Pendant que Kabuto accompagné de son invocation Deidara et le 3e Tsuchikage accompagné de ses acolytes se font face, Manda recréé par Kabuto attaque la tortue-île que Deidara retourne avec une explosion. Pendant que le Tsuchikage tente d’éloigner Deidara pour pouvoir l’attaquer avec son Jinton sans détruire la tortue, Kabuto descend sur le ventre de la carapace pour chercher Naruto et Killer Bee. Yamato, Aoba et Motoï viennent à sa rencontre, tandis que Kurotsuchi l’attaque avec une technique Yōton et parvient à l’immobiliser dans une sorte de ciment à prise rapide. Alors que Aoba s’apprête à lui soutirer des informations, Kabuto « mue » et s’enfuit sous forme de serpent en avalant Yamato, puis part se cacher dans la narine de Manda qui disparaît ; l’invocation de Deidara est également annulée avant que le Tsuchikage ne puisse lui porter une attaque. Kabuto amène Yamato à Madara en lui affirmant qu’il peut l’utiliser pour rendre les Zetsu plus forts ou lui soutirer des informations sur Naruto et l’alliance ninja.

Maki se souvient de sa jeunesse, lorsqu’elle était apprentie de l’héroïne du village de Suna, Pakura, s’entraînant pour venger la mort de son père, de la main d’un ninja du village de Kiri. Elle se rappelle ensuite la mort de Pakura, soi disant lors d’une mission contre le village d’Iwa.

Sur le champ de bataille, Maki travaille avec des ninjas d’Iwa pour combattre Gari qu’ils parviennent à mettre hors d’état. Au moment où Maki s’apprête à le sceller, Pakura apparaît ; alors que Maki lui demande pourquoi elle combat, Parkura lui explique qu’elle veut évacuer sa frustration d’avoir été utilisée comme un pion par Suna, et se venger de Kiri où elle avait été envoyée pour y être tuée comme monnaie d’échange pour la paix entre les deux villages, pensant n’être qu’une émissaire. Sous le choc de cette révélation, Maki tente de défendre Ruka, une jeune coéquipière de Kiri, en demandant à Pakura d’oublier le passé et de ne pas impliquer la jeune génération dans sa vengeance. Prétendant qu’elle veut tout de même épancher sa haine et sa douleur et ne peut désobéir aux ordres de son invocateur, Pakura les attaque, forçant Maki à utiliser une technique de dissimulation pour se cacher avec ses compagnons. Pakura les met à découvert en brûlant une large zone de forêt ; Maki tente encore de la convaincre d’oublier le passé, et protéger l’avenir en restant un héros de Suna, sans résultat. Omoï et Saji surviennent et engagent le combat contre Pakura, couverts par Maki et Ruka ; au moment où ils parviennent à piéger Pakura, Gari qui a été régénéré rejoint le combat. Reprenant ses esprits, Pakura reconnaît comme son ancienne élève est devenue forte, et décide de la protéger en bloquant Gari qui voulait s’en prendre à elle ; elle dit à ce dernier qu’elle veut donner une chance à la nouvelle génération, et laisse les quatre ninjas de l’Alliance s’enfuir, avant que sa conscience ne soit submergée par Kabuto.

Mina a des visions concernant Naruto et des serpents qui lui font peur. Kabuto utilise le garde de Tonika pour créer une nouvelle invocation. Naruto, bien que de plus en plus mal, accepte d’entraîner les enfants, tandis que Deidara et Hidan sont attaqués par Yamato, Saï et quelques gardes. Après l’entraînement, les enfants commencent à former une véritable famille avec Dokku et Shiseru, mais de retour à la maison, Mina agresse Naruto en le frappant au ventre et en disant « va-t’en » ; Shiseru la gifle. Le lendemain, ils reçoivent la visite du chef de Tonika qui semble avoir survécu ; il demande à Dokku où est la partie du trésor qu’il lui a confié, mais Mina a une vision et ils découvrent que c’est une invocation de Kabuto ; ce dernier apparaît et les attaque avec d’autres invocations pour obtenir l’emplacement du trésor de force. Durant le combat, Naruto se roule soudainement par terre de douleur, et Mina le frappe à nouveau en disant « va-t’en » ; il vomit alors des serpents de Kabuto qui s’assemblent pour former un Naruto revêtu du manteau de Kyûbi à quatre queues, qui attaque Sakura, puis Naruto, les mettant hors de combat.

