Le combat entre Gaara et Deidara s'intensifie. Ce dernier se fait broyer un bras par les techniques de sable de Gaara, mais continue le combat. Les mesures d'urgence sont prises au sein de Suna pour la protection du Kazekage et du village.

Kankurô part à la poursuite des deux membres de l'Akatsuki ; pendant ce temps, Suna lance un appel à l'aide à leurs alliés de Konoha.

L'équipe de Kakashi part en urgence à Suna.

Les deux équipes de Konoha arrivent devant le repaire de l'Akatsuki en train de terminer d'extraire le Shukaku.

Les jutsu à base de limaille de fer du 3e Kazekage bloque les marionnettes de Chiyo. Flashback sur le passé de Sasori et la création de ses 2 premières marionnettes à l'effigie de ses parents morts au combat. Sakura, dirigée par Chiyo évite les colonnes de sable ferreux de Sasori.

Kakashi utilise le pouvoir de son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » sur Deidara et lui arrache l'autre bras. Peu après, Naruto utilise l’« Orbe tourbillonnant » contre Deidara et parvient à libérer Gaara.

L'espion de Sasori arrive enfin et Yamato transformé en Sasori découvre qu'il est en réalité Kabuto et qu'il a été libéré de l'emprise de Sasori par Orochimaru. Celui-ci apparaît ; le face-à-face entre les 2 équipes commence.

Note : cet épisode débute l'arc mineur du combat sur le pont.

Naruto revient à lui, et Yamato explique que Saï a disparu et est probablement impliqué dans une grande conspiration menée par Danzô. Un clone de Yamato est sur la piste du jeune homme.

Au moment où Sasuke s'apprête à tuer toute l'équipe Yamato, Orochimaru l'arrête et part avec lui. L'équipe rentre ensuite au village. Tsunade, Jiraya et Kakashi apprennent tout ce qui s'est passé et le stratagème de Danzô. Toutefois, Saï, différent de ce qu'il était avant cette mission, reste dans l'équipe et redécouvre le sens du mot ami.

Quatre bandits ont enlevé la dépouille de Kitane, un des douze ninjas gardiens qui protégeait le roi Féodal.

On apprend dans un flash-back que le père de Sora a été tué par Asuma Sarutobi. Pendant ce temps, Sora et Naruto s'entraînent au fūton.

La vérité sur les pouvoirs de Sora est dévoilée : son corps renferme une rémanence du chakra de Kyûbi. Sora se met alors en colère et fait sortir son pouvoir.

Hidan et Kakuzu attaquent le Temple du Feu, et tuent Chiriku, un ami d'Asuma et ancien gardien. Le Temple est détruit, et le corps de Chiriku est emmené pour être échangé contre une prime.

Alors que Naruto continue son entraînement pour perfectionner son « Orbe tourbillonnant », il prend connaissance de la fin tragique d'Asuma. Pendant ce temps le chef de l'Akatsuki rappelle à ses membres les motivations et l'objectif final de l'organisation.

Asuma enterré, son équipe prépare sa vengeance, et Kakashi décide de les aider dans cette mission périlleuse.

Un ANBU envoie une lettre concernant la découverte d'un repaire d'Orochimaru.

Gamakichi et Gamatatsu ne peuvent pas utiliser le suiton. De son côté, Guren supprime la plupart des hommes qu'elle a sélectionné et qui tentaient de se rebeller. Ils restent Rinji et ses 3 acolytes.

Sanbi fait son apparition mais devient subitement incontrôlable, quant aux membres de l'Akatsuki, ils sont déjà en route pour la capture de celui-ci.

Guren et Rinji réussissent à empêcher Konoha de sceller Sanbi.

C'est l'histoire de la jeunesse de Jiraya, à la recherche de sa destinée : sa découverte du Mont Myôboku, ses voyages, sa formation avec le 3e Hokage et ses condisciples Orochimaru et Tsunade et sa vie durant la 3e grande guerre ninja.

Sasuke parvient à briser le genjutsu en combinant son Sharingan à la puissance du sceau maudit d’Orochimaru ; les deux frères commencent alors un duel de ninjutsu. Pour surpasser la boule de feu de Sasuke, Itachi utilise la « Lumière céleste ».

