都内のある工場に潜伏したヘイ。 ターゲットは工場の相談役、 田原耕造。 ゲート内第一次調査隊の生き残りである彼の研究資料が目的だった。 ヘイとは別に田原を狙って契約者が現われる。 そうとも知らず、 娘の舞に関する事件に頭を悩ませる田原。 舞に放火の疑いがかかっているというのだ。 普段、 会話をしない親子。 舞は父親に対して頑なに心を閉ざしている。 監視役を装い舞に近づくヘイ。 彼女はヘイに、 包帯で隠した手首の秘密を見せる。

契約者としての能力を萌芽させた舞。 だが、 その能力を制御することができない。 目の前にあるものが、 次々と炎に巻かれていく。 田原はゲート内第一次調査の際に、 特殊能力を封じることができるある物質を発見。 それを持ち帰った。 田原から研究資料を奪うため、 舞を人質に取る契約者。 田原は舞を取り戻し、 過去に植え付けてしまった罪の芽を自らの手で摘もうとする。 その行動にヘイは……。

契約者同士の戦いが繰り広げられる中、ゲートの中心へと急ぐ黒たちを出迎えるアンバー。ついに南米での真実を明かすという。その頃、EPRや“組織”の正体を知った未咲は、単独行動を取り始める。

「トーキョーエクスプロージョン」があった夜・・・ロシアのシベリア平原で、パブリチェンコ博士とその双子の子供、蘇芳（スオウ）と紫苑（シオン）は隕石の落下に遭遇した。２年後のある日、親友ターニャとの学校生活を楽しんでいたスオウの周辺で突然、異変が起り始める。契約者たち、そして『黒の死神』と呼ばれた男ＢＫ201がシベリアに現れたのだ。が、全てはこれから起こる、もっと大きな変化への前触れに過ぎなかった。

パブリチェンコ博士研究所をめぐり、さまざまな諜報機関の契約者がスオウたち家族に襲いかかった。父を殺され、たった一人逃げのびたスオウだったが、ＭＥ（記憶操作機）によってクラスメイト達の記憶は消されて、孤独に逃げ惑う。しかし、ニカに励まされたスオウは、シオンと流星核を奪うため研究所にやってきた黒（ヘイ）をおびき出す決意をする。そしてニカも、行方不明になった恋人ターニャを探しはじめるが…。

北海道から本州に渡るあらゆる交通機関に公安の手が伸びていた。便利屋に接触し手引きさせるが、便利屋はさらに裏の稼業があり…。そしてスオウの前に、また新たな契約者が襲い掛かる。

旅の終着点であるサンシャイン水族館にたどり着いた蘇芳。そこで、見たものとは…!?　そして黒は、過去の深い傷跡と向き合う決意をする。三鷹文書に記された『未来の記憶』の最終段階が始まろうとしていた。

運命の大きな力で、イザナミへと導かれていくスオウ。旅の終わりにめぐる記憶が、これからを生きる希望だった。過去からの宿命に抗えない黒と銀、そして、未来に命を賭けた蘇芳と紫苑の結末は―！？