Disonas est tué par le démon sorti du rayon de puissance ; Naruto engage le combat contre ce dernier mais est blessé sérieusement ; Kyûbi lui prête alors de son chakra. Dokku et Shiseru décident d’aller arrêter le rayon de puissance et font leurs adieux aux orphelins, pensant y laisser leur vie ; Shiseru se réconcilie avec Mina. En cours de route, Dokku demande à Shiseru de l’épouser s’ils s’en sortent ; arrivés devant le mécanisme générant les mélodies, Dokku se souvient d’un air que Mina fredonnait et comprend que c’est celui qui arrêtera le rayon. Blessé à nouveau, Naruto prend la forme de Kyûbi et perd le contrôle. Avant que Dokku ne puisse activer la mélodie, la terre se fissure sous l’action du combat des deux démons et il rattrape de justesse la main de Shiseru avant qu’elle ne tombe dans la lave, mais il ne peut la remonter. Ils s’avouent qu’ils s’aiment mutuellement depuis le jour de la chute de Shiseru, et elle supplie Dokku de la laisser tomber pour faire son devoir. Yamato tente de bloquer Kyûbi avec son mokuton, mais n’y parvient pas ; en suppliant Naruto de ne pas abandonner, Mina parvient à lui faire reprendre sa forme normale et le supplie de sauver ses nouveaux parents adoptifs ; tous les enfants reprennent la supplique en cœur. Shiseru donne une impulsion pour que Dokku la lâche, et tombe dans le vide ; en un éclair, Naruto la rattrape et demande à Dokku d’arrêter le rayon avant de détruire d’un « Orbe Tourbillonnant » dopé par le chakra de Kyûbi le démon qui en est issu. Dokku active la mélodie et tout redevient normal ; Kabuto s’en va, Dokku, Shiseru et les enfants se retrouvent et tout le monde remercie Naruto.

Sur le champ de bataille où l’unité de Gaara combat les anciens kage, le 3e Raikage et le 2nd Mizukage se libèrent de l’emprise du sable avant d’être scellés. Oonoki poursuit le combat face à son prédécesseur, Mû, mais celui-ci devient invisible ; Gaara part le rejoindre pour l’aider. Le 2nd Mizukage invoque sa palourde géante et met en échec avec ses mirages tous les ninjas de l’alliance qui le combattent. Naruto arrive en renfort au moment où Oonoki et Gaara sont en mauvaise posture face à Mû et utilise son « Rasengan Planétaire », mais Mû sent sa présence et esquive. Avec l’aide du sable de Gaara et de l’extension que lui fournit le chakra de Kyûbi, Naruto parvient à toucher Mû avec sa technique, et Oonoki peut l’immobiliser avant que Gaara ne le scelle. Shikaku explique à Gaara pourquoi Naruto est sur le champ de bataille, tandis qu’il rejoint avec Oonoki les ninjas combattant le 2nd Mizukage et que Naruto se dirige vers l’endroit où Temari et son groupe combattent le 3e Raikage. Gaara arrive face au 2nd Mizukage et doit protéger les ninjas le combattant de sa « Technique du pistolet à eau » ; attaqué à son tour, Gaara se défend, tout en cherchant avec son sable et son « Troisième œil » la position de la palourde géante. Une fois celle-ci détectée, Oonoki tente de la détruire avec son Jinton mais est à court de chakra ; il lui porte alors un coup avec son « Poing de pierre » qui se révèle insuffisant ; alourdissant son poing avec sa technique de « Roche super-alourdie », il parvient à briser le coquillage et les mirages se dissipent. Oonoki, trahi par son dos se retrouve immobilisé à la merci de l’ancien Mizukage qui le transperce de sa technique du « Pistolet à eau ».

En couvrant les arrières de Neji durant un combat face aux Zetsu blancs, Hinata se souvient de l’été de ses treize ans quand Neji avait été son partenaire d’entraînement pour un rite du passage du Clan Hyûga. Épuisée par l’entraînement et un usage excessif du Byakugan, Hinata s’était retrouvée alitée. Afin de lui permettre d’assister à un feu d’artifice avec ses amis, Neji était parti chercher une plante rare dans une vallée interdite, accompagné de Naruto et Sakura. Arrivés dans la vallée, submergée par un brouillard impénétrable, ils avaient été attaqués par ses habitants aveugles de la vallée, avant d’être secourus par Kakashi et Gaï, venus surveiller la vallée pour éviter qu’Orochimaru ne s’empare de la plante, qu’il aurait pu convoiter pour ses recherches sur les dōjutsu. Renonçant à un combat que Hinata aurait désapprouvé, ils étaient rentrés à Konoha, et Hinata avait assisté de loin au feu d’artifice, sous la protection de Neji. Cette dernière, qui avait été mise au courant par Naruto et Sakura, remercie son cousin pour ce qu’il avait alors tenté pour elle, et ils reprennent le combat ensemble.