Quatre bandits attaquent le mont Katsuragi abritant Hotaru, l'héritière d'une technique interdite créée par son grand-père Enno Gyoja, son serviteur, et Utakata, un vagabond ayant sauvé la jeune fille par le passé et utilisant des techniques à base de bulles de savon. Un ancien accord secret entre Konoha et le village de Hotaru pousse Tsunade à donner l'ordre à l'équipe 7, menée par Yamato, de partir en direction du mont Katsuragi afin d'aider les assiégés. Ils n'y trouvent que le serviteur dans un mauvais état d'avoir couvert la fuite des deux jeunes gens. L'équipe 7 rattrape les fuyards dans le but de les escorter jusqu'au village caché de Hotaru, mais Naruto attaque Utakata, pensant que ce dernier voulait du mal à Hotaru. Après la dissipation du malentendu, Utakata laisse la jeune fille aux mains des ninjas de Konoha et s'envole dans une bulle de savon.

Naruto se fait piéger par les bandits et Shiranami. Ce dernier part à la rencontre de Hotaru et l'attire dans un piège. Utakata libère Naruto et ils suivent la trace des bandits jusqu'au village de Tsuchigumo. Les villageois sont tous sous l'emprise d'une technique de sceau de Shiranami et les attaquent. Saï les retrouve, et le reste de l'équipe 7 intervient. Tandis qu'ils s'occupent des villageois et des bandits, Naruto et Utakata partent sauver Hotaru, prisonnière du rituel qu'a débuté Shiranami pour extraire la technique interdite : il est à la recherche de celle-ci depuis qu'il a tué son père dans l'espoir de la récupérer.

Tendô discute avec Tsunade. Pendant ce temps, Ningendô arrache l'âme de Shizune et découvre que Naruto se trouve au Mont Myôboku. Tendô fait alors exploser Konoha avec la puissance maximale de sa technique de répulsion. Naruto revient au village en mode ermite accompagné des crapauds Fukasaku, Shima, Gamabunta, Gamahiro, Gamaken et Gamakichi.

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Trois ninjas de Kumo arrivent à Konoha pour demander l’autorisation de prendre Sasuke en chasse ; Danzô leur donne l’autorisation… Apprenant que Sasuke va être pourchassé, Naruto et Sakura demandent à Saï des informations sur Danzô mais ce dernier ne peut pas leur en parler à cause d’un sceau sur sa langue qui l’immobiliserait s'il venait à parler de la Racine. Entendant le nom de Sasuke, Omoï et Karui attaquent et interrogent Naruto, Sakura et Saï pour leur extorquer des renseignements sur Sasuke ; les informant que Sasuke a capturé leur maître Killer Bee. Pendant ce temps, l’équipe Taka est arrêtée par Madara en cours de route vers Konoha ; ce dernier informe Taka de la défaite de Pain et que Danzô, le responsable du destin d’Itachi, a été élu Hokage, les kage vont délibérer au « Conseil des cinq kage » à propos des attaques de l’Akatsuki…

Suigetsu et Jûgo sont arrêtés par les samouraïs du Pays du Fer, tandis que Saï, trahissant Sakura, avertit Naruto à l’aide d’un clone. Saï explique à Naruto que Sakura est déterminée à retrouver Sasuke afin de l’éliminer elle-même. L’équipe de Gaara intervient et informe Naruto, Kakashi, Yamato et Saï de ce qu’il s’est passé au conseil et transmet la charge de Hokage par intérim à Kakashi. Gaara décide à son tour de parler à Naruto au sujet de Sasuke et lui conseille de faire le bon choix. Pendant ce temps, Madara intercepte Danzô et maîtrise ses gardes du corps Fû et Torune ; il fait alors apparaître Sasuke et Karin devant Danzô qui libère son bras droit sur lequel sont greffés des yeux possédant le Sharingan.

Naruto se réveille et repense à Sasuke, il parvient ensuite à déjouer la surveillance de Yamato et à fuir la chambre où il était confiné pour partir aussi en direction de la zone du combat, utilisant ses sens en mode ermite. Il repense à toutes ses discussions concernant Sasuke et saura maintenant quoi faire quand il se trouvera face à lui.

