L'intervention dans l'ex-Sri Lanka tourne au vinaigre pour Setsuna, le pilote de l'Exia : il se fait attaquer par un Flag de l'Union piloté par Graham Aker, un pilote d'élite du MSWAD. Ce dernier est d'ailleurs sur le point d'intégrer un Groupe d'Investigation Anti-Gundam au sein de l'Union. La nouvelle intervention de Celestial Being va-t-elle pouvoir se dérouler comme prévu ?

La 3e intervention de Celestial Being sur l'île de Ceylan ayant causé la mort de nombreux soldats, les membres de Celestial Being sont très rapidement considérés comme des terroristes. Du côté de la LRH, une unité anti-Gundam se forme autour du lieutenant-colonel Sergeï Smirnov. Mais ce dernier se voit confier une jeune fille, Soma Périès, sortant tout droit de l'Institut de Recherches Surhumaines.

L'AEU est à deux doigts d'attaquer la Moralie, un petit pays dont la principale puissance est celle de PMC, une entreprise militaire privée spécialisée dans le développement des armes. Celestial Being se prépare donc à une nouvelle intervention en s'équipant davantage…

Un mercenaire nommé Ali Al-Saachez a pour mission de capturer un Gundam lors de l'intervention de Celestial Being en Moralie. Setsuna, face au MS du mercenaire, semble reconnaître une voix bien familière… Le monde entier continue donc à observer les faits et gestes de cette armée privée et à agir en conséquence.

Suite au combat face à la LRH, Allelujah confirme ses doutes : la pilote du Tieren Taozi provient du même institut que lui et a été génétiquement modifiée jeune à l'aide d'ondes cérébrales quantiques. Après longue réflexion avec son alter ego Hallelujah, il propose une nouvelle mission à la tacticienne Sumeragi ciblant cet Institut de Recherches Surhumaines de la LRH.

Les pilotes des trois nouveaux Gundam, Johann, Nena et Mikhaïl, décident d'aller rencontrer les Gundam Meisters de Celestial Being. Ce face-à-face tendu permet à chacun de mesurer les intentions et les volontés de l'autre. Les nouveaux Meisters informent qu'ils sont prêts à agir de leur propre chef suite aux dernières interventions de Celestial Being qu'ils jugent mitigées.