Pour sauver Agnese, Tôma et son équipe visent le vaisseau amiral de la flotte de la Reine. En plein combat, Tôma est séparé des autres, et rencontre l'évêque Biagio.

Tout à leurs retrouvailles, Accelerator et Last Order sont immédiatement pourchassés. Un individu louche profite de la pluie pour s'infiltrer dans la Cité.

Accelerator va voir Index et attend l'occasion de riposter. Après s'être échappés, Last Order et Tôma se heurtent à un nouvel ennemi.

Accelerator est prêt à s'attirer les foudres de la Cité académique pour sauver Last Order. Alors que Vento et Tôma vont se battre, un changement se produit dans la ville.

Kihara et Accelerator s'affrontent dans un combat désespéré tandis que Tôma tente d'anéantir Vento dans un duel impitoyable. Index prie pour sauver la ville.