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

En voyant une coccinelle sur le bateau, Naruto se dit que ça lui fait penser à quelqu’un… À Konoha, Shino parle à ses élèves et leur dit qu’il a peur de la guerre mais pense qu’il survivra car il a des amis sur qui compter. Il se remémore une mission de l’équipe 8 avec Hinata et Kiba du temps où ils étaient genin. Devant arrêter un voleur, ils se font battre, ce dernier attaquant Shino au taijutsu avant de lui déclarer qu’il est faible. Ils se rendent compte que le voleur est un jōnin renégat et qu’ils n’avaient aucune chance de le vaincre, mais le mal est fait, Shino est vexé et ne souhaite plus faire partie de l’équipe de peur de ne pouvoir être un soutien pour ses camarades. Kurenaï les envoie alors en mission près de sources chaudes ; Hinata et Kiba entraînent Shino au taijutsu, et le jeune ninja devient finalement suffisamment fort pour contenir ses deux camarades et éviter la « Morsure de l’homme-bête » de Kiba. Il est cependant toujours vexé, et quand ils apprennent par un pigeon messager que le ninja renégat est dans le coin, il refuse tout d’abord de suivre ses camarades pour le tracer. Repérés, Kiba et Hinata doivent combattre et se font piéger ; au moment où ils reçoivent un explosif, ils sont protégés par une sphère d’insectes : Shino est revenu. Le jōnin l’attaque au taijutsu, mais avec un clone d’insectes, Shino finit par le vaincre sans même lui laisser le temps de faire des signes de ninjutsu. Achevé par Hinata et Kiba, le voleur est fait prisonnier, et Shino réintègre l’équipe 8, avec la confiance de ses camarades pour assurer leurs arrières. Sur le bateau, Naruto ne se souvient toujours pas à qui lui fait penser l’insecte.

Alors qu’il est en grand danger de se laisser submerger par la haine de Kyûbi, Naruto voit apparaître sa mère, Kushina ; elle interrompt le processus, et immobilise le démon renard avec son chakra particulier, lui révélant qu’en scellant Kyûbi en lui, son père, Minato, a introduit un peu de ce dernier dans le sceau pour aider leur fils à prendre le contrôle de Kyûbi au moment venu. Naruto en profite pour lui demander de quelle manière elle est tombée amoureuse de son père. Kushina lui raconte son arrivée à Konoha, sa première rencontre avec Minato, et combien les autres enfants de l’académie lui faisaient des misères à cause de ses cheveux, et de son origine étrangère. Elle lui explique que Minato a été le premier à la complimenter sur ses cheveux, lorsqu’il l'a sauvée d'un enlèvement orchestré par Kumo, faisant de lui l’homme de ses rêves.

Alors que Gaï subit le contre-coup de sa technique, Motoï décide de faire déplacer l’île, expliquant aux ninjas de Konoha que c’est une tortue géante. Aoba explique à Naruto la mission de rang S qui lui est assignée : rassembler une unité d’animaux de combat. Malgré le côté peu crédible de la mission, Naruto la prend rapidement à cœur et se met au travail.

Pendant ce temps, Kabuto propose à Madara d’aller chercher Naruto en suivant les instructions de Kisame ; il s’intéresse également à Yamato qui possède le génome du 1er Hokage, et pense pouvoir l’utiliser pour renforcer les forces de Madara. Ce dernier, étonné que Kabuto en sache autant lui montre alors certains de ses secrets : la statue du Démon des enfers, une copie du 1er Hokage faite à partir de cellules récupérées lors de son combat contre lui, et 100 000 Zetsu blancs créés avec le chakra des démons à queues.

Les cinq Kage et Mifune décident d’envoyer du renfort pour protéger Bee et Naruto ; le 3e Tsuchikage souhaite y aller avec ses acolytes en volant. Arrivés sur les lieux, ils rencontrent Kabuto et son invocation, Deidara sur un oiseau d’argile ; le combat aérien s’engage…

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Izumo, Kotetsu et Darui engagent le combat contre Kakuzu, dont les « masques » attaquent l’alliance ; Tenten a récupéré l’éventail de feuilles de palme et s’en sert pour détruire le masque raiton. Shikamaru, Ino et Chôji reçoivent pour mission de combattre Asuma, leur ancien maître ; ils engagent le combat, mais au dernier moment, Chôji ne peut se résoudre à le frapper et Ino est obligée de le sauver d’une attaque d’Asuma. Ce dernier et ses camarades essaient de le remotiver pour poursuivre le combat ; Chôji se souvient alors de quand à l’entraînement, Asuma lui avait dit que sa gentillesse deviendrait sa force pour protéger ses amis. Asuma lui dit que ce moment est venu ; il lui supplie de l’arrêter et le traite de « gros » pour le mettre en colère.

Depuis des années, Naruto est aux premières loges pour savoir que la haine de Kyûbi est inaltérable. De son côté, le démon renard prend conscience qu'il connaît Naruto mieux que quiconque. Quelle sera sa réaction lorsque que son hôte se met en tête de libérer Yonbi de l'emprise de Madara ?