De retour à l'école, Lelouch comprend pourquoi la jeune fille pilote de Knightmare ne lui était pas inconnue : il s'agit d'une élève de sa classe, Karen Stadtfeld. Seulement celle-ci feint d'une santé fragile et est régulièrement absente. Il décide de la faire parler grâce à son pouvoir, mais peu à peu, il perd le contrôle et découvre qu'il ne peut l'utiliser deux fois de suite sur la même personne. Cependant, les quelques brides d'informations qu'il a laissé filtré ont éveillé les soupçons de Kallen qui se demande s'il ne serait pas la voix qui les a commandé durant la bataille de Shinjuku...

Suzaku va être jugé pour l'assassinat du Prince Clovis. Un procès truqué où il ne pourra se défendre et où il servira d'exemple. Il permettra de plus à la faction des Puristes de faire une avancée ; ceux-ci souhaitent notamment que l'armée de soit accessible qu'aux Britanniens de souche, et non plus aux simples honoraires. Ne souhaitant pas que son ami meure pour un crime qu'il a lui-même commis, Lelouch se fait fabriquer un costume et devient le personnage de Zero, le chef de la rébellion. Mais avant que tous les rebelles le suivent, il va devoir leur démontrer qu'il peut réussir l'impossible...

À sa grande surprise, Lelouch découvre à son retour que C.C. a emménagé chez lui et dit à sa sœur qu'ils allaient se marier. La jeune femme, très désinvolte, ne tient aucun compte des remarques de Lelouch et semble agir à sa guise. Alors qu'il vient juste d'être libéré, faute de preuves dans l'assassinat du Prince Clovis, Suzaku voit tomber une jeune fille depuis une fenêtre du 1er étage. Celle-ci lui annonce qu'elle tente d'échapper à de méchants hommes. Même s'il ne la reconnaît pas, Suzaku sait qu'elle ment mais décide de passer la journée avec elle. En attendant l'arrivée imminente de la Princesse Cornelia Li Britannia, Sir Kewell est chargé de prouver la corruption du plus fidèle serviteur de l'empire, Sir Jeremiah, et de l'éliminer...

Suzaku vient d'arriver dans la nouvelle école de Lelouch. Les autres élèves, au courant de son implication dans l'assassinat de Clovis, le tiennent à l'écart, voire le stigmatisent. Lelouch l'accueille cependant chez lui, à la grande joie de Nunnally. Mais tous deux conviennent qu'il vaudrait mieux éviter de s'afficher ensemble en public, car cela pourrait nuire aux Lamperouge...

Lelouch a entendu parlé d'une opération visant les Forces de Libération du Japon, dans les montagnes de Narita. Opération menée par Cornelia. En secret, il se rend sur place en compagnie de ses Chevaliers Noirs et prépare les lieux en vue d'une embuscade...

Alors que les troupes Britanniennes déterrent un à un tous les corps des personnes ensevelies lors de la bataille de Narita, Zero demande aux Chevaliers Noirs de le présenter aux chef de la rébellion. Il ne sait pas alors que cette bataille, qu'il avait parfaitement planifiée, a fait des victimes civiles, dont une qui pourrait avoir des répercussions sur son engagement dans la lutte...

Lorsqu'elle arrive pour secourir Lelouch, C.C. le trouve seul près d'une marre de sang. Son arme a disparu et il est persuadé que les personnes présentes ont vu son visage. Rapidement, la piste s'aiguille en direction de Shirley, que le jeune homme est persuadé d'avoir vu lors de son combat. Celle-ci, désespérée par la révélation de l'identité de Zero, repart pour Narita, voir la tombe de son père, et faire le point. Mais sur place, un homme étrange s'approche d'elle et lui fait entrevoir une vérité sur elle-même, vérité qu'elle refuse d'assumer...

Mao représente désormais une menace que Lelouch se doit d'éliminer au plus vite, s'il ne veut aps que son identité soit révélée. C.C. se propose comme appât, vu que c'est après elle qu'il courre. En effet, elle lui a fait don du Geass lorsqu'il avait six ans mais la puissante de son nouveau pouvoir, qu'il ne pouvait contrôler, l'a isolé du reste du monde. A l'exception de C.C., dont il est incapable de lire les pensées et qui est la seule personne avec qui il peut vivre...

Alors que Lelouch pense retrouver une vie un peu normale, il découvre que Mao a kidnappé Nunnally et la retient prisonnière quelque part dans l'école. Une course contre la montre s'amorce alors, dans laquelle il bénéficie de l'aide inattendue et spontanée de Suzaku...

Lelouch a planifié la libération de Todo dans les prochaines heures : l'arrivée de nouveaux modèles de Knightmares le rend plus confiant. Cependant, conscient des risques de son ambition, il cherche quelqu'un susceptible de protéger sa sœur Nunnally, et verrait bien Suzaku. Celui-ci a été appelé par ses supérieurs pour remplacer le bourreau de Todo. Pris de panique, il pense être sauvé par l'intervention des Chevaliers Noirs venus libérer le stratège militaire. Mais rapidement, il se retrouve à les combattre et, cette fois-ci, Zero a préparé un plan de bataille pour lutter contre l'armure Blanche...

Malgré les conseils de son entourage, Euphemia a désigné Suzaku Kururugi comme son Chevalier. Sa première mission est de l'escorter pour une rencontre politique située sur une île disposant d'une protection assez faible. Zero veut profiter de l'occasion pour capturer Suzaku et son Lancelot et, si possible, le faire changer de camp...