Sasuke et son groupe Taka sont en difficulté face à Killer Bee. Après avoir manqué de mourir 2 fois, Sasuke est sauvé par ses camarades. Killer Bee prend la forme de Hachibi. Sasuke déclenche Amaterasu qui vient à bout du démon à 8 queues. Ils emportent alors le corps de Killer Bee inconscient.

Le chef ANBU de Kiri qui dirige les oinin intervient et discute pour trouver un arrangement avec Yamato et Utakata : Utakata restera sous la surveillance de l'équipe 7 jusqu'à ce que Hotaru soit en sécurité. En privé, le chef ANBU demande à Utakata de revenir de lui-même au village, qui a changé ; mais Utakata pense que le village va l'exécuter car il a tué son maître qui selon lui voulait sa mort. Ils retournent au Mont Katsuragi pour rejoindre Tonbei et Sakura. En chemin, Naruto découvre également le secret de Hotaru : la technique interdite est incrustée dans son dos.

Naruto se fait piéger par les bandits et Shiranami. Ce dernier part à la rencontre de Hotaru et l'attire dans un piège. Utakata libère Naruto et ils suivent la trace des bandits jusqu'au village de Tsuchigumo. Les villageois sont tous sous l'emprise d'une technique de sceau de Shiranami et les attaquent. Saï les retrouve, et le reste de l'équipe 7 intervient. Tandis qu'ils s'occupent des villageois et des bandits, Naruto et Utakata partent sauver Hotaru, prisonnière du rituel qu'a débuté Shiranami pour extraire la technique interdite : il est à la recherche de celle-ci depuis qu'il a tué son père dans l'espoir de la récupérer.

Naruto pleure la mort de son maître et se remémore leurs souvenirs. Le temps n'est plus aux pleurs mais à l'action : remis d'aplomb par Iruka et Shikamaru, Naruto va tout faire pour déchiffrer au plus vite le message codé laissé par son mentor…

Tendô discute avec Tsunade. Pendant ce temps, Ningendô arrache l'âme de Shizune et découvre que Naruto se trouve au Mont Myôboku. Tendô fait alors exploser Konoha avec la puissance maximale de sa technique de répulsion. Naruto revient au village en mode ermite accompagné des crapauds Fukasaku, Shima, Gamabunta, Gamahiro, Gamaken et Gamakichi.

Alors que Tendô allait emmener Naruto avec lui, Hinata décide d'intervenir pour sauver Naruto. Elle déclare son admiration et ses sentiments pour Naruto puis se lance dans le combat, mais Tendô la repousse avec la Répulsion Céleste et la poignarde sous les yeux de Naruto qui est alors submergé par le chakra de Kyûbi.

Jiraya décide de rester pour former ces trois orphelins… Après le départ de Jiraya, Yahiko et ses deux amis acquièrent une certaine réputation dans le monde ninja en montant une association pour promouvoir la paix entre les principaux pays constamment en guerre. Hanzô, craignant pour sa suprématie sur Ame et voulant se débarrasser de ce nouveau leader gênant, s’associe à Danzô qui lui voulait de l’aide pour devenir Hokage pour leur tendre une embuscade. Prenant Konan en otage, ils forcent Nagato à tuer Yahiko, qui se précipite de lui-même sur le kunaï tenu par Nagato afin de sauver Konan. Devenant fou de rage, Nagato invoque le démon hérétique et tue un grand nombre de ninjas. Après avoir perdu la plupart des amis de son groupe, Nagato considère la vision de Jiraya comme une utopie et décide d’imposer sa propre vision de la paix en prenant le contrôle du monde via Akatsuki.

