1944 - Des lueurs (les Foo Fighters) apparaissent au beau milieu d’un combat aérien dans le ciel de France et sauvent le capitaine Russell Keys (Steve Burton) et son équipage d’une mort certaine. Trois ans plus tard, retourné à la vie civile, dans sa maison de Bement, Russell Keys est victime d’incessants cauchemars et de maux de tête persistants. Découvrant qu’il est le dernier survivant du groupe de rescapés, l’ancien pilote, en proie à la paranoïa, abandonne soudainement femme et enfant sans vraiment donner d’explications. Pendant ce temps, le capitaine Owen Crawford (Joel Gretsch), militaire sans morale ni scrupule, découvre un artefact extraterrestre sur le site du crash de Roswell et s’empare de la direction du département OVNI de l’US Air Force. Non loin de là, au Texas, Sally Clarke (Catherine Dent), une mère seule, succombe au charme d’un étranger (Eric Close) qui n’est pas exactement ce qu’il prétend être.

1958 - Ayant finalement compris qu’il était périodiquement victime d’enlèvements, Russell Keys revient chez lui pour prévenir son fils, Jesse (James Kirk) et l’empêcher de subir le même sort. Mais il est déjà trop tard, Jesse a déjà été " contacté ". Au cœur de la zone 51, les équipes du colonel Owen Crawford buttent encore et toujours sur la technologie du vaisseau alien. Persuadé que Jacob (Anton Yelchin), le fils de Sally Clarke, est une clé de ce puzzle, Owen Crawford se rend à Lubbock, au Texas et découvre un enfant aux pouvoirs terrifiants.