机化解了。莱诺克斯把录音带还给了副总统，交换他同意布坎南和凯伦继续回去工作。这时，杰克却无影无踪了。

在Abu Fayed发动恐怖袭击的四年后，CTU被政府解散了。Jack Bauer在参议员Mayer所主审的参议听证会上被称使用了酷刑等非法手段来防止恐怖袭击。FBI在首席安全工程师Michele Latham被绑架后知道他们要入侵国家基础设施计算机。因为Jack曾与本次行动的策划者之一的Tony Almeida共事过，被传唤并要求他参与帮助这次的调查。而Latham被迫要给恐怖分子修理CIP装置。Jack和Renee审问一个和Tony有关的中间商时，那人被狙击手杀害了。

为了表明修补好的CIP装置可以进入国家电脑系统，Tony对航空中心实行了控制。总统Taylor和首相Matobo对派兵援助Sangala而进行磋商，第一先生Henry寻找与他儿子死因有关的线索。其间，一个FBI中的内奸帮助那名狙击狙击手逃脱了追捕。Jack和Walker探员跟踪着那个狙击手到快艇上，在那里逮捕了Tony。然而，CIP装置在此前被转到了Emerson一帮人的手中。

当Tony被FBI审问时，他暗中给Jack一个联系Bill Buchanan的电话。Bill Buchanan后证明Tony是卧底。他们和Chloe一起试图阻止一场涉及CIP装置在内的政府阴谋。Henry和他儿子的前女友Samatha见面。Colonel Dubaku拿到了CIP装置，威胁美国政府从Sangala撤军。为了让Tony继续做卧底,Jack在Chloe和Bill帮助下解除了Renee的武装，让Tony从FBI的手中逃跑。

Tony回到Emerson的基地继续做卧底，并把Jack介绍给他。Dubaku要求Emerson绑架首相Matobo和他的妻子。Henry从Samantha那知道他儿子是被杀害的，因为他要揭露一个阴谋。Renee不顾对她事业的不良后果对狙击手进行了非法拷问。狙击手说出了Emerson的下一个计划，绑架Matobo。正当Renee和FBI取得联系告诉Matobo有危险时，Jack、Tony和Emerson突然袭击了Sangalan的大使馆，迫使Matobo夫妇躲进了安全屋。

Jack用毒烟迫使Matobo夫妇打开安全屋的大门。Renee在大使馆查看情况，但被Emerson抓住。Emerson要求Jack杀死Renee，不过Jack只擦伤了Renee头颈并让Renee看上去死了。然而Emerson要求他和Tony把Renee埋了。探员Larry Moss和Janis Gold被迫参与Renee折磨狙击手的司法调查。Henry发现他的特工队保镖Gedge参与了那场阴谋。Gedge用药使Henry麻痹，和Vossler准备在Henry和Samantha揭露阴谋前杀死他们。

Emerson怀疑Jack加入的动机，用枪指着他，迫使Tony向Emerson开枪。Jack和Tony向Matobo夫妇说明情况并成功说服他们有关于要把他们交到Dubaku手中以便追踪Dubaku的计划。Bill和Chloe救出Renee使她加入了这场行动。Dubaku的手下Nichols用钻石和Tony交换Matobo夫妇。随后Nichols下令杀死Tony，不过埋伏好的Jack杀死了Nichols的手下，要求他履行交易。就这样Nichols把Matobo夫妇带走。Colonel Dubaku在白宫附近制造了两架飞机相撞的惨剧，共杀死了271人。不过，Taylor总统还是拒绝从Sangala撤军。在Vossler的帮助下，Gedge引诱Samantha进入了她的公寓并在Henry面前杀死了她。Gedge试图杀死Henry并伪造成畏罪自杀，结果在Henry恢复行动能力后被Henry杀死了。