Naruto et Iruka sont poursuivis par les ennemis qui sont finalement neutralisés par Kakashi. Iruka se rend compte que Naruto est tel qu’il était après être lui-même devenu orphelin ; il remercie alors le 3e Hokage d'être le professeur de Naruto et de pouvoir lui transmettre la « Volonté du Feu » ; fin des souvenirs d’Iruka. Tandis que Madara apprend la défaite de Pain et la trahison de Konan, Pendant ce temps, Sasuke décide de marcher sur Konoha avec son équipe Taka. Alors que Yamato constate la destruction de Konoha, Madara envoie Kisame à la recherche de Killer Bee…

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Hanare, une espionne du village caché de la Clé est capturée par les ANBU de Konoha. Elle est interrogée par Ibiki Morino, puis par Inoichi Yamanaka qui découvre qu’elle ne sait rien sur son village, mais qu’elle a rencontré Kakashi dans sa jeunesse. Kakashi reçoit pour mission de percer son secret et ses souvenirs. Hanare lui fait confiance, car elle se souvient l’avoir rencontré dans sa jeunesse ; c’est lui qui lui a appris à regarder les nuages et lui a donné espoir alors qu’elle vivait en dehors du village loin de ses parents et des autres pour n’avoir aucune information à révéler. Le reste de l’équipe 7, pensant que Kakashi a une relation avec elle les espionnent et tombent par accident d’un arbre au-dessus d’eux, provoquant un regard du Sharingan de Kakashi dans les yeux de la jeune femme. Celui-ci détecte qu’elle possède une technique permettant de récupérer des informations par le regard et qu’elle a donc dû soutirer des informations sur Konoha à ses interrogateurs. Le 3e Hokage décide de procéder à un échange entre Hanare et un jōnin capturé par le village de la Clé ; ils conviennent cependant de capturer la jeune femme à nouveau juste après. Acculée à une falaise, celle-ci révèle à Kakashi qu’elle a effacé ses informations pris dans l’esprit de Inoichi après avoir découvert à Konoha le village dont elle rêvait ; Kakashi la laisse partir et raconte qu’elle s’est jetée de la falaise.

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Madara aborde Naruto, Kakashi et Yamato pour leur parler afin de savoir comment Naruto a convaincu Nagato de le trahir ; Naruto lui demande de parler de Sasuke. Pendant ce temps, le Raikage brise la nuque de Zetsu et décide de partir à la recherche de Sasuke avec ses gardes du corps ; les samouraïs se dispersent également pour rechercher Sasuke qui retrouvent ce dernier et son équipe. Sasuke, qui a plongé dans les ténèbres, tue plusieurs de ses adversaires. Le Raikage et ses gardes du corps interviennent et engagent le combat à leur tour, mettant l’équipe Taka en difficulté. Jûgo passe au niveau 2 du sceau maudit et attaque seul le Raikage ; il finit par se faire battre. Le Raikage engage alors un duel contre Sasuke…

Naruto se renferme sur lui-même, et subit, sous l’émotion, une crise d’hyperventilation. Avec Susanô, Sasuke maîtrise rapidement Danzô et lui fait avouer son implication dans le meurtre du clan Uchiwa par Itachi. Il l’écrase, le coupe, le consume avec les techniques du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », mais Danzô semble mystérieusement survivre sans que Karin puisse détecter une illusion. Peu après, Sasuke utilise un genjutsu qui fait apparaître son frère Itachi devant Danzô.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Alors qu’ils naviguent dans le brouillard, Yamato raconte des histoires de fantômes pour effrayer Naruto ; il parle de la légende des vaisseaux fantômes. À ce moment, ils aperçoivent un navire de piètre allure avec des feux de Saint-Elme et des corbeaux sur le gréement. Ils l’abordent et Aoba accompagné de Yamato partent en reconnaissance ; Naruto les suit mais perd leur trace ; il rencontre un jeune mousse, Hishaku qui passe la serpillière sur le pont du bateau. Souhaitant connaître son histoire, Naruto utilise le « Multi-clonage » pour l’aider à terminer ses tâches ménagères. Alors qu’ils sont rejoints par Yamato et Aoba, Hishaku raconte que tout l’équipage a été tué par un crabe géant ; celui-ci surgit et capture Yamato avec des tentacules qu’il possède sur sa carapace. Hishaku demande à Naruto de venger l’équipage ; ce dernier tente un « Orbe tourbillonnant », mais la technique n’a aucun effet sur la carapace du crabe. Hishaku prend les commandes du navire et amène celui-ci contre un rocher ; Naruto récupère Yamato qui utilise sa technique « Mokuton » pour bloquer la créature. Grâce au balai-brosse de Hishaku, Naruto coince la bouche du monstre et envoie son clone avec un « Orbe tourbillonnant » à l’intérieur ; le crabe est ainsi vaincu. Hishaku remercie Naruto et disparaît retrouver ses compagnons fantômes. Ils disent tous au revoir à Naruto et disparaissent avec le navire, laissant le jeune ninja éberlué.

