Alors que Tendô allait emmener Naruto avec lui, Hinata décide d'intervenir pour sauver Naruto. Elle déclare son admiration et ses sentiments pour Naruto puis se lance dans le combat, mais Tendô la repousse avec la Répulsion Céleste et la poignarde sous les yeux de Naruto qui est alors submergé par le chakra de Kyûbi.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Reconnaissant un visage parmi des photos récupérées des décombres de Konoha, Naruto se remémore une histoire qu’il a vécu plusieurs années auparavant. Alors qu’il avait trouvé et ramené un sceau étrange collé sur une pierre à distance du village, il se réveille avec un fantôme sur son lit. Ce dernier est amnésique et ne se souvient plus des circonstances de sa mort ; après enquête, Naruto retrouve l’homme par le nom marqué sur le sceau, Kisuke ; il s’avère qu’il est dans le coma à l’hôpital ; retrouvant son adresse, Naruto l’amène sur les lieux de sa maison qui a brûlé avec son épouse quelque temps auparavant. Kisuke se rappelle alors qu’il a été éliminé par un jeune homme, Sabiru, qu’il surveillait pour le compte de l’ANBU, le soupçonnant d’être un espion. Ce dernier s’apprête à faire adopter au conseil de Konoha un nouveau système de sécurité pour le village. S’apercevant qu’il était suivi, il a piégé Kisuke et a scellé son âme loin du village. Juste avant le vote sur le projet, Kisuke est assassiné à l’hôpital. Naruto prend alors son apparence et fait intrusion au conseil pour révéler que Sabiru est un espion et qu’il compte prendre le contrôle de la sécurité du village. Mis à mal par Sabiru qui demande des preuves, il est contraint de s’enfuir, poursuivi par Kakashi, les ANBU et Sabiru lui-même. Naruto parvient à convaincre Kakashi de prendre l’apparence de Kisuke pour confondre le traître. Ce dernier se laisse piéger et est finalement vaincu par le « multi-clonage supra » de Naruto possédé par et avec l’apparence de Kisuke. Sabiru est alors assassiné par une fléchette de Kabuto caché non loin. Kisuke demande un dernier service à Naruto avant de retrouver sa femme dans l'autre monde : mettre des tulipes sur leur tombe.

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Killer Bee désire s'initier à l'enka avec Sabu, un chanteur d'enka, laissant croire à son frère qu'il a été capturé, pour s'enfuir du village en toute tranquillité. Pendant ce temps, Sasuke parvient à leur échapper grâce au Susanô en faisant effondrer la salle, et suit Karin qui a repéré Danzô dans la salle du conseil. Ce dernier profite de la confusion pour s’échapper, poursuivi de Ao, tandis que Sasuke doit affronter la Mizukage. Affaibli par son combat précédent, il ne peut résister à ses techniques de corrosion qui érodent son Susanô, mais Zetsu vient à son secours en neutralisant son adversaire et en lui fournissant du chakra. Sasuke se heurte alors au Tsuchikage et est sauvé par Madara.

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Konohamaru souhaite participer à la guerre qui va bientôt commencer. Il part voir Sakura avec ses deux coéquipiers Moegi et Udon, mais elle leur fait ranger des boîtes de médicaments. Il décide alors d'aller voir Tsunade, qui lui fait comprendre par la colère que c'est une mauvaise idée ; elle se rappelle le jour où elle a confié son collier à son petit frère Nawaki. Ils tombent ensuite sur Shikamaru, à qui Konohamaru explique sa rancœur de ne pas pouvoir combattre en tant que ninja de Konoha à part entière. Ce dernier lui demande quel « roi » il pense protéger, et lui dit qu’il ne sera pas un ninja à part entière tant qu’il n’aura pas la réponse. Konohamaru voit arriver Temari apportant un message de Gaara a Tsunade, et décide de l’intercepter à son retour vers Suna pour la défier. Ses deux coéquipiers vont chercher Shikamaru paniqués. Dans la forêt de Konoha, Konohamaru et Temari s'affrontent, et cette dernière se moque du jeune ninja après l’avoir mis à terre. Losqu’elle dit que Naruto ne peut pas avoir d’élève valable, Konohamaru furieux décide d’utiliser l’« Orbe tourbillonnant » sur elle ; Temari se prépare à la contrer avec sa « Lame du vent », mais Shikamaru intervient et arrête le jeune ninja, dont la technique crée un grand cratère dans le sol. Lorsque Moegi lui donne une claque, Konohamaru comprend que leur tâche de protection des personnes âgées et des enfants lorsque les adultes sont au combat est très importante, surtout si l’ennemi attaque le village. Temari reprend son chemin, en reconnaissant la valeur de Konohamaru et de l’enseignement de Naruto.

