Kanata, die Drifter wil worden, verkent de ruïnes van het museum met de befaamde Drifter Tokio en ontdekt een Magus zonder herinneringen. Dan vallen de Enders aan en loopt Rock Town gevaar.

Kanata keert terug naar het museum waar hij Noir aantrof om te zoeken naar sporen uit haar verleden. Wanneer Range, een leider in het misdaadsyndicaat van Baccarat Nest, probeert om Noir uit Rock Town weg te lokken, ontmoet ze Ciel, een Magus met een engelachtige stem.

Kanata is nu de meester van Noir en hard op weg om een Drifter te worden. Tokio zegt dat hij een echte man van Kanata zal maken en neemt hem mee naar Desire Nest, de stad der geneugten. Als Ellie, Ange en Noir dit horen, gaan ze naar Desire Nest om Kanata terug te halen.

Om sterker te worden, bestrijdt Kanata Enders zonder hulp van Noir. Hij delft bijna het onderspit, maar dan verschijnt er een Cradle Coffin die de Enders van veraf neerschiet. Zijn redders stellen zich voor als Claudia en haar Magus-partner Flamme. Ze hebben een uniek verzoek voor Kanata.

Kanata ontdekt dat hij de band met zijn Magus-partner moet aanhalen om een sterke Drifter te worden. Dus gaat hij met Noir naar de ruïnes van het doolhof Fes. Ondertussen hoort Tokio over een groep die Amasiaanse Type Zero-Magus en hun Drifters aanvalt.

Op zoek naar AO-kristallen worden Kanata en Tokio door regen overvallen. Tokio stelt voor om in de nabijgelegen gokstad Baccarat Nest te schuilen. Hier vinden ze een eenzame Magus, zingend in de lounge. Het is Ciel, de Magus die Noir ontmoette toen Range haar trachtte te ontvoeren.

Om meer over Noir te weten te komen, vraagt Kanata Maria om onderhoud op haar uit te voeren. Ellie wil voor Kanata gaan zorgen terwijl zijn Magus buiten bedrijf is, maar ontdekt dat zijn huis, dat onder toezicht van Noir een chaos was, keurig aan kant is nu Ciel haar taken heeft overgenomen.

Kanata vraagt Ellie mee naar Satellite Aqua. Ellie vindt het spannend, want ze denkt dat het een date is. Maar bij aankomst blijkt de hele groep er te zijn. Ze hebben veel plezier bij het zwembad en als Ciel het podium betreedt, gaat iedereen door het lint.

Op weg naar Traders Nest ziet Kanata een eenzame Drifter door de regen lopen. Ze treffen elkaar opnieuw in Traders Nest waar de Drifter zich als Alba voorstelt. Alba is een door de wol geverfde Drifter die Kanata vertelt dat hij onderzoek uitvoert naar Magus.

Iets of iemand heeft de Nesten rondom Rock Town verwoest. Kanata wil de incidenten onderzoeken, maar Tokio weigert. De twee kunnen het niet eens worden, maar dan beveelt de leider van Rock Town hun om samen op onderzoek uit te gaan. In deze gespannen situatie trekt Kanata er in zijn eentje op uit.

Drifters uit naburige Nesten schieten Rock Town te hulp in de strijd tegen de Silver Storm. Intussen profiteert de geheimzinnige groep die Noir zoekt van de chaos en beveelt Ciel om Kanata te elimineren. Hoe langer de strijd duurt, hoe meer de Drifters de hoop op overleven beginnen te verliezen.

De slag tegen de Silver Storm loopt op zijn einde. Niemand komt ongehavend uit de strijd en hoewel Kanata weigert op te geven, kraakt zelfs de opgewaardeerde DAISYOGRE in haar voegen. In deze strijd tot het uiterste bereiken Noirs zorgen het kookpunt en ondergaat ze een transformatie.

Er zijn enkele dagen verstreken sinds de verhitte slag tegen de Silver Storm, maar Noir heeft nog steeds de gedaante van Mystere. Kanata neemt Mystere mee naar plekken waar hij en Noir gedeelde herinneringen aan hebben in de hoop dat Noir zal ontwaken.

Mystere vertelt Kanata dat Histoire wel degelijk bestaat. Zij en haar voormalige meester hebben op hun omzwervingen ooit contact gemaakt met het netwerk van Histoire. Als Kanata Histoire echter ooit wil bereiken, zal hij meer moeten trainen.

In zijn zoektocht naar het legendarische Histoire, gaat Kanata naar het nabije Carthago, waar een oude ruimtehaven schijnt te zijn. Hij probeert toegang te krijgen, maar wordt onverwacht aangevallen. Als hij zijn belagers tegemoet treedt, wordt hij uitgedaagd tot een duel met zijn Magus als inzet.

Noir ontdekt dat haar karakter kan verdwijnen als de autoherstel-cyclus van Mystere is voltooid. Ze accepteert haar lot in de overtuiging dat Kanata beter af is met Mystere aan zijn zij. Kanata weet hier niets van en interpreteert haar besluit verkeerd. Als afscheid gaat Noir koken voor Kanata.

Door Noirs roekeloze gedrag functioneert zowel zij als Mystere niet meer. Als geen van beiden wakker wordt, vraagt Kanata Alba om hulp. Alba vertelt Kanata dat hij nog een Type Zero Magus nodig heeft om ze te redden. Misschien is er een in de ruïnes van Amasia, dus gaan Kanata en Ciel op pad.

Na verraad door een vertrouwde bondgenoot wordt Kanata gevangengenomen. Om het nog erger te maken, ziet hij nog twee van zijn vrienden tussen de leden van Ideal staan. En als dieptepunt vertelt Weisheit over zijn schokkende verleden.

Vrezend voor Kanata's leven gaat Ellie naar hem op zoek. Ze treft hem aan in shock, met een bewegingloze Ciel in zijn armen en zichzelf verwijten makend. De tijd begint te dringen voor Noir en Mystere, maar hij kan nog altijd niet kiezen. Midden in een verhit debat moet Kanata een besluit nemen.

Pascale laat een bericht achter over het verleden van Noir en Mystere. Het verhaal begon toen hij contact maakte met Histoire. Ondertussen denkt Macht terug aan toen zijn contract met Schnee begon. Zijn herinneringen verraden het geheim achter Ideal, terwijl zijn gevecht met Kanata naderbij komt.

Met zijn gevecht tegen Ideal in het vooruitzicht gaat Kanata de DAISYOGRE ALTER versterken. Ondertussen kan Noir nog altijd niet bevatten dat Ciel haar heeft gered. Al rondwandelend komt ze een fan van Ciel tegen. Terwijl ze over de nummers van Ciel praten, vertelt Noir Kanata dat ze ook wil zingen.

Als Maria's raket af is, kan Kanata eindelijk naar Histoire. Ideal probeert hem echter tegen te houden. Weisheit beveelt Macht om Mystere onder Kanata's neus vandaan te stelen. Dat betekent oorlog! De strijd tussen de Drifters van Rock Town en Ideal barst in alle hevigheid los.

Kanata gaat in de laatste raket achter Weisheit aan naar Histoire om Mystere terug te krijgen. Hij en Noir nemen afscheid van de mensen van Rock Town alvorens eindelijk in Histoire aan te komen, waar Weisheit ze al vol ongeduld opwacht.

Alles is precies volgens Weisheits plan gegaan en geen enkele Magus werkt meer. Noir is de enige Magus die, vanwege haar unieke oorsprong, niet is aangetast. Nu is alle hoop op haar gevestigd. Het moment is aangebroken voor Kanata en Noir om het in de laatste slag tegen Weisheit op te nemen.