Konohamaru souhaite participer à la guerre qui va bientôt commencer. Il part voir Sakura avec ses deux coéquipiers Moegi et Udon, mais elle leur fait ranger des boîtes de médicaments. Il décide alors d'aller voir Tsunade, qui lui fait comprendre par la colère que c'est une mauvaise idée ; elle se rappelle le jour où elle a confié son collier à son petit frère Nawaki. Ils tombent ensuite sur Shikamaru, à qui Konohamaru explique sa rancœur de ne pas pouvoir combattre en tant que ninja de Konoha à part entière. Ce dernier lui demande quel « roi » il pense protéger, et lui dit qu’il ne sera pas un ninja à part entière tant qu’il n’aura pas la réponse. Konohamaru voit arriver Temari apportant un message de Gaara a Tsunade, et décide de l’intercepter à son retour vers Suna pour la défier. Ses deux coéquipiers vont chercher Shikamaru paniqués. Dans la forêt de Konoha, Konohamaru et Temari s'affrontent, et cette dernière se moque du jeune ninja après l’avoir mis à terre. Losqu’elle dit que Naruto ne peut pas avoir d’élève valable, Konohamaru furieux décide d’utiliser l’« Orbe tourbillonnant » sur elle ; Temari se prépare à la contrer avec sa « Lame du vent », mais Shikamaru intervient et arrête le jeune ninja, dont la technique crée un grand cratère dans le sol. Lorsque Moegi lui donne une claque, Konohamaru comprend que leur tâche de protection des personnes âgées et des enfants lorsque les adultes sont au combat est très importante, surtout si l’ennemi attaque le village. Temari reprend son chemin, en reconnaissant la valeur de Konohamaru et de l’enseignement de Naruto.

Killer Bee accepte d’aider Naruto à maîtriser Kyûbi, mais avant cela, le jeune ninja doit vaincre son double maléfique. Utiliser la force étant inutile, il parvient à le faire disparaître en le remerciant de l’avoir rendu plus fort et en abandonnant sa rancœur contre les villageois. Bee l’accompagne alors, avec Yamato, derrière la cascade où se trouve un gigantesque temple dédié à la maîtrise des bijū. Après avoir récupéré la clé de son sceau, Naruto se renferme en lui-même tout en restant en contact avec Bee et Hachibi, pour libérer et combattre le démon renard.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. L’homme masqué enlève le nourrisson qui vient de naître et force Minato à s’éloigner avec lui, puis emmène Kushina au loin pour extraire et assujettir Kyûbi. Minato met Naruto à l’abris et revient pour sauver la jeune femme au moment où le démon va la tuer, l’emmenant près du bébé. Pendant ce temps, à Konoha, le 3e Hokage et quelques ninjas ressentent une perturbation ; soudainement, le démon renard surgit dans l’enceinte du village, invoqué par l’homme au masque, semant la panique. Alors qu’il commence à dévaster le village, les ANBU évacuent la population et les jeunes ninjas, pendant que les parents de ces derniers affrontent Kyûbi. Minato arrive et déplace une attaque de chakra du démon avec une technique d’espace-temps, mais il est attaqué par l’homme au masque, manquant de se faire aspirer par lui ; il doit s’éloigner du village pour l’affronter. Au cours du combat, il analyse que son adversaire se rend immatériel pour parer ses coups, mais doit se matérialiser pour porter une attaque ; il le piège donc en lui envoyant un kunaï à travers la tête, puis en faisant un saut d’espace-temps sur le kunaï au moment où l’homme s’apprête à le saisir, le terrassant d’un « Orbe tourbillonnant » et lui apposant un sceau. Il surgit ensuite devant lui et lui appose un autre sceau lui enlevant le contrôle de Kyûbi.

