Mentre prosegue la rivolta dei detenuti, Abruzzi e Sucre scavano assieme per rompere il muro che porta alle vecchie fogne. Michael intanto corre lungo i condotti dell'aria per arrivare dalla dottoressa Tancredi e salvarla. Il Governatore viene a sapere che la figlia è in pericolo e minaccia ritorsioni contro Pope. Bellick invece ne approfitta per mettere in cattiva luce il direttore e fare "bella figura". Turk cerca di uccidere Lincoln ma l'uomo riesce a difendersi e, involontariamente, schivando un colpo, ad ucciderlo non scoprendo così da chi era stato mandato. Intanto Veronica e Nick scoprono che la telefonata che ha incastrato Lincon è stata fatta da una cabina pubblica situata davanti l'ex-sede della Ecofield, la compagnia di Terrence Steadman. Immediatamente i due vengono minacciati di morte dai Servizi Segreti. Michael finalmente arriva da Sara e tenta di condurla in salvo: tra i due cresce la confidenza. Per giustificare la conoscenza di quei condotti, Michael spiega alla dottoressa che uno degli incarichi delle P.I. è stato quello di pulirli dalle muffe tossiche. Ormai vicini all'uscita, Sara si rende conto che la vita di Michael è in pericolo: il mirino laser del fucile di un cecchino delle forze speciali sta infatti puntando al suo petto. Con una mossa veloce Michael riesce però a portare Sara in salvo e ad evitare lui stesso di essere colpito. Tornato nella propria cella, ordina di non uccidere Bob, ma poco dopo T-Bag decide di fare a modo suo. Finalmente Lincoln trova il fratello sano e salvo e i due si abbracciano. La dottoressa chiede ad un impiegato del carcere circa gli incarichi delle P.I. e le viene assicurato che ai detenuti non è mai stata permessa la pulizia di quei condotti.