Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi. Naruto le pregunta a Sakura quien la había herido a lo que ella responde que fue Orochimaru, el clon de Yamato descubre la trampa pero mientras hablaba con Yamato el clon ve dos notas explosivas y se pierde la conexión de los audifonos, entonces Yamato le cuenta a Naruto que él fue quien hirió a Sakura.

Sasuke esta a punto de utilizar su nueva técnica prohibida pero Orochimaru lo detiene, luego aparece Kabuto y los tres desaparecen entre las llamas. Naruto se decepciona por no poder haber hecho que Sasuke volviera, en Konoha Jiraiya le cuenta a Kakashi lo que pasaron Naruto, Sakura, Yamato y Sai desde que salieron de Konoha. Yamato y Tsunade hablan sobre la misión de Sai. Danzō habla con Sai y lo reta por no haber cumplido con la misión.

El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a la normalidad. Asuma logra matar a Furido donde hace aparición nuevamente Sai. al final del episodio aparecen Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki, persiguiendo a una mujer llamada Yugiito Nii, el jinchūriki del bijū de dos colas.

Naruto muestra avances en su entrenamiento. Sin embargo, llega un mensaje a Jiraiya que hace que éste se deba ir. Mientras tanto, el grupo de Kakashi sigue las pistas que ha dejado Guren, pero uno de los subordinados se entera de la presencia de éstos. Naruto se da cuenta que tanto Gamakichi como Gamatatsu no pueden realizar técnicas Suiton.

Guren trata de atacar a Naruto dentro del Sanbi, pero, en su debilitado estado, es incapaz de hacerlo y se desmaya. Mientras tanto, Kakashi le dice a Sakura y a Ino que sanen a Yūkimaru mientras él, Shizune, Kiba, Sai, e Hinata buscan a Naruto. Naruto y Guren pronto encuentran una horda de mini-sanbi que tratan de atacarlos, pero ellos los eluden y comienzan a discutir sobre Yūkimaru. Mientras Yūkimaru despierta, Naruto llama a un montón de clones de sombra para buscar una salida al estómago de la bestia. En otro lugar, Kabuto da Marcas de Maldición a los hombres de Rinji.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Shira recuerda su pasado, el cual tuvo que entrenar siempre solo ya que no poseía ninguna habilidad en ninjutsu ni genjutsu, es así como Shira entreno al lado de una roca durante bastante tiempo hasta que finalmente la destruyó, Gaara quien noto la ausencia de la roca le pide explicación a Shira de lo ocurrido, Shira le explica su situación, y Gaara decide entrenar con el y además abole la ley de aquellos que no pueden usar jutsus si pueden ser ninjas. Tras escuchar la historia de Shira Lee decide buscar a los ninjas de la arena que traicionaron a Shira y hacer que le pidan disculpas tras derrotarlos, Lee le pide a Shira pelear contra el usando solo taijutsu.

Hōichi un ninja budista aprendiz de Bunpuku, crea una gigantesca tormenta de arena la cual hace que la segunda fase del examen Chunnin sea temporalmente aplazada, el fin de dicha tormenta es lograr que Gaara salga a la batalla. En el cuartel general Temari y Kanguro deciden ir al desierto y ayudar a los equipos que están en problemas, tras ver el esfuerzo de los shinobis de la arena Gaara decide salir a ayudar a los participantes, el equipo de Fū también se refugia de la tormenta pero la Jinchūriki decide ayudar a los demás competidores, en ese momento se encuentra con Gaara y este reconoce el valor de Fū quien le recuerda a Naruto.