Shino retrouve Torune. Ils se rappellent qu'ils restaient souvent ensemble, mais un jour Danzô voulut qu'il intègre la Racine et il dit adieu à Shino. Naruto sauve Shino mais Torune donne un coup de poing à Naruto, Shino passe alors devant et lui explique qu'il a élevé ces insectes empoisonnés. Shino scelle Torune et Naruto reprend sa route avec lui.

Naruto ne parvient qu’à fêler légèrement le masque de Tobi. Alors qu’il subit avec Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît celles d’Utakata, et entre en contact avec le jeune homme dans son subconscient. Ce dernier lui explique les événements qui se sont déroulés après le départ de Naruto du village de Hotaru, ayant abouti à sa capture par l’Akatsuki, et sa mort. Les attaques reprennent et Naruto confronte Tobi avec le fait que le véritable Madara a fait son apparition. Ce dernier déclare ne plus se préoccuper de ce nom et que son seul but est de mener à bien le plan de l’« Œil de la Lune », puisque le monde ninja n’a plus d’espoir de rédemption et qu’on n’y trouve que le malheur. Il essaie de convaincre Bee et Naruto en leur parlant de leur enfance, mais ce dernier rejette ses conclusions, estimant avoir connu le bonheur. Le combat pour démasquer Tobi reprend, et celui-ci fait entrer toutes ses invocations dans le mode « démon à queues » avec une queue, et déclare aux deux ninjas qu’il les capturera pour finaliser son plan.

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Les Cinq Kage sont dépassés par les attaques dévastatrices du vrai Madara Uchiwa. Mais le Tsuchikage Onoki puise dans ses souvenirs pour se relever !

Retour sur l'origine des techniques maudites du clan Uchiwa : Izanagi et Izanami

Blessé et prisonnier de Madara, Obito fait peu à peu connaissance avec des êtres artificiels qui lui tiennent compagnie.

Peu après son arrivée dans les Services Spéciaux, Kakashi se voit confier par Minato la mission de protéger Kushina qui attend un heureux évènement. Personne ne se doute encore qu'une terrible catastrophe se prépare !

Depuis l’attaque de Kyûbi sur le village, le rapport entre les Uchiwa et les autres clans est délétère. Shisui Uchiwa propose au Hokage d’œuvrer dans l’ombre pour rétablir la confiance...

Avec la puissance de Jûbi, Obito et Madara font des ravages dans les rangs de la coalition, au point d’entamer la détermination de Naruto, qui finit par vaciller quand il voit un de ses plus fidèles compagnons mourir sous ses yeux...

Sasuke se jette dans la bataille pour le salut de Konoha ! Le voici combattant aux côtés de ses anciens compagnons, Sakura et Naruto ! L’équipe 7 est de nouveau reconstituée, pourra-t-elle stopper Jûbi et Madara ?

Un androïde à l’image de Naruto surgit à Konoha pour dépouiller notre héros de son Chakra. Impuissant face à ce prétendu nouveau Réceptacle de Kyûbi, Naruto n’a pas d’autre choix que de fuir...

Le cœur de tous les membres de l’Alliance bat à l’unisson. Tandis qu’ils s’élancent dans un même élan contre l’Arbre Divin, Obito, lui, semble en proie au doute...

Naruto parvient à arracher à Obito, les Chakras des Bijûs et le Réceptacle de Jûbi s’effondre enfin ! Les troupes alliées exhortent alors Kakashi d’achever son ancien compagnon...

Le refus des grandes puissances essuyé, Konoha et Suna s’attellent à la préparation de l’examen. Alors que Sakura se dédie corps et âme à sa formation de médecin, Ino tente de la convaincre de rejoindre l’équipe d’Asuma en vue des épreuves à venir. La disciple de Tsunade se retrouve face à un terrible dilemme...

Neji semble avoir trouvé la solution à la 1re épreuve. Il a cependant de la collaboration de tous les candidats. Saura-t-il les convaincre de dépasser un temps leurs rivalités et de faire cause commune ?

Constatant les similitudes de leurs situations, Lee s'indigne contre ceux qui ont blessé et rabaissé Shira et se lance à sa poursuite !

Leur rouleau dérobé, la piste de l’ennemi effacée, Kiba et ses compagnons sont en proie au doute. Mais le souvenir de Naruto va faire basculer les choses !

