Sloane es el nuevo agente doble de la CIA y de la Coalición y su agente de contacto es Sydney Bristow. En su primer trabajo juntos, Sloane le da algo de información sobre unos documentos confidenciales de la Coalición. La información resulta ser un archivo con los datos de una persona que ha inventado un sistema que puede saltarse todas las protecciones informáticas rusas y, por lo tanto, garantizar el control de los sistemas de defensa. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige a Milán a recoger su nueva documentación. Syd y Vaughn han de viajar a Italia a detener a este científico.

En Alemania, Sark saluda a su compañera de misión, la cual es ¡Allison!, cosa que sorprende a la audiencia y al propio Sark, que la creía muerta. Ella le cuenta cómo tras la pelea con Sydney, se desmayó y fue rescatada por la Coalición, despertándose seis meses después en un hospital de esta organización.

Lindsey, en una reunión secreta con Lauren, le da una contramisión secreta: ha de viajar a Moscú para seguir un posible rastro sobre la asesina de Lazarey, cuya pista quedó fría tras la destrucción de la foto. Lauren viaja a Rusia para reunirse con un amigo de Lazarey, que le indica a Lauren que la única pista es una grabación de una conversación telefónica realizada poco antes del asesinato de Lazarey.

Sydney está disgustada ante el hecho de que Allison, la asesina de su amiga Francie, sigue viva y no duda al afirmar que la matará si tiene esa oportunidad. Con estas intenciones, Sydney se marcha a una discoteca milanesa donde con la ayuda de un aparato hecho por Marshall, podrán localizar al científico a pesar de su nuevo rostro.

Justo cuando ambos agentes encuentran al científico, Allison hace su aparición y trata de asesinarle, pero Sydney se lo impide y el hombre consigue huir por los pasillos del edificio, perseguido por las dos agentes. Allison se adelanta y cuando Syd llega, lo encuentra muerto. Allison aparece por detrás y golpea a Sydney, dejándola inconsciente y huyendo.

De vuelta en Los Ángeles, Lauren propone una teoría que acaba siendo cierta: Allison le arrancó un diente al científico, cuyo fin es la emisión de una frecuencia que puede abrir alguna caja de seguridad o candado de alta tecnología. Pero la única manera de saber dónde está esa caja es hablar de nuevo con Sloane.

Lauren continúa sus pesquisas y un técnico del NSC le dice que la llamada recuperada de Lazarey tiene la voz de una mujer y que han podido seguir su rastro hasta una oficina en el centro de Londres. Lauren viaja hasta allí para descubrir que la oficina fue alquilada por Julia Thorne, lo cual comunica a Lindsey.

Sydney acuerda con Sloane que se reúna con Sark y Allison llevando un micrófono para así poder saber donde está la famosa caja. Si los planes salen mal, la pareja podría matar a Sloane, lo cual no es mal plan, según Sydney. Sark confirma que viajarán a Sofía a por la caja. Además, Sloane obtiene información extra: según Allison, la Coalición le ordenó específicamente que no mataran a Sydney puesto que aún quieren recuperar algo que está en su memoria.

Sydney le insiste a Jack a proceder a la intervención de su cabeza para poder recuperar esos datos, pero él sigue siendo reacio por los muy probables peligros de la terapia. Mientras, Dixon ordena a Vaughn y a Sydney que viajen a Sofía para adelantarse a la Coalición.

Pero de nuevo van un paso por detrás y cuando llegan ya no hay nada que abrir o recuperar. Además, Allison vuelve a golpear a Sydney y le apunta con una pistola. La agente logra zafarse de su enemiga y tras una dura lucha, donde Allison le confiesa que fue una medicina de Rambaldi la que le salvó la vida, Sydney de nuevo la tirotea. Allison es puesta en una ambulancia aunque minutos después, la ambulancia y la herida desaparecen del control de la CIA.

Sydney abre la puerta 47 y en ella aparece ¡Will Tippin! comiendo cereales St. Aidan. Sin tiempo para nada más, Sydney despierta violentamente: Brezzel ha tenido que sacarla del sueño puesto que su pulso se había parado. El grupo decide poner fin a los experimentos y Sydney comienza a pensar cómo puede ponerse en contacto con Will, aunque este está en el programa de protección de testigos.

Will está ahora en Wisconsin, con el nombre de Jonah, y trabaja en la construcción. Al principio no cree a Sydney, piensa que es un doble, pero esta le demuestra que es su vieja amiga y ambos se abrazan emocionados por el inesperado reencuentro.

La alegría no dura demasiado. Por un lado, Lindsey amenaza a Sloane para asegurarse que mate a Syd mientras que Sark se desplaza hasta el laboratorio de Brezzel, al que tortura para averiguar datos sobre Sydney.

Will y Syd se ponen al día. Will explica cómo huyó del apartamento en llamas la noche en que Sydney desapareció. Además, reconoce el nombre de St. Aidan: es el contacto a través del cual se comunicaba con la CIA. Ambos acuerdan llamarle de nuevo para seguir la investigación. La noche del encuentro, St. Aidan aparece: es Lazarey. Sydney juega la carta de Julia Thorne y Will hace que Lazarey les hable de Graz, un lugar donde, teóricamente, han de recuperar algo. Antes de descubrir de qué se trata, Sark interrumpe la reunión y captura a Lazarey, aunque Syd y Will escapan ilesos.

En diferentes sitios, otras historias se desarrollan: Vaughn y Jack son hechos prisioneros por Lindsey, que no se cree que hayan estado buscando a Sydney por su lado, mientras que Sloane contrata un tirador para matar a un "empleado del gobierno". Sark, por su parte, interroga a Lazarey, que resulta ser su padre, revelando su verdadero nombre: Julian Lazarey. El ruso le da más información a su hijo: hay un objeto muy importante en Graz. Sark y Allison deciden viajar allí y recuperarlo por su cuenta.

Sydney y Will, tras una noche juntos, viajan a Graz y se registran en un hotel que Julia Thorne utilizaba como base de operaciones, cosa que descubren cuando entran en su base de datos. Allí, ven que Julia tenía una caja de seguridad a su nombre, así que ambos amigos tratan de abrirla...sólo para descubrir que Sark se les ha adelantado y les ha robado, por unos segundos, una pequeña cajita que contenía la cámara.

Will y Sydney se separan: ella va tras Sark y él, tras Allison. Ambos les dan caza. Sydney se conforma con una paliza y obtener la caja, pero Will se venga mortalmente de Allison por lo que le hizo a Francie y a él mismo.

Con la caja, por fin se produce el intercambio. Todas las fuerzas están en su posición, incluyendo el tirador contratado por Sloane, que cumple su función; pero no es Sydney su objetivo, sino el propio Lindsey, que cae abatido al primer disparo. Muerto Lindsey, Jack, Vaughn y Dixon (también apresado por el director del NSC) son liberados y sus puestos les son devueltos.

Marshall informa que la caja contiene tejido humano, tejidos del propio Rambaldi de los que se podría extraer fácilmente el ADN del genio italiano.