Saï profite d’un jour de congé pour se promener dans le chantier de reconstruction de Konoha et dessiner. En voyant une dispute entre deux enfants qui lui font penser à Naruto et Sakura, il se remémore son intégration à l’équipe 7 et ses relations tendues du début avec Naruto. Une nuit, lors de leur voyage pour chercher Sasuke chez Orochimaru, Naruto l’avait provoqué en combat avant de lui expliquer qu’ils devaient travailler comme coéquipiers pour avoir une chance de retrouver le jeune renégat. Il se souvient alors de ce lien fort entre Naruto et Sasuke qui a fait basculer sa propre vie, lui faisant établir des liens avec les autres. Arrivé à l’écart du village, il dessine sur les futurs panneaux d’une maison en passe d’être reconstruite l’équipe 7 avec Sakura, Sasuke, Naruto et lui se tenant la main.

Kiba rêve de son enfance, losqu’avec Shikamaru, Chôji et deux autres élèves de leur classe, ils pariaient des bonbons à la course et qu’il gagnait toujours. Pour une des courses, Naruto les rejoint et arrive bon dernier ; Kiba lui dit qu’il pourra le défier à nouveau quand il aura battu son record. Lorsque Kiba se réveille, sa mère lui rappelle qu'il doit se préparer à la guerre et lui fait comprendre qu'il ne progresse pas comparé à Naruto ; il décide donc de s'entraîner avec Akamaru. Kakashi le surprends lors de son entraînement, et Kiba le supplie de l’entraîner ; Kakashi laisse l'escouade des « crocs traqueurs » se charger de son entraînement. Kiba tente à plusieurs reprises de dérober un parchemin au chien sans succès, car il fonce tête baissé et tombe systématiquement dans les pièges de la meute de Kakashi. Kiba renonce et s’en va. Akamaru l’entraîne à l’arbre où étaient gravés ses records à la course et il remarque que Naruto y a marqué son nom ; il voit alors Hinata qui s’entraîne non loin ; elle lui explique qu’à force de persévérance et d’entraînement, Naruto a fini par réussir à battre son record. Kiba change alors d’état d’esprit et décide de retourner affronter Pakkun et sa meute, et de ne plus jamais abandonner. Il parvient finalement à lui dérober le parchemin, et établit un nouveau record de course pour montrer qu’il ne se laissera plus distancer par Naruto.

Alors qu’il est en grand danger de se laisser submerger par la haine de Kyûbi, Naruto voit apparaître sa mère, Kushina ; elle interrompt le processus, et immobilise le démon renard avec son chakra particulier, lui révélant qu’en scellant Kyûbi en lui, son père, Minato, a introduit un peu de ce dernier dans le sceau pour aider leur fils à prendre le contrôle de Kyûbi au moment venu. Naruto en profite pour lui demander de quelle manière elle est tombée amoureuse de son père. Kushina lui raconte son arrivée à Konoha, sa première rencontre avec Minato, et combien les autres enfants de l’académie lui faisaient des misères à cause de ses cheveux, et de son origine étrangère. Elle lui explique que Minato a été le premier à la complimenter sur ses cheveux, lorsqu’il l'a sauvée d'un enlèvement orchestré par Kumo, faisant de lui l’homme de ses rêves.

Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l’onde de choc de la technique de Gaï. Ce dernier a terrassé Kisame et lui explique que sa technique est du taijutsu pur, avant de l’assommer. De retour sur l’île, Yamato coince Kisame dans un carcan et Aoba explore ses souvenirs pour tenter d’obtenir des informations sur Akatsuki. Il voit comment le ninja de Kiri a dû tuer des camarades par ordre de son supérieur Fuguki Suikazan, afin de ne pas laisser des renseignements tomber aux mains de l’ennemi, puis comment Kisame a assassiné Fuguki sur ordre du 4e Mizukage Yagura, récupérant ainsi son épée Samehada. Alors que Aoba s’apprête à voir le visage de Madara Uchiwa quand ce dernier se révèle à Kisame, manipulant Yagura, pour lui proposer de travailler pour lui, Kisame se mord la langue pour reprendre conscience, se libère du carcan, s’entoure d’une bulle d’eau et y invoque des requins qui le dévorent. Avant de mourir, Kisame repense aux paroles d’Itachi, son camarade au sein d’Akatsuki, à propos de ceux qui ont dû tuer leurs camarades, ne sachant plus quelle est leur identité. En voulant voir le contenu du parchemin que Kisame s’apprêtait à transmettre, Gaï déclenche un piège qui bloque tous les ninjas présents dans des bulles d’eau avec des requins, pendant qu’un autre requin s’enfuit avec les informations.

Suite de la rétrospective, combat contre Gaara et le Shukaku contre lesquels Sasuke échoue, tandis que Naruto réussit ; puis le face à face avec Itachi et Kisame durant le voyage de Naruto et Jiraya pour retrouver Tsunade. Cassé physiquement et psychologiquement par son grand frère, Sasuke se retrouve à l’hôpital et doit être soigné par Tsunade ; lors de sa convalescence, il provoque Naruto en duel, jaloux des progrès de son camarade, et remarque au moment où Kakashi interrompt le duel la puissance de la nouvelle technique de Naruto, l’« Orbe Tourbillonnant ». Abordé par le Quartet du Son, Sasuke se voit proposer de rejoindre Orochimaru pour gagner plus de puissance.

Les Zetsu blancs s’introduisent la nuit dans le camp des samouraïs, et parviennent à libérer Deidara qui y était retenu prisonnier. Mifune, Okisuke et Kurotsuchi, qui était venue interroger Deidara pour savoir où étaient Kabuto et Sasuke partent à leur poursuite avec une escouade de samouraïs, mais ils n’ont qu’un ninja pouvant utiliser le raiton à l’aide d’une batterie pour repousser le bakuton de l’artiste. Deidara, qui a appris de Kurotsuchi que Sasuke a survécu à son « Art Ultime » et a rejoint Akatsuki est terriblement vexé ; alors que Kabuto s’apprête à le rappeler, il lui demande de le laisser combattre les samouraïs pour regagner son honneur d’artiste et perfectionner un « Super Art Ultime ». Avec Chûkichi, Kabuto fait gagner du temps à Deidara et lui permet d’atteindre un terrain où il peut trouver de l’argile. Leur premier combat avec Deidara est un échec, le ninja utilisant le raiton n’étant pas assez puissant pour contenir les explosions de Deidara, mais ce dernier est désespéré en voyant que son corps ne peut être détruit et est donc incompatible avec son esthétique d’artiste de l’art éphémère. Deidara repart pour tenter de trouver la voie vers le « Super Art Ultime ». Comprenant qu’il est obsédé par Sasuke qui a hautainement ignoré son art, Kurotsuchi prend la forme du jeune ninja rénégat pour aller au devant de Deidara, et l’attire sur un terrain pierreux où ce dernier ne peux pas dévier le raiton. Mifune perce Deidara de son sabre, et lui envoie une décharge de raiton suffisante pour bloquer son bakuton ; Kankurô l’enferme à nouveau dans sa marionnette Kuroari. Sur le chemin du retour, Deidara réfléchit à ce que pourriat être son « Super Art Ultime ».

L’action se passe entre l’attaque de Pain et le contrôle de Kyûbi par Naruto. Alors que le cimetière de Konoha a été profané, et la faux de Hidan volée dans la forêt des Nara, Tsunade envoie Yamato, Saï, Naruto et Sakura au village de Tonika placé au centre d’un lieu sacré appelé « The Hole », et dont tous les habitants ont été massacrés. Quand ils arrivent sur place, le groupe rencontre la milice d'un village allié voisin, Hachô, qui mène l'enquête sur le drame. Peu après, ils rencontrent Kabuto en train de faire des expériences ; utilisant l’eau autour du village comme catalyseur, il développe des serpents conçus avec les cellules d’Orochimaru pour créer des formes de vie ; il est ainsi parvenu à recréer Hidan qui attaque Yamato. Kabuto invoque avec la « Réincarnation des âmes » Deidara, Hayate et quelques autres ninjas qui engagent le combat avec respectivement Saï, Sakura et la milice de Hachô, tandis que Naruto est entraîné au fond de l’eau par les serpents de Kabuto.