Alors que son groupe est en difficulté face à la sinistre Marionnettiste, Sakura décide de prendre les choses en main...

Usant de toute sa verve, Madara tente de rallier Obito à sa cause une nouvelle fois. L'ancien camarade de Kakashi replonge alors dans les méandres de ses années de jeunesse passées à Konoha...

Après une longue absence au cours de laquelle il a suivi un entraînement spécifique, Naruto, apprenti ninja, revient à Konoha sa ville natale.

Ayant échoué à ramener Sasuke à Konoha, Naruto redouble d'efforts à l'entraînement pour acquérir davantage de puissance. Pendant ce temps, Konoha-Maru persiste dans la voie du Ninjutsu grivois. Sa ténacité finira-t-elle par payer et faire démentir Tsunade ?...

Killer Bee rêve qu’il lutte contre Akatsuki en faisant une coalition avec les autres hôtes, afin de protéger la princesse du château Rappu.

L'équipe Jiraiya et celle d'Asuma sont attirés dans un village mystérieux pendant leur bataille. Quelques enfants du village sont pris entre deux feux et tombent dans un effondrement. Yahiko et ses deux amis se précipitent à la rescousse, contrairement à Shikamaru et les siens. Pendant ce temps-là, les équipes de Kakashi et celle de Gai se rencontrent quand soudain, une voix mystérieuse les interpelle.

Jiraiya affaiblit le sceau du démon renard à neuf queues afin d'aider Naruto à apprendre à contrôler le pouvoir de Kyûbi. Jiraya se souvient alors des paroles du Grand Ermite des Crapauds, Gamamaru. Ce dernier lui avait dit qu'il aurait un étudiant qui sauverait soit le monde Ninja ou soit le détruirait.

Sasuke lâche sa frustration sur Naruto, qui lui rend bien, les deux commençant à se battre. Minato intervient juste avant que cela ne se transforme en catastrophe. Avec cette confrontation, Sasuke se rend compte Naruto est plus fort que lui. Il décide alors de rejoindre les forces de police de Konoha, afin de progresser et de le battre un jour.

Sasuke quitte le village afin d'obtenir du pouvoir auprès d'Orochimaru. Naruto et ses amis l'apprennent et décident de le poursuivre. Pour garder cela secret, seuls Naruto et Shikamaru se sont lancés dans cette mission. Mais en chemin, le duo est abordé par des ninjas portant des masquées de l'ANBU !

Naruto atteint la tour vers laquelle Sasuke s'est dirigé, grâce à Neji, Lee et Tenten qui ont dissuadé les agents de la Racine. Mais il est trop tard. Sasuke a déjà pris contact avec Orochimaru. Naruto essaie passionnément de raisonner Sasuke, mais finalement le combat est inévitable !

Les ninjas sous l'effet des « Arcanes lunaires infinis » de Madara continuent de dormir et de faire des rêves agréables. Pendant ce temps-là, Naruto et les autres ont échappé au Genjutsu, grâce au Susanô de Sasuke. Alors que Sasuke commence à se souvenir de la mort d'Itachi, son Sharingan commence à résonner et à lui montrer la vérité dont Itachi ne lui a jamais dit.

Itachi est désormais le partenaire de Kisame, qui commence ses missions en tant que membre de l'Akatsuki. Le nouveau duo réussit à recruter Deidara. Pain charge alors l'équipe nouvellement formée de Deidara et Sasori de traquer le déserteur Orochimaru. Pendant ce temps-là, les informations concernant un tueur immortel poussent Itachi, Konan et Kakuzu à se diriger vers le pays de Yu.

Les deux fils de Hagoromo, Ashura et Indra, partagent une enfance heureuse, s'entraînant et jouant ensemble. Indra est naturellement doué. Dès son plus jeune âge, il est surnommé le « génie de Ninshu ». Ashura, lui, n'a aucune aptitude pour Ninshu. Pourtant, les deux garçons sont très proches. Mais Hagoromo ignore qu'un pouvoir malveillant remue dans l'ombre…

Les démons à queues et Madara sont éjectés, ne laissant plus que la coquille vide de la statue du Démon des Enfers. Zetsu Noir tente de s’enfuir, mais Naruto le retrouve et l'envoie rejoindre Kaguya dans la nouvelle Lune créée pour la sceller. Le Sage des Six Chemins invoque plusieurs Kage des générations précédentes pour ramener tout le monde de la dimension de Kaguya. Kakashi dit adieu à Obito, tandis que Hashirama fait de même avec Madara et Naruto avec son père, à qui il demande de tout raconter à sa mère.