Teito Klein es un joven estudiante en la Academia Militar Barsburg en el mismo dormitorio con su mejor amigo Mikage. Ellos se están preparando para su examen de graduación usando sus habilidades, la Zaiphon. Teito tiene una visión acerca de un oscuro secreto que pertenece a su pasado oculto (que él es incapaz de recordar) y los intentos de asesinar a Ayanami, el hombre que mató a su padre, pero él es capturado y enviado a una célula. Él planea escapar solo, sin embargo, cuando Mikage llega a su celda para rescatarlo, termina escapando con la ayuda de Mikage y logra liberarse de la academia.