Jack、Tony、Bill、Chloe和Renee通过追踪Matobo夫妇找到了Dubaku的藏身处。Dubaku准备用CIP装置远程遥控化工厂的设备，散布有毒物质。Jack一伙营救出了Matobo夫妇，杀死了Dubaku的手下并在Dubaku散布有毒物质前破坏了CIP装置。修复CIP的Michael Latham在此过程中被杀害了。Dubaku成功地逃出并要求Vossler绑架Henry。Vossler进入Samantha的公寓。Jack和他的同伴们现在被暴露了。他们决定与那些没有受贿的政府人员合作。当Jack小队准备和Taylor总统会面时，Tony则留在Bill的家中着手另一个线索。因为他害怕他将因曾在Emerson的组织中参加过一些非法活动而遭逮捕。

Jack和他的小队来到白宫。在哪里他们得到了Taylor总统的支持。Dubaku威胁要是Taylor不撤军就杀了Henry。Jack和Renee在Larry的合作下，找到了Vossler和他的家人。Jack拷问Vossler，让Renee威胁他的家人。Jack知道了Dubaku的所在，在Vossler的攻击下被迫杀死了他。Dubaku从藏匿处出来，去见他的女友Marika。Jack和Renee进入了Dubaku的藏匿处杀死了Dubaku的手下。不过Henry在此过程被击中腹部。

Henry被送去做手术。Jack和Renee追踪银行转账查到了Marika。Dubaku说服Marika和他一起离开美国，为她办出国手续。Jack和Renee在Marika的公寓找到了她，告诉她Dubaku曾犯下的暴行，使Marika十分震惊。Marika同意了在她身上装追踪器。Dubaku从他的美国同谋那里取得了护照，并警告他们如果自己死了的话要把他们的名字向司法部公布。在FBI，Chloe和Larry帮助下Jack和Renee追踪Dubaku。探员Sean Hillinger原来是Dubaku的同谋，发布了Jack和Renee的逮捕令成功地拖住了他们的脚步。根据Taylor总统的要求，Bill派Aaron Pierce把总统的女儿Olivia带来。

Marika和Dubaku在小巷里吵了一架后，他们上了去机场的路。Larry撤销了逮捕令，让Jack和Renee继续追踪Dubaku。Marika制造了车祸，阻止了Dubaku的逃跑。Marika死在了车祸中。Jack从Dubaku的身上发现了装有同谋者名单的磁片。Larry和Chloe开始扫描磁片，但Sean和他的同谋Erika擦出了服务器上的数据。Sean杀死了Erika并弄伤了自己以掩盖真相。然而，Chloe通过镜像服务器恢复了数据。Sean被逮捕。当Taylor总统从医院回来时，Bill请求她考虑撤销Jack的听证会。一直与总统不和的Olivia和总统相聚了一会儿。Tony告诉Jack，Dubaku的上司，将军Juma即将亲自发动攻击，而且Mayer的手下里有人参与了此次行动。总统传召Mayer到白宫商议有关Jack的事情。而Mayer的参谋长Ryan Burnett被通知Juma将按时行动。

当总统和Mayer见面讨论取消对Jack的控诉时，Jack进入白宫试图从Burnett口中套出Juma即将开始的计划。Chloe从Dubaku的名单中删除了Burnett，以便让Jack有时间拷问他。但Janis发现Chloe删除了内容，Chloe被逮捕，特工组打断了Jack的审问。Jack被逮捕，Burnett拒绝了总统以豁免权交换Juma下一个目标的条件。其间，Dubaku在医院被暗杀了。Renee跟踪杀手到了一处位于Potomac河边的仓库。在那儿Juma的袭击部队准备乘船到他们的袭击目标。Renee偷偷上船时不小心把手机弄坏了。她发现Juma计划是从Potomac河中的下水管道入侵白宫。不过，她被Juma部队中的一个人发现了。在逃跑过程中试图及时预警白宫。

正当Juma开始袭击时，Renee被Larry所救并告诉了他有关Juma的计划。Jack被释放并帮助护送总统到安全屋。Bill发现Juma通过总统的手镯发信器确定总统的位置。他拿走了发信器引Juma到远离总统的地方，以便让Jack有足够的时间护送她到安全屋。Bill和白宫其他人员都被抓了。Jack和总统躲进了安全屋。特工队包围了Juma的部队。Juma恐吓说已经抓到了总统，迫使联邦特工撤退。副总统因害怕因为自己的命令让总统丧命而影响前途拒绝授权营救计划。Juma找到了Olivia并威胁要残害她迫使总统和Jack离开了安全屋。