Rétrospective de l’enfance de Naruto et ses débuts en tant que genin avec Sasuke et Sakura sous la férule de Kakashi, jusqu’à leur départ pour le Pays des Vagues. Centré sur la rencontre de Naruto et Sasuke et le début de leur relation houleuse.

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Izumo, Kotetsu et Darui engagent le combat contre Kakuzu, dont les « masques » attaquent l’alliance ; Tenten a récupéré l’éventail de feuilles de palme et s’en sert pour détruire le masque raiton. Shikamaru, Ino et Chôji reçoivent pour mission de combattre Asuma, leur ancien maître ; ils engagent le combat, mais au dernier moment, Chôji ne peut se résoudre à le frapper et Ino est obligée de le sauver d’une attaque d’Asuma. Ce dernier et ses camarades essaient de le remotiver pour poursuivre le combat ; Chôji se souvient alors de quand à l’entraînement, Asuma lui avait dit que sa gentillesse deviendrait sa force pour protéger ses amis. Asuma lui dit que ce moment est venu ; il lui supplie de l’arrêter et le traite de « gros » pour le mettre en colère.

Les Zetsu blancs s’introduisent la nuit dans le camp des samouraïs, et parviennent à libérer Deidara qui y était retenu prisonnier. Mifune, Okisuke et Kurotsuchi, qui était venue interroger Deidara pour savoir où étaient Kabuto et Sasuke partent à leur poursuite avec une escouade de samouraïs, mais ils n’ont qu’un ninja pouvant utiliser le raiton à l’aide d’une batterie pour repousser le bakuton de l’artiste. Deidara, qui a appris de Kurotsuchi que Sasuke a survécu à son « Art Ultime » et a rejoint Akatsuki est terriblement vexé ; alors que Kabuto s’apprête à le rappeler, il lui demande de le laisser combattre les samouraïs pour regagner son honneur d’artiste et perfectionner un « Super Art Ultime ». Avec Chûkichi, Kabuto fait gagner du temps à Deidara et lui permet d’atteindre un terrain où il peut trouver de l’argile. Leur premier combat avec Deidara est un échec, le ninja utilisant le raiton n’étant pas assez puissant pour contenir les explosions de Deidara, mais ce dernier est désespéré en voyant que son corps ne peut être détruit et est donc incompatible avec son esthétique d’artiste de l’art éphémère. Deidara repart pour tenter de trouver la voie vers le « Super Art Ultime ». Comprenant qu’il est obsédé par Sasuke qui a hautainement ignoré son art, Kurotsuchi prend la forme du jeune ninja rénégat pour aller au devant de Deidara, et l’attire sur un terrain pierreux où ce dernier ne peux pas dévier le raiton. Mifune perce Deidara de son sabre, et lui envoie une décharge de raiton suffisante pour bloquer son bakuton ; Kankurô l’enferme à nouveau dans sa marionnette Kuroari. Sur le chemin du retour, Deidara réfléchit à ce que pourriat être son « Super Art Ultime ».

