Veel wetenschappers over de hele wereld plegen zelfmoord. Wang Miao, een toegepast natuurkundige, wordt gevraagd om een undercover job te doen in een organisatie genaamd The Frontier of Science.

Wang woont een conferentie bij die wordt gehouden door The Frontier of Science. Later ontdekt hij een reeks mysterieuze getallen op zijn foto's.

Wang vindt een countdown midden in zijn gezichtsveld. Hij gaat naar Shen voor antwoorden.

Wang sluit zijn experiment af en het aftellen verdwijnt. Hij bezoekt Ye Wenjie om een plek te vinden waar hij de flikkering van het universum kan observeren.

Wang ziet het universum voor hem flikkeren. Met de aanmoediging van Shi en zijn familie besluit hij te vechten tegen degene die erachter zit.

Sha presenteert de theorie die aantoont dat de flikkering vervalst zou kunnen zijn. Wang en Shi doorzoeken Ye's dossiers en leren over haar tragische verleden.

Wang besluit de undercoverklus aan te nemen. Hij krijgt een spel voorgeschoteld dat beweert de wereld van een zeer geavanceerde buitenaardse beschaving te laten zien.

De beschaving wordt in het spel met de grond gelijk gemaakt, waardoor Wang overweldigd raakt door hoe echt het aanvoelt. Niemand kan informatie vinden over de ontwikkelaar van het spel. De generaal besluit om topwetenschappers ter bescherming in militaire hechtenis te nemen.

Hu Xiaoxi, die Pan's boodschapper was, geeft zichzelf aan. Wang en Shi gaan naar het huis van Shen op zoek naar de waarheid.

Shi suggereert dat de doodsoorzaak van Yang plaatsvond in de laatste drie dagen van haar leven. Wang gaat naar Ye om meer te weten te komen over haar geschiedenis.

Ye werd beschuldigd van het lezen van een verboden boek en het schrijven van een brief met anti-revolutionaire ideeën. Ze kreeg een uitweg, maar op één voorwaarde: haar vader beschuldigen als antirevolutionair, zelfs na zijn dood.

Wang komt het spel weer binnen en is getuige van een model dat een mogelijke structuur van het universum laat zien. De beschaving wordt deze keer vernietigd terwijl de zon snel dichterbij komt.

Wang gaat naar Ye om meer te weten te komen over Red Coast. Ye vertelt hem over haar ervaring toen ze werd geselecteerd als lid van de basis.

Yang doet zijn best om Ye weg te houden van de kern van Red Coast. Lei schakelt Ye persoonlijk in om onbekende redenen.

Wang krijgt inzicht door met Dou te spelen. Als "Copernicus" presenteert hij een radicale theorie, die gevaar loopt maar het begrip bevordert.

Shi en Xu ontdekken de geheime berekeningen van Shens echtgenoot. In het drielichamen-spel veroorzaken drievoudige zonnen chaos, wat leidt tot de vernietiging van de beschaving. Mu leert waarheden van Pan en besluit wie te vertrouwen.

Shi en Wang krijgen te maken met een moordonderzoek tijdens hun treinreis naar Hailar en realiseren zich dat Shen het doelwit is van een andere geduchte kracht. Ye adviseert Shen over haar veiligheid terwijl ze haar verleden met Wang deelt.

Ye wordt overgeplaatst naar een geheime afdeling en komt met hulp van Yang achter de waarheid over Red Coast. Ondanks de teleurstelling blijft ze, gedreven door de jacht op buitenaards leven, afscheid nemen van Wang.

Wang en Shi hergroeperen, delen hun bevindingen en keren terug naar Beijing. Xu zet Shens onderzoek voort. Ye confronteert ETO-leider Evans, waarbij ideologische tegenstellingen aan het licht komen. Wei zoekt troost in wiskunde te midden van bedreigingen.

Shen ontdekt Wei's Drie-Lichamen berekeningen in een tempel, wat leidt tot hun relatie. Ondanks bedreigingen zoeken ze hun toevlucht bij Wang, die in het bezit komt van een cruciale USB die hun onderzoek bevat.

De politie vindt dat de dood van Shen zelfmoord was en spreekt Pan vrij. Wang woont een bijeenkomst van het drielichamen-spel bij waar Pan het buitenaardse bestaan onthult. Ondertussen begint de wereldwijde voorbereiding tegen de buitenaardse wezens als wantrouwen zich verspreidt.

Ye rouwt om Shen en vermoedt Pan's betrokkenheid bij ETO. Wang en Shi observeren de interne verdeeldheid van ETO. Het Operations Center lokaliseert de gameserver, terwijl Pan hem rustig afsluit. Wang hoort over het vertrek van Three-Body.

Wang ontvangt een uitnodiging voor de ETO-bijeenkomst. Aanwijzingen onthullen dat Chen een ETO-lid is. Wang bereidt zich voor op de bijeenkomst, wetende dat Ye erbij betrokken is.

Ye stelt voor om de zon te gebruiken om signalen de ruimte in te sturen, maar stuit op tegenstand. Ondanks de risico's voert ze het experiment in het geheim uit. Jaren later ontvangt ze drie onheilspellende berichten uit de ruimte.

Ye leert over Trisolaris en beslist over het lot van de mensheid. Ze onthult het belang van Wangs onderzoek. Shi onderneemt actie tegen Chen en wendt zo een ramp af.

Ye hoort van haar zwangerschap vlak voor Lei's poging om de Trisolarische boodschap te monopoliseren.

Ye's ondervraging van voormalige Rode Gardisten levert geen wroeging op. Wang sluit zich aan bij haar team. Ye ontmoet Evans, die gedesillusioneerd in de mensheid "Judgment Day" bouwt en rijkdom erft, maar niet het bedrijf van zijn vader.

Ye onthult dat Trisolarans droons hebben gestuurd om de menselijke wetenschap een halt toe te roepen. Wang verneemt over Yangs zelfmoord.

Shi stelt voor om Wangs vliegende mes te gebruiken om Judgment Day te snijden, met als doel om Trisolariaanse gegevens veilig te stellen.

Shi en Wang zetten het spel voort en ontdekken de Trisolaraanse controlestations die verwant zijn aan de Red Coast Base op aarde en die verwachte berichten uit de ruimte ontvangen.