Flashback d’avant la destruction du village ; deux enfants, Mina et Leo parlent de leur sensei Dokku avant d’aller dormir. Au cours de la nuit, ils sont réveillés par des explosions : Deidara et les autres invocations de Kabuto attaquent le village, tuant les habitants et mettant le feu aux maisons. Coincés dans leur maison par un incendie, ils sont sauvés par Dokku qui les entraine loin du village ; avant de repartir sauver d’autres enfants, Dokku laisse sa veste à Mina transie, et leur dit de rejoindre le village de Hachô ; dans la veste, ils trouvent deux étranges barres de métal. Au matin, les enfants parcourent le village carbonisé, sans trouver Dokku ; ils se mettent en route vers Hachô, traversant une étendue aride en suivant un pipeline. Vers la fin de la journée, Mina n’en peut plus et s’effondre. Alors que le soleil se couche, ils voient arriver derrière eux Dokku s’appuyant sur une béquille, avec trois autres enfants.

Mina a des visions concernant Naruto et des serpents qui lui font peur. Kabuto utilise le garde de Tonika pour créer une nouvelle invocation. Naruto, bien que de plus en plus mal, accepte d’entraîner les enfants, tandis que Deidara et Hidan sont attaqués par Yamato, Saï et quelques gardes. Après l’entraînement, les enfants commencent à former une véritable famille avec Dokku et Shiseru, mais de retour à la maison, Mina agresse Naruto en le frappant au ventre et en disant « va-t’en » ; Shiseru la gifle. Le lendemain, ils reçoivent la visite du chef de Tonika qui semble avoir survécu ; il demande à Dokku où est la partie du trésor qu’il lui a confié, mais Mina a une vision et ils découvrent que c’est une invocation de Kabuto ; ce dernier apparaît et les attaque avec d’autres invocations pour obtenir l’emplacement du trésor de force. Durant le combat, Naruto se roule soudainement par terre de douleur, et Mina le frappe à nouveau en disant « va-t’en » ; il vomit alors des serpents de Kabuto qui s’assemblent pour former un Naruto revêtu du manteau de Kyûbi à quatre queues, qui attaque Sakura, puis Naruto, les mettant hors de combat.

Les ninjas de l'alliance sont de plus en plus méfiants les uns envers les autres à cause des clones blancs de Zetsu. Shikamaru explique à Ino et Chôji que le quartier général a mis au point une stratégie pour démasquer les imposteurs mais cela risque de prendre du temps. Soudain, l’alliance ninja est attaquée par le Quartet du Son, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto. Comme lors de la mission de récupération de Sasuke, Kiba va combattre Sakon et Ukon, Chôji se charge de Jirôbô, Neji affronte Kidômaru, et Shikamaru va à la rencontre de Tayuya. Malgré l’amélioration du sceau maudit de leurs adversaires, et bien que semblant dominés au début du combat, les quatre ninjas de Konoha montrent à leurs adversaires qu'ils ont beaucoup évolué depuis leur dernier affrontement : Shikamaru bat Tayuya grâce à son « Étreinte mortelle de l’ombre », Chôji élimine Jirôbô avec son « Décuplement partiel » de la main, Neji se débarrasse de Kidômaru avec la « Paume du Hakke », et Kiba gagne contre Sakon et Ukon en perforant leur défense avec la « Grande Morsure du Loup ». En route vers le champ de bataille, Naruto ressent soudainement l’aura de haine et de vengeance émise par les quatre ninjas d’Oto ; ces derniers activent une technique dans laquelle Chôji, Neji, Kiba et Shikamaru se trouvent pris…

Chôji porte le Seigneur dans sa malle en osier et visitent des restaurants tandis que Naruto se fait repérer par le samourai Tatewaki. Shikamaru, le Seigneur, Ino et Chôji arrivent au palais. Tatewaki va au palais pour sauver le daimyo et se fait toucher par des aiguilles empoisonnées. Naruto, Shikamaru et les autres vont au pays de Si. Naruto se bat contre Tatewaki et finit par se tuer lui-même.