Kakashi reçoit du quartier général le parchemin et le pinceau géants, pour exécuter le sceau de l’ANBU Racine. Il les apporte à Saï, et confie à Rock Lee la tâche de le protéger pendant qu’il s’en servira. Kakashi explique à Lee qu'après l’attaque d’Orochimaru sur Konoha, Danzô avait demandé à Saï d’apprendre à contrôler un sceau capable d’emprisonner les invocations de la « Réincarnation des âmes ». Repensant aux paroles de Danzô et à la dangerosité du sceau, basé sur la puissance des émotions refoulées, et rendant vulnérable aux pensées négatives, Saï ne parvient pas à dormir. Au matin, les épéistes légendaires de Kiri, Pakura et Gari attaquent. Alors que Jinin Akebino attaque un groupe de ninjas avec son épée légendaire Kabutowari, Kakashi, Saï et Lee arrivent. Saï se prépare à utiliser son sceau, se demandant s’il va parvenir à le maîtriser sans se laisser entraîner par la peur qu’il éprouve en libérant ses émotions et se souvient de son entraînement avec Danzô durant lequel il avait échoué. De son côté, Kakashi combat Jinin Akebino et parvient à le couper en deux ; il demande à Ensui Nara de l’immobiliser le temps que le sceau ne soit prêt et s’en va avec le reste du groupe. Saï repense à Shin, utilisé par Akatsuki, et se laisse envahir par ses émotions négatives. Alors que Gari attaque Ensui, Lee doit intervenir pour le protéger et engage un combat de taijutsu avec Gari. En voyant qu’il n’y a pas de sentiments négatifs dans la colère de Lee, Saï commence à comprendre comment maîtriser son sceau, mais une explosion de Gari étourdit Ensui, et Jinin Akebino est libéré. En voyant Lee combattre, Saï comprend que la source de sa colère vient de ses sentiments pour ses amis. Se souvenant qu’il a également des amis maintenant, il commence à dessiner, exécute son sceau de l’« Œil tapi du tigre » au moment où Akebino Jinin finit de se reconstituer, et le scelle. Voyant qu’il est seul contre trois, Gari s’enfuit.

Disonas est tué par le démon sorti du rayon de puissance ; Naruto engage le combat contre ce dernier mais est blessé sérieusement ; Kyûbi lui prête alors de son chakra. Dokku et Shiseru décident d’aller arrêter le rayon de puissance et font leurs adieux aux orphelins, pensant y laisser leur vie ; Shiseru se réconcilie avec Mina. En cours de route, Dokku demande à Shiseru de l’épouser s’ils s’en sortent ; arrivés devant le mécanisme générant les mélodies, Dokku se souvient d’un air que Mina fredonnait et comprend que c’est celui qui arrêtera le rayon. Blessé à nouveau, Naruto prend la forme de Kyûbi et perd le contrôle. Avant que Dokku ne puisse activer la mélodie, la terre se fissure sous l’action du combat des deux démons et il rattrape de justesse la main de Shiseru avant qu’elle ne tombe dans la lave, mais il ne peut la remonter. Ils s’avouent qu’ils s’aiment mutuellement depuis le jour de la chute de Shiseru, et elle supplie Dokku de la laisser tomber pour faire son devoir. Yamato tente de bloquer Kyûbi avec son mokuton, mais n’y parvient pas ; en suppliant Naruto de ne pas abandonner, Mina parvient à lui faire reprendre sa forme normale et le supplie de sauver ses nouveaux parents adoptifs ; tous les enfants reprennent la supplique en cœur. Shiseru donne une impulsion pour que Dokku la lâche, et tombe dans le vide ; en un éclair, Naruto la rattrape et demande à Dokku d’arrêter le rayon avant de détruire d’un « Orbe Tourbillonnant » dopé par le chakra de Kyûbi le démon qui en est issu. Dokku active la mélodie et tout redevient normal ; Kabuto s’en va, Dokku, Shiseru et les enfants se retrouvent et tout le monde remercie Naruto.

Les ninjas de l'alliance sont de plus en plus méfiants les uns envers les autres à cause des clones blancs de Zetsu. Shikamaru explique à Ino et Chôji que le quartier général a mis au point une stratégie pour démasquer les imposteurs mais cela risque de prendre du temps. Soudain, l’alliance ninja est attaquée par le Quartet du Son, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto. Comme lors de la mission de récupération de Sasuke, Kiba va combattre Sakon et Ukon, Chôji se charge de Jirôbô, Neji affronte Kidômaru, et Shikamaru va à la rencontre de Tayuya. Malgré l’amélioration du sceau maudit de leurs adversaires, et bien que semblant dominés au début du combat, les quatre ninjas de Konoha montrent à leurs adversaires qu'ils ont beaucoup évolué depuis leur dernier affrontement : Shikamaru bat Tayuya grâce à son « Étreinte mortelle de l’ombre », Chôji élimine Jirôbô avec son « Décuplement partiel » de la main, Neji se débarrasse de Kidômaru avec la « Paume du Hakke », et Kiba gagne contre Sakon et Ukon en perforant leur défense avec la « Grande Morsure du Loup ». En route vers le champ de bataille, Naruto ressent soudainement l’aura de haine et de vengeance émise par les quatre ninjas d’Oto ; ces derniers activent une technique dans laquelle Chôji, Neji, Kiba et Shikamaru se trouvent pris…