Jack告诉Bill他在安全屋里释放了足够引发一场爆炸的天然气。当总统被迫宣读有关对“侵占”Sangala致歉的文稿时，Bill告诉Jack他看见Juma给一个同谋打电话。随Bill就抢来武器并制造了爆炸。他和几个Juma的手下丧生。在混乱中，Larry不顾副总统发布的命令下令进攻。Jack和Aaron拿起武器杀死了Juma和他的手下。总统与Olivia和解并任命Olivia担任她的顾问。Jack说出还有其他的同谋，要求审问Burnett。Larry拒绝了并让特工Powell逮捕Jack。但Renee说服了总统的参谋长Ethan Kanin，下令Larry的撤销行动。Larry因为Renee不听他的命令把Renee停职。Larry陪Jack到医院。当Jack开始审问时，一个被Juma同谋者Hodges派来的杀手迅速破坏了医院的监视系统，使用毒烟使得Jack和Burnett麻痹。之后切开了Burnett的喉咙，伪造成是Jack杀害的。Jack偷走了监控录像，在FBI的追赶下逃离了医院。

Jack把杀害Burnett的凶手的照片发给Renee，她查出那人叫John Quinn，他为Starkwood公司工作。而Starkwood公司正在接受议员Mayer的调查。Jack来到Mayer的家，他们发现Starkwood公司帮助Juma袭击了白宫是为了获得Sangala的一个无人监管区域，在那里开发一种生物武器。Larry发现Renee和Jack的联络，下令逮捕她。Morris O'Brian解密了Renne发给Jack的消息来换取Chloe的自由。其间，Quinn来到了Mayer的家，杀死了他。他追着Jack来到一个工厂。Jack杀死了Quinn并从他的手机消息中知道了生化武器已经运到了一个附近的港口。FBI来到了Mayer的家，发现他已经死了。Larry认为是Jack杀的。

在港口，Jack和Tony审问一个港口警卫，知道了有一伙人来收集生化武器。Jack和Tony跟着他们来到了一个集装箱。在警卫将被他们杀害时Jack冒着被暴露的危险杀死了其中一员并和他们展开枪战。Jack抢来了装运生化武器的卡车，但Tony被抓。Larry发现有第三人来到Mayer房子的证据。Renee把Jack调查Starkwood的事情告诉了Larry。在白宫，Ethan因Olivia的威胁和为了承担Jack“杀害”了Mayer的责任而辞职。Henry结束了手术。Olivia把Ethan辞职的消息泄露给了媒体。Jack叫Larry派一个小队营救Tony并让他在Starkwood公司的人赶上自己前取回武器。Jack在运送的路上不得不停下修复毒气的泄露。这给了那伙人足够的时间追上了Jack并抢回毒气。Jack告诉Larry，Starkwood重新拿到了毒气而且自己可能被感染了。

Jack因可能的感染而被隔离。Taylor暂时任命Olivia为参谋长并要把Starkwood的情况告诉了她。Taylor下达攻击Starkwood的决定，尽可能使伤亡降到最低。Jack的血液检测出他已经被感染了。他被安排在一间病房并向深感同情的Renee做简报。在Starkwood的Hodges获得了毒气并尝试从Tony口中了解政府到底对毒气的情况知道多少。Hodges的参谋Seaton，杀死了看管Tony的人。想要通过告知毒气的所在换取豁免权。与此同时，FBI的战略部队和海豹突击队在Larry的带领下来到了Starkwood。但在Seaton提供的地点里并没有武器。原来Seaton为了让Hodges有时间准备毒气而欺骗了Tony。Starkwood的军队开车包围了FBI和海豹突击队并威胁说如果反抗就会攻击。

