Michael möchte seinen neuen Zellengenossen so schnell wie möglich wieder los werden, da er wegen ihm nicht weitergraben kann. Sucre erfährt währenddessen, dass seine Freundin ihm fremd geht, was seine Meinung über den Ausbruch ändert. Er sagt Michael, dass er mit ausbrechen möchte, woraufhin sich Michael etwas überlegt um Haywire los zu werden.

Der Ausbruch ist gescheitert und Michael versucht in seiner Verzweiflung den den elektrischen Stuhl zu manipulieren, allerdings wird das von Bellick verhindert. Währenddessen wendet sich Sara an Veronica und Nick und möchte ihrem Vater, dem Gouverneur, ihre Beweise vorlegen, allerdings ohne Erfolg.

Das Auto, mit dem Lincoln zu seinem Sohn gebracht wird, ist in einen geplanten Unfall verwickelt. Kellerman sitzt im anderen Auto und möchte den verletzten Lincoln erwürgen, allerdings wird er von Lincolns Vater, der wie aus dem Nichts auftaucht, gestoppt. Lincolns Vater bringt ihn zu einem Schrottplatz, wo er ihn über den Fall aufklärt.

Michael ist in Popes Büro und hält ihn dort fest. Er möchte, dass Pope anordnet, dass Lincoln auf die Krankenstation gebracht wird. Nachdem das geschehen ist, schlägt er Pope nieder und versteckt ihn im Schrank. Als sich alle in Michaels Zelle versammelt haben, kriechen sie durch das Loch in die Krankenstation, wo Lincoln bereits wartet. Westmoreland ist vom Kampf mit Bellick schwer verletzt und bleibt zurück.

Lincoln will LJ auf jeden Fall aus der Untersuchungshaft holen, was Michael nicht gerade in Begeisterungsstürme versetzt. Während die anderen Flüchtlinge sich alle ihren eigenen Weg nach Utah suchen, werden Warden Pope und Brad Bellick verhört.

Michael, Lincoln und Kellerman begeben sich nach Montana, um Terrence Steadman zu finden, während Bellick Ärger mit den Gefangenen in Fox River bekommt. C-Note setzt seine Reise alleine mit seiner Tochter fort, während T-Bag die Hollender-Familie infiltriert.

C-Note gerät in einen bewaffneten Raubüberfall, während Michael, Lincoln und Kellerman der Verschwörung mit Hilfe von Sara immer mehr auf die Spur kommen. Unterdessen findet Mahone in Bellick einen neuen Verbündeten. Zusammen treiben sie Haywire in die Ecke.

Als Michael in Panama City eintrifft, wird ihm klar, dass Sucre ihn nie kontaktiert hat. Er willigt jedoch ein, gemeinsam mit ihm und Bellick zu arbeiten, um Maricruz zu retten.

Michael und Mahone versuchen, Whistler aus seinem Versteck zu locken. T-Bag gewinnt in der Gefängnishierarchie etwas an Dynamik, da die Wasserversorgung knapp wird. Lincoln trifft auf bekannte und weniger bekannte Gesichter auf seiner Suche nach der Befreiung von Michael.

Lecheros Degradierung verwüstet Michaels Ausbruchsplan, als Sammy die Herrschaft in Sona übernimmt. T-Bag zwingt Bellick, in einem Kampf zu kämpfen, in dem die Chancen schwer gegen ihn gerichtet sind. Lincoln und Sucre haben ein Überraschungsfeuerwerk für Susan.

Michael und Lincoln haben keine andere Wahl, als Whistler zu übergeben, um LJ und Sofia zu retten. Ein vertrautes Gesicht kommt nach Sona, während ein anderer Häftling geht.

Michael hat Gretchen/Susan, Whistler und Mahone nach L.A. verfolgt. Chaos regiert in SONA, während T-Bag, Bellick und Sucre verschwinden. Lincoln und L.J. bleiben weiterhin bei Sofia.

Lincoln und seine neuen Partner kommen nach Miami, um Scylla von seinem schockierenden neuen Besitzer zu retten, und Sara sucht nach einem vermissten Michael, der einige überraschende Informationen über seine Vergangenheit erfährt. In der Zwischenzeit führt eine Doppelkreuzung zu einem Tod und einer Verhaftung im "The Sunshine State".

Michael versucht, das Unternehmen ein für alle Mal zu Fall zu bringen. Nachdem der General die Brüder erwischt und den Einsatz erhöht hat, indem er mehr ihrer Verwandten entführt hat, entkommt Michael mit Scylla.