Vakoojaninjojen on palattava pedon sydämeen, Mustaan pyramidiin. Huhutaan, että ensimmäinen askel johtajan palauttamiseksi on pyramidin huipulla.

Onko mahdollista kävellä suoraa viivaa 24 tuntia?

Project Zorgo -johtaja lähettää viestin Vakoojaninjoille ja paljastaa olevansa edelleen elossa ja palaa kostamaan heille 26. marraskuuta.

PZ-johtaja ilmoitti suunnitelmastaan tuhota Vakoojaninjat 26. marraskuuta. Hän kutsuu tätä päivämäärää "Apokalypsiksi". PZ-johtaja aikoo räjäyttää Podin sisällä olevan ydinreaktorin

PZ Johtaja on elossa ja hän on vankilassa. Hän hakkeroi näyttömme ja pyysi Danielia liittymään häneen ja Project Zorgoon.

Etsin veljeäni Casey Wild Claya. Casey nähtiin viimeksi Safe Housen sisällä sekaisin Podin kanssa. PZ-johtaja on asettanut palkkion hänen päähänsä, ja nyt monet pahikset yrittävät jahdata hänet alas ja vangita.

Vakoilijaninjat luulevat, että Casey on loukussa POD:n sisällä. Chad kuulee mystisen äänen takapihalta.

Vakoojaninjat kuulevat Viittamiehen äänen PODissa ja tekevät järkyttävän löydön, kun taas PZ9 ja PZ4 puhuvat PZ Funfin kanssa.

Podi on pysäyttänyt ydinreaktionsa PZ Funfin ja Casey Wild Clayn avulla, mutta he saavat pian selville, kuka todella on Podin sisällä.

Project Zorgon johtaja on Podin sisällä. Vakoojaninjojen ja Caseyn on tehtävä kaikkensa pitääkseen Podi suljettuna ja estääkseen PZ-johtajaa koskaan pääsemästä ulos podista.

PZ-johtaja pääsee vapaaksi Podista ja taistelee vakoojaninjoja vastaan, kun Regina ja Melvin yrittävät paikantaa heidän perheensä.

Vakoojaninjojen on suojattava Podi. Siitä tulee säteilyä. Vakoojaninjat ymmärtävät, että he tarvitsevat jokaisen voitavansa pysäyttääkseen PZ-johtajan.

Melvin PZ9 ja Regina PZ4 ovat virallisesti päättäneet jättää taakseen Project Zorgo -ohjelmansa ja naamionsa ja liittyä takaisin Vakoojaninjoihin. Yhdessä he soluttautuvat Project Zorgo johtajan varastoon pelastaakseen ystävänsä

Melvin ja Regina toivotetaan tervetulleeksi takaisin turvataloon, mutta Regina herää keskellä yötä salaperäisen, kammottavan äänen huutavan hänen nimeään.

Project Zorgon johtaja yrittää tappaa Melvin PZ9:n, mikä johtaa suruun vakoojaninjoissa

Kun Vakoojaninjat kohtaavat Project Zorgon viimeisessä taistelussa, yhden vakoojaninjan on tehtävä sankarillinen uhraus.