Naruto invoque deux clones et ils font une partie de cartes pour savoir qui mangera les Nouilles Premium. L'équipe de Gai finit une mission et Tenten demande s'ils veulent l'accompagner aux bains publics mais Lee et Gai veulent s'entraîner. Lee va voir Sakura pour lui transmettre un message puis il va voir Naruto et demande à tout le monde s'ils veulent aller aux bains publics, mais Lee tombe dans les vestiaires des filles et Naruto se retrouve avec le soutien-george de Sakura accroché à sa serviette. Sakura se met en colère et tape Naruto. Lee et tous les autres garçons rendent visite à Naruto et jouent aux cartes mais finissent par partir et le lendemain Naruto pense à ses parents.

Grand-mère Chiyo se souvient du jour où Sasori a appris que ses parents étaient morts. Sasori demande à Chiyo des ingrédients pour son poison. Komuchi, l'ami de Sasori, s'est fait amputer le bras mais Sasori lui fabrique un bras en bois. La mère de Komuchi supplie Sasori de le soigner car il était mort elle le supplie de lui rendre son fils. Sasori avait fait la marionnette de Komuchi pour sa mère.

En prenant le contrôle de Mû, Kabuto explique à Madara qu’il l’a invoqué plus fort qu’il n‘était à son apogée. Ce dernier attaque la 4e division, qu’il domine facilement sans même utiliser de ninjutsu. Naruto, qui est à court de chakra, ne peut agir face à ce nouvel adversaire, qui envoie soudainement une gigantesque attaque katon sur les ninjas, qui peinent à la contenir avec leurs techniques suiton. Madara envoie ensuite une grêle de boules de feu, et utilise la fumée comme écran pour surprendre ses adversaires. Gaara réagit en protégeant les ninjas avec son sable, et avec l’aide de Naruto et Oonoki, ils parviennent à coincer Madara, qui déclenche son Susanô, pour se défendre du « Méga-orbe tourbillonnant » de Naruto. Ce dernier parvient finalement à utiliser le mode « ermite », et tandis que Gaara tire Madara hors de son Susanô, il l’attaque avec un « Orbe shuriken » ; cependant, Madara active son Rinnegan, et absorbe l’attaque. En composant un double mudrā avec les quatre bras de son Susanô, Madara invoque une météorite qui vient s’écraser sur le champ de bataille. Alors que Oonoki parvient, à force de techniques d’allègement, à l’arrêter, une seconde météorite s’écrase sur la première, semant la désolation. Seuls quelques ninjas, ont survécu, dont Gaara, Oonoki et Naruto, et Madara tente d’invoquer Kyûbi, sans succès. Voulant tester les cellules de Hashirama Senju qui lui ont été greffées, Madara utilise alors la technique de la « Naissance de la forêt ».

Depuis des années, Naruto est aux premières loges pour savoir que la haine de Kyûbi est inaltérable. De son côté, le démon renard prend conscience qu'il connaît Naruto mieux que quiconque. Quelle sera sa réaction lorsque que son hôte se met en tête de libérer Yonbi de l'emprise de Madara ?

Retour sur l'origine des techniques maudites du clan Uchiwa : Izanagi et Izanami

Les deux à l'origine de la guerre sont réunis sur un seul front... Que sont devenus les Kages ? Et comment Obito s'est-il allié à Madara ?

Un repaire abandonné d'Orochimaru est découvert. Le Hokake charge Kakashi de l'inspecter, tandis que Danzô y dépêche Kinoe...