在从Starkwood撤离前，Larry殴打Seaton而成果转移了他们的注意力，让Tony在他们撤离时可以偷偷溜走并呆在Starkwood。Jack出现了相关症状并必须决定是否用他女儿Kim的干细胞来治疗他。Olivia威胁一名记者，让他不要把情况告诉公众。Tony在Starkwood线人Doug Knowles的帮助下知道了毒气的所在。此人曾经帮助议员Mayer参与Starkwood的调查活动。这促使总统Taylor下达派三架F-18战机空袭Starkwood。Knowles随后被抓到并带去Hodges那里。Hodges把他杀死了。Hodges知道了空袭并威胁要用导弹发射病原体要总统下令撤退。

总统和Hodges和Seaton会面，他们声称如果不加强Starkwood的军事力量就发射病原体。Tony秘密执行了一项总统Taylor不置可否的命令，他摧毁了装有病原体和导弹的建筑。这促使总统逮捕了Hodges和Seaton。Kim和Jack相聚。Larry和他的队伍看管了Starkwood，不过一个叫Galvez的工作人员带着一个毒气罐逃走了。在接下来的追逐和交火中，Larry被Starkwood的员工击伤。Tony背叛了Larry并杀了他。后Tony检查了毒气罐并命令Galvez把它带到安全的地方。

Galvez藏在FBI的周围。Tony弄伤了自己来掩盖自己的涉案。Renee和Jack被告知Larry的死讯后加入搜寻Galvez的队伍。Tony打算把FBI队伍引到一所空置的建筑并引爆炸弹，让Galvez有机会逃跑。其间，一个神秘人物Cara Bowden假扮成Hodges的律师，告诫Hodges生化武器不应是他个人使用的。并威胁他的家人让他保护他同谋的身份。Galvz伪装成FBI探员，引诱队伍进入大楼。Jack根据追踪设备发现Galvez伪装成探员离开了大楼。Jack警告了Renee，但在部队离开大楼前炸弹爆炸了。Walker没有受伤，而Jack发现Tony在有关提供袭击白宫的线人的问题上欺骗了自己。在所有证据都指向Tony的情况下，Jack与Tony对质，但他疾病发作，让Tony逃跑了。Hodges吃下了Cara给他的毒药。他被紧急送往医院。Galvez抢了一辆救护车和Tony逃走了。

Jack告诉Renee，Tony和Galvez一起害死了Larry。Tony与Galvez做交易，不过Galvez拒绝把毒气罐给Tony，用枪指着Tony，要求告诉他买家的名字，但Tony成功地扭转形势，杀死了Galvez。Tony和Cara见了面。他们和主谋们进行视频通话。匿名的主谋们本打算6个月后使用生化武器，那样整个国家将会变得混乱，他们可以趁机夺得政府的控制权。Hodges不合时宜的行动却让计划可以马上实施。于是他们决定利用最后一个毒气罐在美国发动另一场袭击并嫁祸给一个穆斯林组织。Hodges在医院被救活。他和政府达成了协议，让他参加了证人保护计划，Olivia对此极力反对。最为回报，Hodges告诉Jack一些有关冒充者和背后组织的信息。Taylor总统授权重新启用被封存CTU服务器的计划。Jack请求Chloe操作该系统。其间，Tony、Cara一伙人绑架了一个做替罪羊的穆斯林。而Jack开始出现痴呆的症状。

Tony安排的替罪羊Jibraan为了他的弟弟被强迫帮助Tony进行恐怖袭击并要为此背黑锅。其间，当Chloe知道Jack的病况后对情绪激动。Chloe用CTU服务器帮助FBI成功地通过一笔流动资金查到了Jibraan。但她无法查到Jibraan的合法住址，只知道他担保人清真寺的地址。Jack和Renee来到那儿审问清真寺的阿訇，Muhtadi Gohar。但他拒绝告诉他们Jibraan的住址。Jack把他扣为人质。Olivia联系杀手杀害Hodges，后来良心发现取消行动和汇款。在医院，一个警卫把Hodges带去参加证人保护计划，护送他进了汽车。但随后汽车爆炸，Hodges死在了爆炸中。一个当地警察认出了Jibraan把他的地址告诉给了Jack和Renee。Chloe进一步发现Jibraan是被设计的。Jack对自己的鲁莽表示后悔，赢得了Gohar的敬重。Jack带领小队突袭了Jibraan的家并解救了Hamid，但是Tony和他的队伍已经带走了Jibraan。在突袭中Hamid刺伤了Tony的手下。此时，Tony已经开始实施计划的最后一步，袭击华盛顿地下铁。

