东京新宿，一位名叫路易的契约者被杀，搜查线上出现了另一个契约者 黑，警视厅公安部的搜查员为了调查这起事件，开始对一名叫筱田千晶的人进行追捕。另一方面，搬到了海月庄居住的留学生李舜生，在机缘巧合之下，救下了住在自己隔壁的筱田千晶。

　　在东京城内的一家工厂潜伏的黑，目标是工厂内的顾问田原耕造，是门内调查队的唯一幸存者。因纵火事件的嫌疑而烦恼父亲的舞，与平时不怎么交谈的父亲相处并不是很好，第二天遇到了伪装成监视人的黑接近了舞，并舞将手腕上绷带隐藏的内容给黑看。

　　围绕帕夫利琴科博士的研究所，各种各样的谍报机关的契约者们都来袭击苏芳的家人。苏芳的父亲被杀，紫苑逃走了。而由于ME（记忆操作机），同学们的记忆都消失了。孤身一人的苏芳只好四处乱逃。然而，苏芳被尼卡鼓舞之后，打算为了救出紫苑而引诱黑出来。另一方面，尼卡也在寻找失踪的恋人塔尼娅。

　　公安的手伸向了北海道和本州各地所有的交通联系。黑打算联系便利屋，寻求帮助。然而，苏芳和JULY经过了一番周折，遇到了契约者的袭击，而且被抓住了。