Touma recibe la noticia de que Index fue "secuestrada" por Stiyl, mientras que él va en su búsqueda se encuentra con un monja de la Iglesia católica llamada Orsola Aquinas. Una vez reunido con Index, Stiyl le pide que encuentre a la monja Orsola Aquinas, ella tiene la habilidad de descifrar "El libro de la ley" y según ella está siendo perseguida. Accidentalmente, ella siguió a Touma, pero su tiempo con ellos fue corto ya que la capturaron los amakusa (un grupo que Kanzaki era lider).

Touma, index, Stiyl y Agnese (monja que conocieron en el mismo lugar) fueron en busca de Orsola; su rescate fue un éxito, pero Tatemiya (líder actual de los amakusa) les explica que la Iglesia católica quiere eliminar a Orsola, ya que con lo que sabía del libro era un peligro para la comunidad cristiana, por eso ella pedio ayuda a los amakusa pero también desconfiaba de ellos. Touma quería verla para confirmar lo que le dijo pero las monjas Angeline y Lucia los atacaron.

Touma decide salvar a Orsola por su cuenta lo que no esperaba era que también Stiyl e Index pensaban lo mismo así que fueron a la iglesia "orsola" para detener su asesinato. Estando allí recibieron ayuda de los amakusa y comenzó una batalla entre los de las Iglesias católica y anglicana.

Una vez recuperado a Orsola les dice el método para descifrar el "libro de la Ley"; sin embargo, Index le dice que ese método es erróneo; por lo tanto, Orsola ya no representa una amenaza para la iglesia. Luego Touma tiene una pelea con Agnise siendo él el victorioso aunque resultó herido. En el hospital Kanzaki le da las gracias por resolver ese problema.

El objetivo de Oriana es en activar "la cruz de Pedro" para que la Iglesia católica tenga poder sobre ciudad academia. Tras la persecución Oriana ataca a Himegami creyendo que ella era un maga de Necessarius. Komoe trata de utilizar el hechizo de curación, mientras que Touma va tras Oriana.

Touma y Tsuchimikado son imformados por Orsola que les dice que para activar "la cruz de Pedro" necesita la luz de las estrellas. Ellos llegaron a la conclusión que ella ira a una pista de aterrizaje del aeropuerto. Finalmente, la encuentran teniendo una última pelea con Touma.

Una semana después del festival deportivo. Touma gana un viaje al norte de Italia para dos personas. El e Index se encontraron con Orsola allá . En la noche Touma y Orsola cayeron en un barco de hielo que pertenecía a los católicos. Mientras que trataban de pensar una forma de escapar se encuentran con Agnise.

Agnise les cuenta que este es uno de los barcos de vigilancia de "La flota de la reina" un barco que transporta prisioneros. Sus amigas Lucia y Angeline fueron capturadas por tratar de rescatarla. Así que decidió trabajar con Kamijou para que sus amigas escapen y resultó un éxito. Fuera de allí Touma, Orsola, Lucia y Angeline se reunieron con Index en un barco de los amakusa planeando el rescate de Agnise. Luego, se infiltraron de nuevo en la flota de la reina y empezó otra batalla.

El líder de la flota es el Obispo Biagio, su objetivo es en activar el hechizo "La reina del mar adriatico" cuyo poder puede destruir una ciudad. Touma decide enfrentarlo para salvar a Agnise. Luego de que la flota fue destruida, Touma e Index fueron enviados de regreso a ciudad academia y Agnise, Lucia y Angeline se unieron a Necessarius. Por otro lado en Roma investigan a Touma Kamijou si es una amenaza o no.

Touma después de lidiar con Mikoto, se topa con Misaka 10032 en busca de Last Order. Touma le obsequia un collar para diferenciarla de la original. Mientras tanto, Accelerator sale en busca de Last Order, pero se encuentra con Index quien busca a Touma. Kamijou conoce a Last Order y ella le da las gracias por salvar a las "Sisters". Al final, Accelerator encuentra a Last order e Index a Touma sin que ellos dos se vieran.

Tōma está hospitalizado, mientras que Itsuwa todavía está deprimida, pero se motiva para defenderse después de que Saiji Tatemiya le dio una severa lección. Los Católicos Amakusa preparan sus armas para otra pelea contra Acqua. Reciben información de Orsola Aquinas sobre el pasado y las habilidades de Acqua, preparándolos para enfrentarlo. Los Católicos Amakusa lanzan una maldición sobre Acqua, pero es anulada por su habilidad de Madre Divina.

Tōma y Floris se encuentran con Villian y son encontrados por los católicos de Amakusa. Continúa encontrando a Index y ve a Acqua, quien recientemente derrotó al Líder de los Caballeros y su carruaje.