在家继续软禁的吉恩。露鸠是法律禁止制造的“原型奈安”，吉恩私下使用原型奈安的事被发现，被解除了真理部次长的职务。娜奥米来找他。他的真实身份是守护局神祇官。两个人交换关于在火星上遇到的移动狂欢节和自称是傀儡师的男人的信息。其背后一定有篡夺者。另一方面，被囚禁在真理部本部的露鸠。真理部和守护局之间，将对其处分进行讨论。守护局说应该马上拆除。主张在自己管理下的真理部。出现在谈话的场合的娜奥米。与此同时，神秘的影子接近了被俘虏的露鸠。

与不朽九人之一的“双头阿尔科斯”的阿斯、爱丽丝姐弟分开的露鸠。“为了探讨“闪光的西尔维娅”所说的“你对你一无所知”这句话的意思，和阿什、诺伊德一起去曾经生活过的父亲罗伊·荣格哈特博士的馆，和吉恩重逢。像被某人引导一样下到馆地下的露鸠们。于是，那里有把荣格的记忆转移到外部存储器中保管的〈记忆图书馆〉。追溯荣格的记忆，探索自己隐藏的谜团。（代码夏娃）是什么？荣格的真正目的是什么？出现在那样的露鸠面前的一个少女。自称是露鸠的妹妹“锡安”......

露琼在不朽九人一的“不动的格劳芬”与亚格斯以及希尔维雅的进攻下陷入苦战。就在这时，伊甸现身救场。他的真实身份是不朽九人一的“漆黑的诺瓦尔”。面对拒绝加入自己阵营的诺瓦尔，希尔维雅向他展开攻击。吉恩试图前去露琼身边。但格劳芬阻挡在前。这时篡夺者的宇宙飞船玤出现，希安亦来到现场，局势变得更加混乱。露琼与希安双双变形为斗士，两人的战斗能力不相上下。希安真的是露琼的妹妹吗？就在这场死斗僵持不下时，赶到现场的直美，对露琼提了出一个提案。

为了拯救吉恩，阻止不朽九人的阴谋，露琼与直美出发前往金星。就在她们两人与伊甸和亚许商讨作战时，意外发现偷溜上船的希安。恢复意识后的希安，她的个性完全转变，像个孩子一般。是真心将露琼当成姊姊般仰慕，并表示要一共前往金星。直美表示不可能带她一起去。结果希安死抓着露琼不放，无奈只能带上她共行。看着露琼与希安情同姊妹般的来往，直美内心出现一种复杂的心情。另一方面，抵达金星的希尔维雅一行人带着吉恩见到了操偶师，接着被带到了一个房间，在那里等待着他的，是个令人怀念的光景…。

宇宙船遭受攻击，迫降金星。露琼一行人为了前往希尔维雅与吉恩所在的移动嘉年华而向〈造云设备〉前进。但他们的动向早已被希尔维雅所掌握，露琼与直美，尹甸、亚许以及希安被迫兵分两路行动。注视这一切的操偶师对被捕的吉恩讲述起艾娃・克利丝缇勒与CODE EVE的过去。吉恩不断向希尔维雅喊话，希望她停止对人类发起反叛。然而她却坚持掀起战火。艾斯也对两人对谈中产生的新事实感到震惊。吉恩对这样的他，说出了自幼对不朽九人的想法。

The true identity of the Puppetmaster is revealed. Rouge, Silvia, and all the others listen in shock as he explains his plans and the world he wishes for. Were Rouge and the rest no more than puppets in his play?