Des Zetsus blancs attaquent l'unité de Shikamaru et un étrange garçon fait pleuvoir. Ils reconnaissent le jeune garçon nommé Yota. Shikamaru, Chôji et Ino se rappellent que Chôji avait lancé ses kunais mais ne les retrouvait pas : Yota est accroché à un arbre par les kunais de Chôji, ils le libèrent. Son estomac gargouille et ils lui donnent leur déjeuner. Sakura les suit et rencontre Yota.

Shino retrouve Torune. Ils se rappellent qu'ils restaient souvent ensemble, mais un jour Danzô voulut qu'il intègre la Racine et il dit adieu à Shino. Naruto sauve Shino mais Torune donne un coup de poing à Naruto, Shino passe alors devant et lui explique qu'il a élevé ces insectes empoisonnés. Shino scelle Torune et Naruto reprend sa route avec lui.

En prenant le contrôle de Mû, Kabuto explique à Madara qu’il l’a invoqué plus fort qu’il n‘était à son apogée. Ce dernier attaque la 4e division, qu’il domine facilement sans même utiliser de ninjutsu. Naruto, qui est à court de chakra, ne peut agir face à ce nouvel adversaire, qui envoie soudainement une gigantesque attaque katon sur les ninjas, qui peinent à la contenir avec leurs techniques suiton. Madara envoie ensuite une grêle de boules de feu, et utilise la fumée comme écran pour surprendre ses adversaires. Gaara réagit en protégeant les ninjas avec son sable, et avec l’aide de Naruto et Oonoki, ils parviennent à coincer Madara, qui déclenche son Susanô, pour se défendre du « Méga-orbe tourbillonnant » de Naruto. Ce dernier parvient finalement à utiliser le mode « ermite », et tandis que Gaara tire Madara hors de son Susanô, il l’attaque avec un « Orbe shuriken » ; cependant, Madara active son Rinnegan, et absorbe l’attaque. En composant un double mudrā avec les quatre bras de son Susanô, Madara invoque une météorite qui vient s’écraser sur le champ de bataille. Alors que Oonoki parvient, à force de techniques d’allègement, à l’arrêter, une seconde météorite s’écrase sur la première, semant la désolation. Seuls quelques ninjas, ont survécu, dont Gaara, Oonoki et Naruto, et Madara tente d’invoquer Kyûbi, sans succès. Voulant tester les cellules de Hashirama Senju qui lui ont été greffées, Madara utilise alors la technique de la « Naissance de la forêt ».

Naruto veut ramener Sasuke au village, mais Sasuke souhaite plus que tout vaincre Naruto. Pourquoi Sasuke est-il un haineux ? Comment ses sentiments envers Naruto se sont-ils développés ? La vérité remonte à la surface pendant Sasuke engage le combat. Où cette bataille mènera-t-elle ?

Les démons à queues et Madara sont éjectés, ne laissant plus que la coquille vide de la statue du Démon des Enfers. Zetsu Noir tente de s’enfuir, mais Naruto le retrouve et l'envoie rejoindre Kaguya dans la nouvelle Lune créée pour la sceller. Le Sage des Six Chemins invoque plusieurs Kage des générations précédentes pour ramener tout le monde de la dimension de Kaguya. Kakashi dit adieu à Obito, tandis que Hashirama fait de même avec Madara et Naruto avec son père, à qui il demande de tout raconter à sa mère.

Le combat continue ; tandis que Sasuke déclenche une nouvelle forme, plus puissante, de Susanô grâce au chakra des démons à queues, Naruto riposte avec des clones sous la forme de Kyûbi. Après avoir confronté leurs meilleures techniques et épuisé presque tout leur chakra, ils poursuivent le combat au taijutsu, jusqu’à ce que Kyûbi transmette à nouveau du chakra à Naruto, mais Sasuke l’absorbe en grande partie avec son Rinnegan. Pour en finir, il combine ses « Mille oiseaux » avec la technique Enton des « Flammes noires », tandis que Naruto le contre avec un ultime « Orbe tourbillonnant ». Les deux attaques s' entrechoquent.

"Mon plus grand rêve, c'est de surpasser les Hokage ! Comme ça, le village entier sera bien obligé de reconnaître mon existence !" Fidèle à sa parole, Naruto a suivi son propre chemin jusqu'à obtenir la reconnaissance de tous. Il n'est pas devenu seulement un grand Ninja mais aussi le héros qui a sauvé le monde. Mais quel chemin prendra Naruto maintenant ?