Dopo aver rinunciato alla sua posizione al Comando Stargate, la Dr. Elizabeth Weir ha lavorato in Antartide, raccogliendo membri per una spedizione per raggiungere la città perduta di Atlantide. Non appena Dr. Jackson trova l'indirizzo ad 8 simboli, inizia una nuova avventura in una nuova galassia.

Dopo il ritorno di Sheppard con dei profughi da Athos, la città di Atlantis si stacca dal fondo marino e raggiunge la superfice poco prima che lo scudo si disattivasse. Ora, per salvare la gente rapita dai Wraith, Sheppard deve convincere Weir a fare a modo suo.

Attivando i sistemi dell'antica città di Atlantide, una forma di vita aliena è riuscita a sfuggire dal suo contenimento e minaccia di distruggere la città assorbendone l'energia. Nel frattempo McKay si sottopone volontariamente alla terapia genetica messa a punto dal Dott. Beckett per attivare il gene dormiente degli Antichi.

Di ritorno da una missione sul pianeta dei Wraith, il puddle jumper rimane danneggiato e mentre sta attraversando lo Stargate si blocca a metà strada. Nel frattempo a bordo della navetta, Sheppard è fuori combattimento a causa di una creatura aliena che gli si è attaccata al collo. Alla base hanno poco meno di mezz'ora prima che lo Stargate si disattivi, uccidendo gli occupanti dello jumper.

La squadra esplorativa di Atlantide s'imbatte in una serie di incontri sfortunati con i Wraith ed Elizabeth si rende conto che c'è una spia all'interno della comunità. I sospetti cadono sugli Athosiani, i quali decidono di abbandonare la città per trasferirsi sulla terra ferma. Dopo il loro trasferimento, gli attacchi continuano e Teyla diventa la prima sospettata.

Un gruppo di navi Alveari si dirige verso Atlantide e la squadra è alla ricerca di un pianeta dove rifugiarsi e allo stesso tempo escogita un modo per distruggere la città prima che cada in mani nemiche. McKay guida una squadra nel tentativo di riattivare le armi degli Antichi che si trovano in orbita su una piattaforma.