Jack和Renne加快了追寻Jibraan的脚步。而Jibraan正帮助Tony对华盛顿地下铁发动恐怖袭击。由于Chloe和Janis的出色表现，Jack和Renee知道了Tony的位置。撞击了Tony的货车并抓到了他。尽管Chloe和Janis不和，但还是恢复了Tony破坏的数据，使Jack联系到了Jibraan。Jibraan帮助他们找到了毒气罐。Jack在毒气罐释放毒气前成功地把它隔离了。随后让Jibraan和他的弟弟相聚。Olivia和她的联系人见面，原来是她的联系人要求杀死杀手杀死Hodges的。Olivia想要隐瞒她的行踪，而Pierce打电话给Ethan Kanin要他帮助自己拿取Olivia办公室里的录音带。他打算用它揭露Olivia。Tony的同伙Cara Bowden打电话给Jack威胁说她有两个手下在机场盯上了Kim，如果Jack不帮Tony逃跑，Kim就会被杀。

Jack没有办法，只好帮助Tony逃跑。Jack向Renee说出了他的苦衷。他和Tony一起逃了出来，但随后他却被Tony抓了，因他被生化武器感染了，体内的病原体可以制造生化武器。在机场，Kim在拿登记卡时，接到了Renee打来的电话警告她有危险并开始怀疑一对她刚认识的夫妇。前幕僚Ethan Kanin拿到有关Olivia参与杀害Hodges的录音带。Olivia试图从Ethan手中抢走并销毁它，但Ethan放了一个假的在身上并把真的给了Pierce，让Olivia拿到空带子。机场里，FBI就快要逮捕Tony雇佣的手下时，其中一个男的逃脱了。Kim跟踪了他，用无线电报告了他的位置。她单枪匹马地拿到了用来监视她的手提电脑。Chloe和Renee用它确定了Bowden的位置。Cara为Tony和一个主谋Alan Wilson商量让Tony获得更高的职位。Wilson为了监管Jack的转移决定和Tony见面。Jack成功地从想要从他身上提取病原体的医生那儿逃了出来。

为了找到Jack，Chloe试图从Kim从机场拿到的手提电脑中找到Tony的位置。其间，Jack逃到一个车库试图开车逃跑，但Tony赶到后他企图自杀。最后Jack又被Tony抓住。在白宫，在Pierce的协助下，Ethan和Olivia见面。Ethan告诉Olivia她没有销毁录音带。Ethan要Olivia亲自把真相告诉她的母亲。Alan Wilson是整个事件的主谋并曾下令杀死Michelle等人。而Tony告诉Jack他一直想要给他的妻子报仇。当Wilson和Tony、Cara见面时，FBI及时出现。Cara和Wilson逃走了，Tony找到了他们并杀死了Cara。他在杀Wilson时说出了他杀死Wilson的另一个原因--Wilson杀死了Michelle连同他未出生的孩子。就在Tony对Wilson开枪时，Jack和Renee及时出现并阻止了他。Wilson被逮捕，但他否认对他的指控，使得Renee冒着离职的可能对他采取极端的措施以防止他脱罪。在白宫，Olivia告诉了她父母她参与杀害了Hodges。作为美国总统，Taylor决定她不能为女儿的罪行做掩护，这使她丈夫非常沮丧。Jack在向Gohar做祷告后，病情急剧恶化。Kim认为她不能让她父亲死，她自愿冒着生命危险捐出干细胞来拯救他父亲的生命。