Depuis l’attaque de Kyûbi sur le village, le rapport entre les Uchiwa et les autres clans est délétère. Shisui Uchiwa propose au Hokage d’œuvrer dans l’ombre pour rétablir la confiance...

Madara et Obito ont ressuscité Jûbi. Face à la puissance incommensurable du Démon à 10 Queues, l’Alliance Shinobi va devoir serrer les rangs et déployer des trésors d’ingéniosité.

Sasuke se jette dans la bataille pour le salut de Konoha ! Le voici combattant aux côtés de ses anciens compagnons, Sakura et Naruto ! L’équipe 7 est de nouveau reconstituée, pourra-t-elle stopper Jûbi et Madara ?

C’est la confrontation finale entre Kakashi et Obito. Deux visions du monde diamétralement opposées s’affrontent. Qui triomphera de cette lutte à mort ?

Le cœur de tous les membres de l’Alliance bat à l’unisson. Tandis qu’ils s’élancent dans un même élan contre l’Arbre Divin, Obito, lui, semble en proie au doute...

Madara touche enfin au but. Il capture tous les Démons à Queues, mais pire en arrachant son Bijû à Naruto, il le condamne à une mort inexorable.

Gaara et Sasuke pourront-il inverser le cours des choses ?

Malgré ses Byakugans, Neji ne repère aucun adversaire à la ronde. Le Désert du Mal va mettre les sens des shinobis de Konoha à rude épreuve, tandis que ceux de Suna fourbissent leurs armes.

Retour sur le passé de Kakashi et d'Obito que tout semble opposer, jusqu'à une dernière mission extrêmement périlleuse qui marquera un tournant pour ce tandem improbable...

Le légendaire Rikudô en personne apparaît à Naruto dans son for intérieur. Il va lui faire de grandes révélations et lui confier de grands pouvoirs. Mais Naruto n'est pas le seul à bénéficier de la magnanimité du vieil Ermite...

Killer Bee rêve qu’il lutte contre Akatsuki en faisant une coalition avec les autres hôtes, afin de protéger la princesse du château Rappu.

Sasuke lâche sa frustration sur Naruto, qui lui rend bien, les deux commençant à se battre. Minato intervient juste avant que cela ne se transforme en catastrophe. Avec cette confrontation, Sasuke se rend compte Naruto est plus fort que lui. Il décide alors de rejoindre les forces de police de Konoha, afin de progresser et de le battre un jour.

Le Zetsu noir ayant terminé ses explications, le combat reprend. Kaguya est mise en difficulté grâce à une stratégie de Naruto. Mais avant qu'ils ne puissent la sceller, elle les plonge dans une dimension glacée, puis emmène Sasuke dans une autre dimension désertique pour le séparer de Naruto. Obito, soigné par un clone de celui-ci, se réveille, et décide d’aider Sakura à aller chercher Sasuke grâce à son Kamui. Le Sage des Six Chemins apparaît aux Hokage et leur révèle son plan pour ramener l'équipe 7 hors de la dimension de Kaguya.

Le combat continue ; tandis que Sasuke déclenche une nouvelle forme, plus puissante, de Susanô grâce au chakra des démons à queues, Naruto riposte avec des clones sous la forme de Kyûbi. Après avoir confronté leurs meilleures techniques et épuisé presque tout leur chakra, ils poursuivent le combat au taijutsu, jusqu’à ce que Kyûbi transmette à nouveau du chakra à Naruto, mais Sasuke l’absorbe en grande partie avec son Rinnegan. Pour en finir, il combine ses « Mille oiseaux » avec la technique Enton des « Flammes noires », tandis que Naruto le contre avec un ultime « Orbe tourbillonnant ». Les deux attaques s' entrechoquent.

Sasuke reprend à zéro son enquête sur les incidents survenus ces derniers jours : les humains explosifs, le Ketsuryugan, le clan Chinoike, le clan Uchiha, ... Comment sont-ils liés ? Où mène son voyage? Le mystère est sur le point d'être résolu...